Ақпарат

ДНҚ тізбегінің ұзындығын табыңыз?

ДНҚ тізбегінің ұзындығын табыңыз?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

$N=5 imes10^3$ және мутация жылдамдығы әр сайтқа $mu=10^{-5}$ берілген болса, мутацияның пайда болу ықтималдығы M, 0,95-тен үлкен немесе тең болатындай ДНҚ тізбегінің ұзындығын табыңыз. .

Есептің бұл түрінің әдісі немесе формуласы бар ма?


Әр сайттағы гаплотипке мутация жылдамдығы $mu = 10^{-5}$. Диплоидияны және популяция көлемін $N=5000$ деп алсақ, бір учаскедегі популяциялық кең мутация жылдамдығы $10^{-5} * 5000 * 2 = 0,1$ құрайды.

$0,1$ демек, мутацияның белгілі бір жерде (бүкіл популяцияда) пайда болу ықтималдығы. 10 сайт үшін мутацияның кем дегенде бір учаскеде орын алу ықтималдығы $1 - (1-0,1)^{10} = 0,65$.

Біз мақсат етіп отырған ықтималдық 0,95. Ендеше теңдеуді жазайық

$$1 - (1-0,1)^{x} = 0,95$$

, мұндағы $x$ - біз іздейтін сайттар саны. Сізге қазір $x$ үшін шешіп, үлкенірек бүтін санға дейін дөңгелектеу керек.


  • Геномды секвенирлеу генетикалық биологияны түсінуімізді айтарлықтай ілгерілетеді және медициналық диагностика мен емдеу үшін үлкен әлеуетке ие.
  • ДНҚ секвенирлеу технологиялары кем дегенде үш &ldquogeneration&rdquo басынан өтті: Сэнгер секвенирлеуі және Гилберт секвенциясы бірінші ұрпақ, пиросеквенирлеу екінші ұрпақ және Illumina секвенциясы келесі ұрпақ болды.
  • Сэнгер реттілігі өсіп келе жатқан ДНҚ жіптеріне қосылатын және әртүрлі нүктелерде синтезді тоқтататын тізбекті терминаторларды, ddNTP-ларды қолдануға негізделген.
  • Illumina реттілігі бір шағын слайдта бір уақытта 500 000 000 әртүрлі реттілік реакцияларын орындауды қамтиды. Ол модификацияланған репликация реакциясын пайдаланады және флуоресцентті нуклеотидтерді пайдаланады.
  • Мылтық секвенциясы - ДНҚ-ның кездейсоқ фрагменттерін шығаруға негізделген тұтас хромосомалардың және тұтас геномдардың ретін анықтау әдісі, содан кейін олар бір-біріне сәйкес келетін ұштарды табу арқылы фрагменттерге тапсырыс беретін компьютерлер жинайды.
  • ДНҚ секвенциясы: ДНҚ-ның белгілі бір аймағындағы нуклеотидтердің (A, C, G және T) тізбегін анықтайтын молекулалық биологияда қолданылатын әдіс
  • дидеоксинуклеотид: дезоксирибоза тобынан екінші гидроксил тобын жоғалту нәтижесінде дезоксинуклеотидтен түзілген кез келген нуклеотид
  • in vitro: табиғи биологиялық ортадан тыс орындалатын кез келген биохимиялық процесс, мысалы, пробиркада, петри табақшасында және т.б. (латын тілінен &ldquoin шыны&rdquo)

Дидеоксидті реттілік

Еске салайық, ДНҚ полимеразалары нуклеотидтерді (dNTPs) шаблондық тізбектің тізбегіне негізделген ДНҚ-ның өсіп келе жатқан тізбегіне қосады. ДНҚ полимеразалары ДНҚ-ның бар тізбегінің 3&rsquo-OH тобына ғана жаңа негіз қосады, сондықтан табиғи ДНҚ синтезінде және ПТР сияқты әдістерде праймерлер қажет. Қазіргі уақытта қолданылатын ДНҚ секвенирлеу әдістерінің көпшілігі терминаторлар деп аталатын модификацияланған нуклеотидтердің кездейсоқ қосылуына негізделген. Терминаторлардың мысалдары болып табылады дидеокси нуклеотидтер (ddNTPs), оларда 3&rsquo-OH тобы жоқ, сондықтан ДНҚ-ның өсіп келе жатқан тізбегіне жаңа негіздерді қосу үшін бекіту орны ретінде қызмет ете алмайды ((PageIndex<1>) сурет). ddNTP ДНҚ тізбегіне енгізілгеннен кейін одан әрі ұзару мүмкін емес. Терминаторлар әрқайсысы төрт нуклеотидті негіздердің біреуіне тән төрт флуоресцентті бояғыштардың бірімен таңбаланады.

