Ақпарат

Барлық түрлердің дәстүрлі классификациясымен бірге жүктеп алуға болатын тізімі бар ма?


Мен Еуропалық бақаның мысалы ретінде осы қарапайым пішімдегі барлық белгілі (немесе жақсырақ айтқанда, онлайн құжатталған) түрлердің жүктелетін тізімін іздеймін:

Патшалық: Animalia
Бөлім: Хордата
Сынып: қосмекенділер
Тапсырыс: Анура
Отбасы: Ranidae
Түрі: Рана
Түрі: Rana temporaria

Мен бұл тізімді құрылымдық мәтін немесе дерекқор пішімінде офлайн режимінде болғым келеді, мен оны талдай аламын. Егер мұндай тізімде басқа пайдалы атрибуттар болса (несиелер, тарату, жалпы атаулар), бұл құпталады, бірақ жоғарыда айтылғандар маған қажет абсолютті минимум болып табылады. Мен жоғарыда аталған жүйеде көбірек таксономия деңгейлері бар екенін білемін (Species 2000 & ITIS Life Catalog: сәуір 2013), бірақ маған тек осы негізгі 6 қажет.

Мен бірнеше жинақтарды қарап шықтым және қажетті деректерді алуда қиналып жатырмын. Не дерекқор толық емес, дерекқор ретінде қолжетімді емес, күрделі деректер құрылымдары бар немесе нашар сипатталған және мен сене алмайтын веб API интерфейстері бар.

Менің ойымша, http://www.catalogueoflife.org менің қажеттіліктеріме ең жақын болып көрінеді, бірақ оларды жүктеп алу дерекқор емес, құрал болып табылады. Жүктеп алуда көптеген файлдарды қамтитын MySQL қалтасы бар екенін көремін, бірақ оны дерекқорға қалай қайта құру керектігін білмеймін. Сондай-ақ олар дерекқорды жүктеуді сипаттау үшін бетті тартып алған сияқты.

Менің сұрағым қарапайым көрінгенімен (мен биолог емеспін, сондықтан мен оны қарапайым деп ойладым), мен бос уақытты босқа өткізіп алдым. Мен сұрағандай түсінікті форматта негізгі түрлер туралы ақпаратты беру үшін біреу жұмыс жасады ма деп ойладым?

Түрлердің толықтығына келетін болсақ, 1,3 метрлік «Тіршілік каталогы» шынымен жақсы естіледі, өйткені мен қазір өз жүйемді Уикипедияға негіздеп жатырмын, оның тек 180 мың түрі бар.


БҰЛ

@Rodrigo жауабын кеңейту үшін Біріктірілген таксономиялық ақпараттық жүйе ақылға қонымды жауап болып көрінеді. Ол сізге Life Tree™ жүйесіндегі әрбір таксономиялық түйіннің дерекқорын береді және әрбір түйінде таксономиялық сериялық нөмірі (TSN) болады. Деректерді дерекқор ретінде жүктеп алуға немесе тіпті кестелерді құбырмен бөлінген мәтіндік файлдар ретінде пайдалануға болады.

Мысалы, файлхалықтық тілдерүшін TSN бізге айтады Еуропалық бақа Бұл 173444. Файлды қарау арқылыұзын аттар, біз 173444 толық атауы екенін көреміз Рана уақытша. Соңында, файлиерархия, бізге 173444 үшін толық иерархия екенін айтады:

Еуропалық бақа:
→ Жануарлар
→ Билатрия
→ Дейтеростомия
→ Хордата
→ омыртқалылар
→ Gnatostomata
→ Тетрапода
→ қосмекенділер
→ Анура
→ Ranidae
→ Рана
Рана уақытша

ITIS деректерін https://www.itis.gov/downloads сайтынан бірнеше түрлі пішімде жүктеп алуға болады.

Кейбір файлдардан алынған мысал деректер.

Егер сіз MySQL кестелерінің деректерін https://www.itis.gov/downloads/itisMySQLTables.tar.gz сайтынан жүктеп алсаңыз, мұнда сіз таба алатын пайдалы файлдардың кейбірі берілген.

Халықтық тілдер

Алғашқы екі өрісхалықтық тілдерқұрамында TSN (таксономиялық сериялық нөмір) және түйіннің жалпы атауы бар. Кейбір жалпы атаулар бір TSN-мен салыстырылады және барлық TSN-де ортақ атаулар болмайды. Кейбір мысалдар:

50|бактериялар|Ағылшын|N|2015-03-02|159942 14092|саңырауқұлақтар|Ағылшын|N|2004-01-28|11529 14092|кеуекті саңырауқұлақтар|Ағылшын|N|2004-01-28|14|15|rusts Ағылшын|N|2004-01-28|11539 183798|Үй мысық|Ағылшын|N|2007-08-15|111781

Сіз файлды оқи аласызdropcreateloaditis.sqlбасқа бағандардың нені білдіретінін көру үшін.

Ұзын аттар

Файлұзын аттартек екі өрісті, TSN және элементтің толық «ғылыми» атауын қамтиды. Мысалға:

50|Бактериялар 14092|Basidiomycotina 183798|Felis catus

Иерархия

Файлдың бірінші өрісіиерархия— екінші өрістегі TSN үшін ұшынан құйрығына дейінгі бүкіл иерархия, сызықша арқылы бөлінген TSN тізбегі (-). Мысалы,

50|50|0|0|14789 555705-936287-623881|623881|936287|2|415 202423-914154-914156-158852-331030-914179-914181-179913-179916-179925-180539-552304-180580-552363-180586-183798|183798|180586|15|0

Әрине, бұл TSN-лерді мына жерден іздеуге боладыұзын аттарадам оқуға болатын нәрсеге түрлендіру үшін кесте. Осыны пайдаланып, жоғарыдағы соңғы жолдың бірінші өрісі шын мәнінде былай дейді:

Жануарлар → Билатерия → Дейтеростомия → Хордата → Омыртқалы → Гнатостомата → Тетрапода → Сүтқоректілер → Терия → Эутерия → Жыртқыштар → Фелиформия → Фелидалар → Фелиналар → Фелис → Felis catus

Синонимдік_сілтемелер

Theсинонимдік_сілтемелерфайлда ескірген TSN тізімі және оларды алмастыратын ағымдағы TSN бар. Мысалы, халық тіліне арналған TSN саңырауқұлақтар 14092 (Basidiomycotina) ретінде берілген. Алайда, бұл TSN жоқиерархияфайл. Оның орнына синонимдік_сілтемелер бізге жұмыс істейтін 623881 (Basidiomycota) пайдалануды көрсетеді. Міне, кейбір синонимдік жазбалар:

51|50|2015-03-02 14092|623881|2004-01-28 552455|180586|2007-08-15

Мысал сценарий

UNIX құрылғысына рұқсатыңыз болса (MacOS жұмыс істеуі мүмкін), мен жазған қарапайым сценарийді пайдалану арқылы кез келген жалпы атауды іздеуге болады. Ол үшін сияқты таксономияны басып шығарады Еуропалық бақа жоғарыда. Оны сынап көру үшін терминалға келесі пәрмендерді қиып, қоюға болады.

① Деректерді жүктеп алыңыз

wget https://www.itis.gov/downloads/itisMySQLTables.tar.gz tar -axvf itisMySQLTables.tar.gz cd itisMySQL*/

② Менің lookup.py сценарийімді жүктеп алыңыз

wget https://tinyurl.com/yyld2mm4 -O lookup.py chmod +x lookup.py

③ Сценарийді оған жалпы атау беріп іске қосыңыз

./lookup.py адам ./lookup.py үй мысық ./lookup.py махаббат-өтірік-қан

④ Үлгі шығысы

адам: → Жануарлар → Билатерия → Дейтеростомия → Хордата → Омыртқалылар → Гнатостомата → Тетрапода → Сүтқоректілер → Терия → Эутерия → Приматтар → Гаплоррин → Simiiformes → Гоминоидея → Гоминида → Хоминина

Сіз NCBI қолданып көрдіңіз бе? Мына сілтемені қолданып көріңіз:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy


Менің ойымша, сіз іздеген нәрсені таба алмайсыз. Дегенмен, біршама сәтті (бірақ әлі толық емес) нәтижелерге қол жеткізу үшін іздеу критерийлерін кішірек бөліктерге бөлуге болады. Мысалы, ненің түрлері? Сіз шынымен БАРЛЫҚ түрлерді (мысалы, бактериялар, археялар, эукариоттар) қалайсыз ба? Қазіргі уақытта тірі (болған) түрлерді немесе белгілі бір уақытта болған барлық түрлерді қалайсыз ба? Сіз қосалқы түрлерді қалайсыз ба?

Осындай нәрселер туралы шешім қабылдағаннан кейін, жеке елдің дерекқорларын іздегеніңіз дұрыс болуы мүмкін. Егер сіз БАРЛЫҚ түрлерді қалайтыныңызды шешсеңіз, мен әрбір іздеуді «сүтқоректілер» сияқты кішірек бөліктерге бөлуге кеңес беремін.


мынаны да қолданып көріңіз:

http://www.catalogueoflife.org/DCA_Export/archive.php

таксономиясы бар құжат taxa.txt құжаты болып табылады


Сіз ITIS қолданып көрдіңіз бе?

http://www.itis.gov/

Мен олардың деректер базасын пайдаландым. Ол MS Access форматында болды.

ӨҢДЕУ: Енді олар өз сайтын жаңартты және сіз PostgreSQL, MySQL, SQLite, басқа форматтардың арасында жүктей аласыз: https://www.itis.gov/downloads/


Микробтардың әртүрлілігі туралы биологиядан жазбалар | Микробиология

Төменде аталған мақалада микробтардың әртүрлілігі туралы ескертпелер берілген.

‘микробтық әртүрлілік’ немесе биоәртүрлілік терминінің белгілі болғаны сонша, мемлекеттік қызметкер де бұл туралы біледі. Микробтардың әртүрлілігі тірі организмдер арасындағы өзгергіштік ретінде анықталады. Жердегі микробтардың әртүрлілігінің негізгі кілті эволюцияға байланысты. Кез келген жасушаның құрылымдық және функционалдық әртүрлілігі оның табиғи сұрыпталудың Дарвиндік теориясы арқылы болған эволюциялық оқиғасын білдіреді.

Табиғи сұрыптау және ең қолайлы теорияның өмір сүруі микроорганизмдерге қатысты. Бұл түрлер ішіндегі, түрлер арасындағы және экожүйелердің әртүрлілігін қамтиды. Бұл алғаш рет 1986 жылы Вашингтонда өткен ғылыми жиналыстың атауында қолданылған.

Әлемдегі биоәртүрліліктің қазіргі тізімі толық емес (2.1-кесте) және вирустар, микроорганизмдер және омыртқасыз жануарлардың тізімі әсіресе жетіспейді. Саңырауқұлақтардың әртүрлілігі белгілі бір таксономиялық топтағы түрлердің жалпы санын көрсетеді. Саңырауқұлақтардың 1,5 миллион түрін бағалау негізінен саңырауқұлақтардың тамырлы өсімдіктерінің шамамен 1:6 қатынасына негізделген (2.1-сурет).

2.1-сурет: Әлемдегі белгілі микроорганизмдер түрлерінің саны.

Бактериялардың, археялардың және вирустардың жалпы санын бағалау әрекеттері одан да қиын, себебі қоршаған ортаны анықтау және қалпына келтіру сияқты қиындықтар, міндетті микробтық бірлестіктер туралы толық емес білім, мысалы. Symbiobacterium thermophilum және осы топтардағы түр концепциясы мәселесін толық білмеу.