(PageIndex<1>) суреті: ddNTPs (Түпнұсқа-Deyholos-CC:AN)

ДНҚ фрагментін ретке келтіру үшін сізге сол фрагменттің көптеген көшірмелері қажет ((PageIndex<2>) сурет). ПТР-дан айырмашылығы, ДНҚ секвенциясы мақсатты тізбекті күшейтпейді және тек бір праймер қолданылады. Бұл праймер денатурацияланған ДНҚ шаблонына гибридтенеді және шаблондық тізбекте секвенирлеу реакциясы қай жерде басталатынын анықтайды. Құрамында праймер үлгісі гибриді бар түтікке dNTPs, флуоресцентті таңбаланған терминаторлар және ДНҚ полимераза қоспасы қосылады. Содан кейін ДНҚ-полимераза флуоресцентті таңбаланған нуклеотид қосылғанша ДНҚ-ның жаңа тізбегін синтездейді, бұл кезде кеңейту тоқтатылады. Реакцияда миллиондаған шаблон молекулалары болғандықтан, қысқарақ молекулалардың сәйкес саны синтезделеді, олардың әрқайсысы соңғы енгізілген негізге сәйкес келетін флуоресцентті жапсырмамен аяқталады.

Сурет (PageIndex<2>): Реакцияларды реттілік ДНҚ фрагментінің үлгілік көптеген бірдей көшірмелерінен басталады. Үлгі денатурацияланады, содан кейін праймерлер шаблонға күйдіріледі. Полимераза, әдеттегі dNTPS және флуоресцентті таңбаланған терминаторлар қосылғаннан кейін кеңейту праймер орнында басталады. Ұзарту флуоресцентті таңбаланған терминатор (осында түспен көрсетілген) қосылғанша жалғасады. (Түпнұсқа-Deyholos-CC:AN)

Жаңадан синтезделген жіптерді үлгіден денатурациялауға болады, содан кейін олардың ұзындығына қарай электрофоретикалық жолмен бөлуге болады ((PageIndex<3>) сурет). Әрбір жолақ ұзындығы бойынша бір нуклеотидпен ерекшеленетіндіктен және бұл нуклеотидтің идентификациясы оның флуоресценциясынан белгілі болғандықтан, ДНҚ тізбегін дәйекті жолақтардағы түстердің ретінен оқуға болады. Іс жүзінде бір реттілік реакциясынан оқуға болатын тізбектің максималды ұзындығы шамамен 700 бит.

Сурет (PageIndex<3>): Флуоресцентті таңбаланған өнімдерді ұзындығына қарай электрофоретикалық жолмен бөлуге болады. (Түпнұсқа-Deyholos-CC:AN)

ДНҚ секвенирлеу реакцияларын талдауда қолданылатын ерекше сезімтал электрофорез әдісі капиллярлық электрофорез деп аталады (Сурет (PageIndex<6>)). Бұл әдісте ток секвенирлеу өнімдерін мөлдір пластиктен жасалған жұқа түтікке салынған гель тәрізді матрица арқылы тартады. Кәдімгі электрофорездегідей, ең кішкентай фрагменттер капилляр арқылы ең жылдам қозғалады. Олар капиллярдың соңына жақын нүктеден өткенде әрбір бояудың флуоресцентті қарқындылығы оқылады. Бұл хроматограмма деп аталатын графикті шығарады. Кезектілік әрбір позициядағы ең жоғары шыңды (яғни ең қарқынды флуоресцентті сигналы бар бояуды) анықтау арқылы анықталады.