Микоплазмаларды алайық, олар эукариоттық организмдермен міндетті байланысы бар прокариоттар болып табылады, көбінесе дәстүрлі және қоректік талаптарға ие немесе монокультуралы және керемет әртүрлілікке ие болып көрінеді. Екінші жағынан, 1972 жылы ашылған Spiro плазмасының бір тобы бар, ол жердегі ең үлкен тұқым болуы мүмкін.

Спиро плазмасының түрлері жәндіктермен тікелей байланысты және мұндай көздерден жаңа түрлерді оқшаулаудың жалпы көрсеткіші жыл сайын 6% түрдің байлығын көрсетеді. Сол сияқты, теңіз экожүйелері де мол микробтардың әртүрлілігін қолдайды. Әрі қарай микробтардың әртүрлілігін жасуша өлшемінен, морфологиясынан, зат алмасуынан, қозғалғыштығынан, жасушаның бөлінуінен, даму биологиясынан, төтенше жағдайларға бейімделуінен және т.б.

Демек, микробтық әртүрлілік үлкен дәрежеде жоғары организмдермен міндетті немесе факультативті бірлестіктерді көрсетеді және олардың иелерінің немесе қауымдастарының кеңістік-уақыттық әртүрлілігімен анықталады.

1. Микробтардың әртүрлілігін ашу:

Микробтардың әртүрлілігін қабылдау ДНҚ-ДНҚ гибридизациясы, нуклеин қышқылының саусақ ізі және ДНҚ зондтау нәтижесін бағалау әдістері сияқты ДНҚ әдістерімен түбегейлі өзгертілуде және қазіргі уақытта ең маңыздысы 16S рРНҚ секвенирлеу болып табылады.

16S рРНҚ микробтардың жіктелуін 3 доменге, бактериялар, архейлер және эукарияларға түбегейлі өзгертті. ДНҚ-негізделген талдау (шектеу фрагментінің ұзындығы полиморы және шифизмі арқылы ДНҚ саусақ ізін алу, яғни RFLP талдауы) организмдер арасындағы қайталануларды бағалаудың тағы бір қабылданған әдісі болып табылады, әсіресе олар тығыз байланысты болса. Холбен (1988) құрғақ топырақта 4,3 х 10 3 организмге дейін төмен тығыздықта Brady-rhizobium japonicum таңдамалы түрде анықтады.

2. Микробтық түрлер туралы түсінік:

Биологиялық әртүрлілік немесе биологиялық әртүрлілік шын мәнінде организмдер эволюциясының бөлігі ретінде дамыды, ал микробтық әртүрліліктің ең кіші бірлігі түр болып табылады. Бактериялар жыныстық қатынастың болмауына байланысты, қазба жазбалары және т.б., генотиптік, фенотиптік және экологиялық сипаттамалары бойынша басқа ұқсас штамм топтарынан жеткілікті түрде ерекшеленетін ұқсас штаммдар тобы ретінде анықталады.

Арнайы комитет (Жүйелік бактериология бойынша халықаралық комитетке (ICSB) көзқарасты келісу) 1987 жылы бактериялық түрлерге шамамен 70% немесе одан көп ДНҚ-ДНҚ байланысы бар және термиялық тұрақтылығы 5% немесе одан аз штаммдарды қосуды ұсынды.

Демек, бактериялық түр - бұл ДНҚ-ДНҚ туысқандығына негізделген геномдық түр және бактериялық түрлердің қазіргі тұжырымдамасы басқа организмдерден ерекшеленеді. Бүгінгі күні 2.1-кестеде келтірілген әдебиеттерде саңырауқұлақтардың 5100 тұқымдастарының 69000-нан астам түрі және бактериялардың 700-ге жуық тұқымының 4760-қа жуық түрі сипатталған.

3. Микробтардың әртүрлілігін зерттеудің маңызы:

Американдық микробиология қоғамының микробтардың әртүрлілігін зерттеудің басымдылығы бойынша келтіргеніндей, “микробтық әртүрлілік табиғаттағы микроорганизмдердің барлық түрлері арасындағы және адамның араласуымен өзгертілген өзгергіштік спектрін қамтиды”. Құрлықтағы да, судағы да микроорганизмдердің рөлі, оның ішінде алғашқы отарлаушы болғандықтан, табиғи және техногендік бұзылған ортаның жақсартатын әсері бар.

Ағымдағы дәлелдер жер бетінде прокариоттардың 3 лак-10 лак түрі бар болуы мүмкін деп болжайды, бірақ Бергейдің нұсқаулығында тек 3100 бактерия сипатталған. Барған сайын көбірек ақпарат қажет және құнды болады, өйткені микроорганизмдер өмірдің стратегиялары мен шектеулері туралы білімнің маңызды көздері болып табылады.

Биотехнология үшін құнды жаңа гендер мен организмдер үшін ресурстар бар, әртүрлілік үлгілерін қоршаған ортаның өзгеруін бақылау және болжау үшін пайдалануға болады. Микроорганизмдер жоғары организмдердің биологиясын сақтауда және қалпына келтіруде рөл атқарады. Микробтық қауымдастықтар биологиялық өзара әрекеттесу мен эволюция тарихын түсіну үшін тамаша үлгі болып табылады.

ДНҚ-ДНҚ будандастыруды және 16S рРНҚ секвенирлеуін және т.б. қамтитын молекулалық микробиологиялық әдістер енді микробтардың әртүрлілігін анықтауда пайдалырақ. Деректер базасы микроорганизмдер туралы молекулалық және макромолекулярлық ақпарат көзі ретінде кеңірек қолжетімді бола бастады. Диагностикадан биосенсорларға және биокатализаторларға дейін әртүрлі организмдерге негізделген жаңа технологиялар жасалуда.

1990-жылдары микробтардың әртүрлілігі парадигма организмі жылдарында әртүрлілік жалынын тірі қалдырған экологиялық микробиологтардың күш-жігерінің арқасында жаңа және қызықты түрде алға шықты.

Қоршаған ортаның микробиолы мен шиогиясы арқылы өтетін молекулалық революция микробтардың шын мәнінде қаншалықты әртүрлі екенін көрсетті. Ол сонымен қатар микробтардың зат алмасу белсенділігі мен гендік реттелуін in situ дәлелдеу үшін РНҚ тізбегін талдаудан шығармашылықтың жаңа толқындарын тудырды.

Пайдалы артықшылықтар микробтардың әртүрлілігін байыту арқылы болуы мүмкін. Микробтық геномдарды рекомбинантты ДНҚ технологиясы және қоршаған орта мен энергияға қатысты қосымшалары бар организмдердің гендік инженериясы үшін пайдалануға болады. ЖРВИ сияқты адамның жаңа қоздырғышының пайда болуы қоғамдық денсаулыққа қауіп төндіретіндіктен өте маңызды болып отыр. Мұндай патогеннің геномдарын талдау арқылы шешуге болады.

Мәдениет коллекциялары микроорганизмдердің генетикалық әртүрлілігін сақтауда маңызды рөл атқара алады. Молекулярлық, фенотиптік, химиялық, таксономиялық, метаболикалық және экологиялық ақпаратты қоса алғанда, микробтар туралы ақпаратты дерекқорларға сақтауға болады. Әлі зерттелмеген микроорганизмдердің үлкен саны пайдалы ақпаратқа әкелуі мүмкін.

Мұны сарапшыларды көп салалы тарту арқылы одан әрі нығайтуға болады. Микробтық биобақылау агенттерін табу және сәйкестендіру, олардың тиімділігін бағалау және т.б. маңызды қажеттілік бар.

Кейбір маңызды патогендердің геномдарының мо-шилекулярлық табиғаты ластанудың патогенезін, био-бақылауын және биоремедиациясын және т.б. түсіну үшін қажет, сонымен қатар тез жоюға және диагностикалауға және қажетті қасиеттерді беру үшін гендерді анықтауға көмектеседі.

Микроорганизмдер қоршаған ортаның және қоршаған ортаның сапасының сезімтал көрсеткіштері болып табылады. Осылайша, микробтардың әртүрлілігі экожүйенің белгілі бір мекендеу ортасының қоршаған ортаны және шыттық жағдайын анықтауға көмектесуі мүмкін. Әртүрлі микроорганизмдер ауру тудыруы мүмкін және биологиялық қару ретінде қолданылуы мүмкін. Ненің болуы мүмкін екенін білу тез диагноз қоюға және емдеуге көмектеседі.

Биодеградация және биоремедиация қажет емес материалдарды тазалау және жою үшін ықтимал маңызды. Теңіз микроорганизмдерінің микробтық әртүрлілігі бірдей маңызды. Кейде патогендік микроорганизмдермен теңіз және уылдырық өнімдерінің ластануын шешу пайдалы, мысалы. Vibrio vulnificus ластанған устрицалар. Көк жасыл балдырлар мен цианофагтар аквамәдениет салаларына қауіпті организмдер болып табылады.

4. Микробтардың эволюциясы:

Микробтық эволюция туыстық байланысты анықтау үшін молекулалық филогенияларды қолдану арқылы жаңа дәуірге енді. Әрине, филогенетикалық талдаудың бұл түрі даулы болып қала береді, бірақ ол өте әртүрлі микробтарды бір өлшеммен салыстыру және олардың тарихын шығаруға тырысу мүмкіндігін ашты.

Кейбір ғалымдар бір атадан қазіргі микроорганизмдер тобына дейінгі бір мәнді эволюциялық прогрессияның молекулалық әдістерінің ‘сәтсіздігі’ деп тұжырымдады.

Гендерді тасымалдау оқиғаларының кең таралғандығы мен жиілігінің жоғарылауы гендерді тасымалдаудың жалпы оргиясына қатыспаған гендердің орталық ядросын құру арқылы өте маңызды прокариоттарды үйрену мүмкіндігін ашады. Геномдық тізбектердің көбеюі микробтардың эволюциялық тарихын жақсырақ түсінуге ықпал етуі мүмкін.


Соңғы 4 миллиард жылдағы жер бетіндегі тіршілік эволюциясы түрлердің алуан түрлілігін тудырды. 2000 жылдан астам уақыт бойы адамдар тіршіліктің алуан түрлілігін жіктеуге тырысты. Ағзаларды жіктейтін ғылым деп аталады таксономия. Классификация жер бетіндегі тіршіліктің қазіргі әртүрлілігін және өткен эволюциялық тарихын түсінудегі маңызды қадам болып табылады.

Барлық заманауи жіктеу жүйелерінің өз тамыры бар Линней классификациясы жүйесі. Оны 1700 жылдары швед ботанигі Каролус Линней жасаған. Ол өз заманында белгілі болған барлық тіршілік иелерін жіктеуге тырысты. Ол аяқтардың саны немесе жапырақтардың пішіні сияқты айқын физикалық белгілері бар ағзаларды біріктірді. Өзінің үлесі үшін Линней &ldquo таксономияның атасы ретінде белгілі.&rdquo Линней және оның жіктеу жүйесі туралы толығырақ мына сілтемедегі бейнені қарау арқылы біле аласыз: http://teachertube.com/viewVideo.php?video_id=169889.

Линнейлік жіктеу жүйесі топтастыру иерархиясынан тұрады, деп аталады таксон(сингулярлық, таксон). Таксондар патшалықтан түрге дейін (қараңыз Сурет төменде). The патшалық ең үлкен және ең инклюзивті топ болып табылады. Ол бірнеше негізгі ұқсастықтарды бөлісетін организмдерден тұрады. Мысал ретінде өсімдіктер мен жануарлар әлемін келтіруге болады. The түрлері ең кіші және ерекше топ болып табылады. Ол бірге құнарлы ұрпақтар шығаруға жеткілікті ұқсас организмдерден тұрады. Бір-бірімен тығыз байланысты түрлер бір топқа біріктірілген тұқымдас.

Линней классификация жүйесі: адам түрлерінің классификациясы. Бұл диаграмма Линней классификация жүйесінің таксондарын көрсетеді. Әрбір таксон диаграммада оның астындағы таксонның бөлімшесі болып табылады. Мысалы, түр - бұл тұқымдастың бөлімшесі. Адамдардың жіктелуі мысал ретінде диаграммада келтірілген.

Биномдық номенклатура

Линнейдің ғылымға қосқан ең үлкен үлесі оның түрлерді атау әдісі болса керек. Бұл әдіс деп аталады биномдық номенклатура, әр түрге тектік атауы мен түр атауынан тұратын бірегей, екі сөзден тұратын латын атауын береді. Мысалы Гомо сапиенс, адамдардың екі сөзден тұратын латынша атауы. Бұл сөзбе-сөз мағынасында &ldquowise адам.&rdquo Бұл біздің үлкен миымызға сілтеме.

Неліктен екі есімнің болуы соншалықты маңызды? Бұл аты-жөні бар адамдарға ұқсайды. Сіз Майкл есімді бірнеше адамды білуіңіз мүмкін, бірақ Майклдың фамилиясын қосу әдетте кім туралы айтып тұрғаныңызды анықтайды. Дәл осылай екі атаудың болуы да түрді бірегей түрде анықтайды.

Линней классификациясындағы түзетулер

Линней өзінің жіктеу жүйесін 1700 жылдары жариялады. Содан бері көптеген жаңа түрлер ашылды. Көптеген организмдердің биохимиясы да белгілі болды. Ақырында ғалымдар Линнейдің жіктеу жүйесі қайта қарауды қажет ететінін түсінді.

Линней жүйесіндегі негізгі өзгеріс домен деп аталатын жаңа таксонның қосылуы болды. Адомен патшалыққа қарағанда үлкенірек және қамтитын таксон. Көптеген биологтар жер бетінде тіршіліктің үш аймағы бар: бактериялар, археялар және эукариоттар (қараңыз). Сурет төменде). Бактериялар да, архейлер де бір жасушалы прокариоттардан тұрады. Эукариот бір жасушалы протистерден адамға дейін барлық эукариоттардан тұрады. Бұл домен Animalia (жануарлар), Plantae (өсімдіктер), Саңырауқұлақтар (саңырауқұлақтар) және Protista (протистер) патшалықтарын қамтиды.

Бұл филогенетикалық ағаш тірі организмдер арасындағы рибосомалық РНҚ базалық тізбектерін салыстыруға негізделген. Ағаш барлық организмдерді үш аймаққа бөледі: бактериялар, архейлер және эукария. Адамдар мен басқа жануарлар Эукария доменіне жатады. Бұл ағаштан Эукария доменін құрайтын организмдер бактерияларға қарағанда археймен жақынырақ ортақ ата-бабаны бөліскен сияқты.


Таксономия мысалдары

Адамдардың ғылыми классификациясы келесідей:

  • Домен: Эукариот
  • Патшалық: Жануарлар
  • Филим: Хордата
  • Сынып: Сүтқоректілер
  • Тапсырыс: Приматтар
  • Отбасы: Гоминидалар
  • Тұқым: Гомо
  • Түрлері:сапиенс

Таксономияның тағы бір мысалы - қызыл түлкінің жіктелуін көрсететін төмендегі диаграмма, Vulpes vulpes (кейде бұл екі түрлі дәреже болса да, тектер мен түр атаулары бірдей).


Көптеген мнемоникалық құрылғыларды таксономиялық иерархияның ретін есте сақтау үшін пайдалануға болады, мысалы, «Құрметті король Филип жақсы спагеттиге келді».


(1). Телоцентрлік хромосома

Ø Телоцентрлік хромосомаларда центромера хромосоманың проксимальды ұшында (ұшында) орналасады.

Ø Хромосомалық ұштарды теломерлер деп атайды.

Ø Сонымен, телоцентрлік хромосомалар ұзын таяқша тәрізді хромосомалар болып табылады

Ø Бұл хромосомалар жасушалық циклдің метафаза сатысында «i» пішінді құрылым ретінде пайда болады.

Ø Хромосоманың бұл түрінің бір ғана хромосомалық қолы болады.

Ø Телоцентрлік хромосомалар өте сирек кездеседі және олар өте аз түрлерде ғана хабарланды.

(2). Акроцентристік

Ø Центромера хромосоманың бір ұшында өте қысқа қол (p) және ерекше ұзын иық (q) түзетіндей орналасады.

Ø Акроцентрлік хромосомалар жасушалық циклдің метафаза сатысында «J» пішінді құрылымдар ретінде пайда болады.

Ø Топ Acrididae (шегірткелер) хромосомалардың осы түрін көрсетеді.

Ø Бұл атау Acrididae (шегірткелер тұқымдасы) деген сөзден шыққан.

Ø Барлық акроцентрлік хромосомалар сатылы хромосомалар болады.

Ø Sat-хромосома = екінші реттік тарылуы және бір ұшында түйін тәрізді құрылымы бар хромосома.

Ø Адамда 13, 15, 21 және 22 хромосома саны қанық акроцентрлі хромосомалар болып табылады.

(3). Субметацентрлік

Ø Центромера хромосоманың ортасына жақын орналасқан (дәл ортасында ЕМЕС).

Ø Осылайша, бұл хромосомалардың екі бірдей емес қолдары боладыб’ – қол және үлкен «q» – қол.

Ø Субметацентрлік хромосомалар «ЛЖасуша бөлінуінің метафаза сатысындағы пішінді құрылымдар.

Ø Адам хромосомаларының көпшілігі субметацентрлік хромосомалар.

(4). Метацентристік

Ø Центромера хромосоманың дәл ортасында орналасқан.

Ø Осылайша, бұл хромосомалардың екі бірдей мөлшердегі иықтары болады.

Ø Метацентрлік хромосомалар жасушаның бөлінуінің метафаза сатысында «V» пішінді құрылымдар ретінде пайда болады.

Ø Метацентрлік хромосомалар хромосоманың қарабайыр түрі ретінде қарастырылады.

Ø Қарапайым организм метацентрлік пішіндегі хромосомалардың көпшілігі бар кариотипті көрсетеді.


Ғылыми классификация

Приматтардың ғылыми тәртібі 13 ғылыми тұқымдастарға жіктелген шамамен 233 тірі түрді қамтиды. Приматтардың көпшілігі тропиктік ормандарда өмір сүреді және мөлшері бойынша әр түрлі болады. Приматтардың ең кішкентай мүшесі - пигми тышқан лемуры (Микроцебус миоксині) салмағы шамамен 31 г (1,1 унция) және горилла салмағы 220 кг (484 фунт) дейінгі ең үлкен примат болып табылады.

Отбасы - Гоминидалар

Тарихи тұрғыдан адамдар және олардың жойылып кеткен ата-бабалары Гоминидалар тұқымдасына, ал барлық ұлы маймылдар (шимпанзелер, боноболар, гориллалар және орангутандар) Pongidae тұқымдасына жіктелген. Дегенмен, биомолекулярлық және генетикалық зерттеулер соңғы қазба деректерімен бірге түрлер арасындағы жаңа ұқсастықтарды анықтады, бұл шимпанзелер мен гориллалардың Отбасына қайта жіктелуіне әкелді.

Тұқым, түр - Горилла мен бергеи

Бұрынғы кезде горилланың ғылыми классификациясында үш кіші түрге бөлінген бір түр (горилла) болған. Бұл кіші түрлердің әрқайсысы Африкадағы географиялық орналасуымен бір-бірінен ерекшеленді.

  • Батыс жазық горилла (Горилла горилла горилла) ересек еркек &mdash үшін салмағы шамамен 180 кг (396 фунт) және Батыс Африканың тропикалық ормандарында өмір сүретін барлық үш кіші түрдің ең кішісі &mdash. Жалпы ойпаңдағы гориллалар сыртқы түрі жағынан ұқсас. Батыс жазық горилла - зоологиялық нысандарда кездесетін гориллалардың ең көп таралған түрі және Тампа шығанағындағы Busch Gardens-де күтілетін түр.
  • Шығыс жазық горилла (Горилла горилла груери) көлемі жағынан сәл үлкенірек, салмағы 220 кг-ға дейін (484 фунт) және түсі бойынша батыс жазық гориллаға қарағанда қоюырақ. Олар Орталық Африканың тропикалық ормандарында тұрады.
  • Таулы горилла (Горилла горилла бергей) барлық үш кіші түрдің ең үлкені және ең сирек түрі. Ересек еркектердің салмағы 227 кг (500 фунт) асуы мүмкін. Олар Конго Демократиялық Республикасын Руанда мен Угандадан бөлетін Вирунга жанартауының биік тауларында кездеседі. Олардың шаштары биік таудың суық климатына байланысты жазық жердегі әріптестеріне қарағанда ұзын және қараңғы. Тау гориллалары ұзынырақ, басы сүйір болып келеді, мұрнының ортасында кеңірек саңылау бар және бастарында қызыл түсті түктері жоқ, олар жазық гориллаларға тән.

2001 жылы митохондриялық ДНҚ зерттеулері және морфологиялық ауытқулар гориллалардың ғылыми қайта жіктелуіне әкелді. Жаңа классификация бойынша гориллалар екі түрге бөлінеді, шығыс гориллалар (Горилла бергей) және батыс горилла (Горилла горилла). Екі түр бір-бірінен шамамен 2 миллион жыл бұрын алшақтап кеткен және екеуінің де екі кіші түрі бар деп есептеледі.

  • Шығыс горилланың екі кіші түрі - шығыс жазық горилла (Горилла бергей груери) және тау горилласы (Горилла беринги).
  • Шығыс гориллаларының үшінші кіші түрі бар деген болжам бар, өйткені Угандадағы Бвинди ұлттық саябағын мекендейтін тау гориллаларының шағын бөлігі морфология, экология және мінез-құлық сияқты ерекше белгілерге ие. Тау горилла популяцияларының шағын мөлшеріне және сынақ үшін қол жетімді үлгілерге байланысты екі популяцияның физикалық және генетикалық тұрғыдан екі бөлек кіші түр ретінде қарастырылуы үшін жеткілікті түрде ерекшеленетінін анықтау қиын.
  • Батыс горилланың екі кіші түрі - батыс жазық горилла (горилла горилласы) және кросс өзенінің горилласы (Горилла горилла диехли).

Номенклатура

«Горилла» атауы шамамен 2500 жыл бұрын Африканың батыс жағалауында жүзген карфагендік зерттеушінің ежелгі есебінен алынған. Жергілікті адамдар ұлы маймылдың атын онымен бөлісті &mdash оның дөрекі аудармасы «шашты адам» дегенді білдіреді.

Тау гориллалары Вирунга тау жотасының айналасында өмір сүреді. Вирунга аудармасы «бұлттарға жететін жалғыз тау» дегенді білдіреді.

Филогенез

Приматтарды екі қосалқы топқа бөлуге болады.

  • Просимия (просимиялар)
    • Просимияларды қарабайыр деп атайды, өйткені олардың кейбір физикалық сипаттамалары басқа сүтқоректілерде кездеседі, бірақ әдетте басқа приматтарда ортақ емес. Мысалы, просимиялықтардың иіс сезімін жақсартатын ринарий (иттерде де кездеседі) деп аталатын ылғалды болып қалатын мұрын құрылымы бар.
    • Антропоидтар жаңа дүние және ескі дүние антропоидтары болып екіге бөлінеді. Жаңа дүние антропоидтары Солтүстік және Оңтүстік Америкада, ал ескі дүние антропоидтары Африка мен Азияда туған.
    • Маймылдар үлкен және кіші маймылдар санаттарына бөлінеді. Кіші маймылдарға Оңтүстік-Шығыс Азияда туған гиббондар мен сиамангтардың белгілі 11 түрі жатады. Үлкен маймылдардың туған жері Африка мен Азияда, оларға орангутандар, шимпанзелер, боноболар және гориллалар жатады.

    Маймылдар ескі дүние маймылдарынан шамамен 25 миллион жыл бұрын бөлінген. Маймылдар мен маймылдар арасында көптеген айырмашылықтар бар, соның ішінде келесі сипаттамалар:

    • Маймылдардың құйрығы жоқ
    • Маймылдар әдетте үлкенірек дене өлшемі мен салмағына ие
    • Маймылдардың дене қалпы көбірек тік
    • Маймылдардың кеуделері кеңірек
    • Маймылдар иіске емес, көру қабілетіне көбірек сенеді (ұзын тұмсық емес, қысқа кең мұрынды)
    • Маймылдардың жүктілік мерзімі ұзағырақ болады және олардың жетілуі үшін ұзақ уақыт қажет.
    • Үлкен маймылдар әдетте аз ағашты (ағашты мекендейтін) және жер бетінде (жерде) тіршілік етеді. Бұл олардың қолдарының бұлшықеттері мен қаңқа құрылысында көптеген өзгерістерге әкелді, өйткені олар маймылдар сияқты ағашта тұруға бейімделмеген (брахия - ағаштан тербелу). 18 миллион жыл бұрын. Понгидалар тұқымдасы (орангутандар) шамамен 14 миллион жыл бұрын, гориллалар 7 миллион жыл бұрын, шимпанзелер мен адамдар шамамен 6 миллион жыл бұрын ажырасқан.
    • Адамдарда шимпанзелерге ұқсас ДНҚ-ның шамамен 98,4% (дезоксирибонуклеин қышқылы - генетикалық материал) бар. Бұл генетикалық ақпарат горилла сияқты басқа ұлы маймылдардың адаммен байланысы туралы түсінік берді. Адамдар орангутандарға қарағанда шимпанзелер мен гориллалармен жақынырақ.

    Қазіргі Горилланың ашылуы

    Қазба деректеріне сәйкес, маймылдардың ұрпақтары Африкада 25 миллионнан астам жыл бұрын пайда болған, содан кейін бүкіл Азия мен Еуропаға тараған.

    Палеонтологтар маймылдардың 15-тен астам тұқымын Италия мен Грекия сияқты жерлерде Миоцен дәуірінде (23 миллион жыл бұрын) өмір сүргенін анықтады.

    Шамамен 2500 жыл бұрын финикиялық саудагер Карфаген қаласынан Африканың батыс жағалауларына экспедиция кездейсоқ жабайы гориллалар тобын тапты.

    Он алтыншы ғасырда Эндрю Баттел есімді ағылшын теңізшісін Батыс Африкада португалдықтар тұтқынға алды. Ол отты қараусыз қалған кезде оған баратын адамға ұқсас екі маймыл (бүгін шимпанзе және горилла деп оңай танылады) туралы айтты.

    Тау горилласын алғаш рет 1902 жылы капитан Роберт фон Беринг есімді неміс офицері ашқан. Осы уақытқа дейін тек жазық гориллалар ғана өмір сүретіні белгілі болды. Тау горилласының кіші түрінің атауы капитан Роберт фон Берингтің фамилиясынан алынған (Горилла бергеи).

    Горилланың эволюциялық перспективалары

    Көптеген ежелгі зерттеушілер мен африкалық тайпалар гориллаларды қарабайыр түкті адамдар деп сипаттады. Оларды антропоидтар немесе «адам тәрізді» маймылдар деп те атаған.

    1600 жылдары маймылдар туралы өте аз мәлімет болды және ғылыми әдебиеттер көбінесе үлкен маймылдарды пигми тайпаларымен шатастырды.

    1860 жылы Ду Чаиллу атты зерттеуші горилланы кез келген адамға шабуыл жасауға дайын қанды орман құбыжығы деп сипаттады. Автор Альфред Брем 1876 жылғы кітабында Ду Чаиллудың мәлімдемесін жеңілдетті. Thierleben (Жануарлар өмірі).

    Горилланың қорқынышты келбеті, өте күштілігі және кеудені соғуы оларға бақытсыз және дәл емес қатыгез стереотипті берді. Бірнеше негізгі фильмдер бұл жалған стереотипті жалғастырды, нәтижесінде гориллалардың шынайы нәзік табиғаты туралы қате түсініктер пайда болды.

    Алғашқы құжатталған горилла зерттеулерін 1959 жылы Джордж Шаллер жүргізді. Оның кітабы деп аталды Горилла жылы. Бұл гориллалардың жабайы табиғаты сияқты көптеген мифтерді жоққа шығарған алғашқы кітаптардың бірі болды.

    1963 жылы Диан Фосси тау гориллаларын зерттеуді, зерттеуді және сақтауды бастады. 1983 жылы ол атты кітап шығарды Тұмандағы гориллалар. 1986 жылы оның кітабына негізделген фильм бүкіл әлем назарын гориллаларды сақтау мәселесіне аударды.


    Үй жануарларының нематодты паразиттері

    Жануарлар тобыНематодтардың түрлері
    КеміргіштерAngiostrongylus cantonensis
    Nippostrongylus brasiliensis
    Сифация обвелата
    Бауыр капиллярлары
    МалDictyocaulus viviparus
    Эзофагостомдық радиатум
    Onchocerca gutterosa
    ЖылқыларКүшті тіс
    Параскарис экворумы
    Oxyuris equi
    ШошқаларStephanurus dentatus
    Аскарис суум
    ҚойГемонх контортусы
    Ostertagia ostertagi
    ИттерDriofillaria spp.
    Диоктофима бүйрек
    ТауықтарСингамус трахеясы
    Аскаридия галли
    Heterakis gallinarum

    Сыртқы жауын құртының анатомиясы

    Жауын құртының сыртқы анатомиясы қандай?

    Жауын құртының сыртқы денесі басқа жәндіктердің сыртқы құрылысы сияқты топырақта тіршілік етуге жақсы бейімделген. Құрттың алдыңғы немесе басы алдыңғы деп аталады. Алдыңғы бөліктің ең бірінші бөлігінде ауыз және простомиум бар. The prostomium is a kind of lip which is located on the front of the mouth. Earthworms lose moisture and breathe via their skin. They have light-sensitive cells across their external structure, which are scattered around the skin. These cells give earthworms the ability to detect changes in lighting, and these cells are also sensitive to chemicals and touch. The body is separated in segments which resemble rings. Each segment has a number of bristly hairs attached to it, which helps the earthworm to move around. On mature earthworms, you will find a saddle or glandular ring called a clitellum. When an earthworm has mated, the clitellum will secrete a sack of eggs. The final segment of an earthworm contains the anus which is where waste is secreted.

    Dissection Guide:


    1. Put on safety goggles, gloves, and a lab apron.

    2. Place earthworm in the dissecting tray & rinse off the excess preservative. Identify the dorsal side, which is the worm’s rounded top, and the ventral side, which is its flattened bottom. Turn the worm ventral side up, as shown in the earthworm anatomy diagram below.

    3. Use a hand lens as you observe all parts of the worm, externally and internally. Locate the conspicuous clitellum, a saddle-like swelling on the dorsal surface. The clitellum produces a mucus sheath used to surround the worms during mating and is responsible for making the cocoon within which fertilized eggs are deposited. The anterior of the animal is more cylindrical than the flattened posterior and is the closest to the clitellum. The ventral surface of the earthworm is usually a lighter colour than the dorsal surface. The mouth is located on the ventral surface of the first segment while the anus is found at the end of the last segment. Find the anterior end by locating the prostomium (lip), which is a fleshy lobe that extends over the mouth. The other end of the worm’s body is the posterior end, where the anus is located.

    4. Locate the clitellum (the reproductive organ), which extends from segment 33 to segment 37. Look for the worm’s setae, which are the minute bristle-like spines located on every segment except the first and last one. Run your fingers over the ventral surface of the earthworm’s body. You should be able to feel bristle-like setae used for locomotion

    5. Refer again to the diagram of the ventral view of the worm to locate and identify the external parts of its reproductive system. Find the pair of sperm grooves that extend from the clitellum to about segment 15, where one pair of male genital pores is located. Look also for one pair of female genital pores on segment 14. There is another pair of male genital pores on about segment 26. Try to find the two pairs of openings of the seminal receptacles on segment 10. Note: These openings are not easy to see.


    A classification of living organisms

    Recent advances in biochemical and electron microscopic techniques, as well as in testing that investigates the genetic relatedness among species, have redefined previously established taxonomic relationships and have fortified support for a five-kingdom classification of living organisms. This alternative scheme is presented below and is used in the major biological articles. In it, the prokaryotic Monera continue to comprise the bacteria, although techniques in genetic homology have defined a new group of bacteria, the Archaebacteria, that some biologists believe may be as different from bacteria as bacteria are from other eukaryotic organisms. The eukaryotic kingdoms now include the Plantae, Animalia, Protista, and Fungi, or Mycota.

    The protists are predominantly unicellular, microscopic, nonvascular organisms that do not generally form tissues. Exhibiting all modes of nutrition, protists are frequently motile organisms, primarily using flagella, cilia, or pseudopodia. The fungi, also nonvascular organisms, exhibit an osmotrophic type of heterotrophic nutrition. Although the mycelium may be complex, they also exhibit only simple tissue differentiation, if any at all. Their cell walls usually contain chitin, and they commonly release spores during reproduction. The plants are multicellular, multitissued, autotrophic organisms with cellulose-containing cell walls. The vascular plants possess roots, stems, leaves, and complex reproductive organs. Their life cycle shows an alternation of generations between haploid (gametophyte) and diploid (sporophyte) generations. The animals are multicellular, multitissued, heterotrophic organisms whose cells are not surrounded by cell walls. Animals generally are independently motile, which has led to the development of organ and tissue systems. The monerans, the only prokaryotic kingdom in this classification scheme, is principally made up of the bacteria. They are generally free-living unicellular organisms that reproduce by fission. Their genetic material is concentrated in a non-membrane-bound nuclear area. Motility in bacteria is by a flagellar structure that is different from the eukaryotic flagellum. Most bacteria have an envelope that contains a unique cell wall, peptidoglycan, the chemical nature of which imparts a special staining property that is taxonomically significant (i.e., gram-positive, gram-negative, acid-fast).

    The use of “division” by botanists and “phylum” by zoologists for equivalent categories leads to a rather awkward situation in the Protista, a group of interest to both botanists and zoologists. As used below, the terms follow prevailing usage: phylum for the primarily animal-like protozoa and division for other protistan groups that are more plantlike and of interest primarily to botanists.

    The discussion above shows the difficulty involved in classification. For example, one traditional classification of the Aschelminthes, presented below and in the article aschelminth, divides the phylum Aschelminthes into five classes: Rotifera, Gastrotricha, Kinorhyncha, Nematoda, and Nematomorpha. An alternative classification elevates these classes to phyla, and still another classification establishes different relationships between the groups—phylum Gastrotricha, phylum Rotifera, phylum Nematoda (containing classes Adenophorea, Secernentea, and Nematomorpha), and phylum Introverta (containing classes Kinorhyncha, Loricifera, Priapulida, and Acanthocephala). The true relationships between these pseudocoelomates remain to be established.


    Алғыс

    I thank J. Wiens for organizing the 2006 SSB symposium on species delimitation and for inviting me to contribute this paper. L. Knowles provided valuable information about methods based on coalescent theory, and J. Sites, J. Wiens, and an anonymous reviewer provided comments on an earlier version. I have previously acknowledged the contributions of numerous colleagues to the development of my views on species concepts (see de Queiroz, 1998, 1999, 2005a, 2005b, 2005c).


    Бейнені қараңыз: Торт тулик ТуЙЕ (Қаңтар 2022).