Сурет (PageIndex<4>): Флуоресцентті таңбаланған өнімдерді капиллярлық электрофорез арқылы бөлуге болады, ол ретті оқуға болатын хроматограмма жасайды.(Wikipedia-Abizar Lakdawalla-PD)


Уотсон мен Криктің ДНҚ құрылымы

Уотсон мен Крик екі ғалым Линус Полинг пен Коридің қолжазбасын зерттегеннен кейін ДНҚ құрылымын көрсетті. 1953 жылы Линус Полинг пен Кори нуклеин қышқылының 3D-құрылымын берді, ол сәтті болмады. Содан кейін (1953 жылдың басында) Уотсон мен Крик бірге деректерін біріктірді физикалық және химиялық қасиеттері және ДНҚ-ның қос спиральдық құрылымын ұсынды. Уотсон және Крик ДНҚ моделінің негізгі сипаттамаларына мыналар жатады:


ДНҚ-ның физикалық қасиеттері

  • Уотсон және Крик моделі бойынша ДНҚ екі полинуклеотидтік тізбектен тұратын қос тізбекті спираль болып табылады. Екі полинуклеотид тізбегі спиральді немесе бұрандалы түрде бұралған, бұл оған а береді бұралған баспалдақ тәрізді қара.
  • ДНҚ-ның екі полинуклеотидті тізбегінің де қарама-қарсы полярлықтары бар, бұл екі тізбектің тік ішекте өтетінін білдіреді. антипараллельді бағыт, яғни біреуі 5'-3', екіншісі 3'-5' бағытта.
  • ds-тізбекті ДНҚ спиральының диаметрі 20Å.
  • Екеуінің арасындағы қашықтық нуклеотидтернемесе ядроаралық қашықтық болып табылады 3,4Å. ДНҚ спиральының ұзындығы 34Å толық айналымнан кейін және ол иеленеді 10 негізгі жұп айналым сайын.
  • ДНҚ «оң жақ» бағытта бұралған немесе біз «Сағат тілі бағытымен”.
  • ДНҚ-ның айналуы кең шегіністердің пайда болуына әкеледі, яғни «Негізгі ойық». Екі жіптің арасындағы қашықтық тар шегініс жасайды, яғни «Кіші ойық». Негізгі және кіші ойықтардың пайда болуы ДНҚ орамынан кейін пайда болады және ойықтар сонымен қатар ДНҚ байланыстыратын ақуыздардың орны ретінде әрекет етеді.

ДНҚ-ның химиялық қасиеттері

  • Полинуклеотидтер тізбегінде төрт нуклеотидтік негіз бар аденин, гуанин, цитозин және тимин. Аденин мен гуанин - бір сақина құрылымы бар екі пуриндік негіз. Цитозин және тимин - қос сақиналы құрылымға ие екі пиримидиндік негіз.
  • Екі жіп бір-бірімен «Қосымша негізді жұптау” азотты негіздер. Демек, пурин негізі пиримидин негізімен толықтырылады, онда «Аденин» «тиминмен» және «гуанин» «цитозинмен» жұптасады.
  • ДНҚ-ның полинуклеотидтік тізбектеріндегі нуклеотидтік негіздер бір-бірімен күшті байланыс арқылы қосылады. сутектік байланыс.
  • Аденин тиминмен толықтырады екі сутектік байланыс, ал гуанин цитозинмен комплементарлы түрде жұптасады үш сутектік байланыс.
  • ДНҚ-ның нуклеотидтік негізі Чаргафф ережесіне сәйкес, пуриндердің қосындысы пиримидиндер санына тең. Негізгі құрамы A + G = T + C Чаргафф ережесіне бағынады, бірақ A+T негізгі құрамы G+C-ге тең емес.
  • ДНҚ-ның полинуклеотидті жіптері үш негізгі компоненттен тұрады, атап айтқанда азотты негіздер, дезоксирибоза қант және а фосфат топ.
  • ДНҚ-ның арқауы қант-фосфатты омыртқадан тұрады. Қант-фосфатты магистраль ДНҚ-ның екі полинуклеотидті жіптерін де «Фосфодиэфирлік байланыс». Сондықтан қант пен фосфаттар арасындағы байланыс, яғни фосфодиэфирлік байланыс және азотты негіздер арасындағы байланыс, яғни сутектік байланыс «ДНҚТұрақтылық”.

Қорытынды

ДНҚ 1953 жылы Уотсон мен Крик ұсынған супермодель болып табылады. Қос спиральді ДНҚ-ның ашылуы Морис Уилкинс пен Розалинд Франклиннің ынтымақтастығынсыз мүмкін болмады. Морис Вилкинс пен Розалинд Франклин ДНҚ суретін ашты Рентгендік кристаллография. ДНҚ-ның рентгендік дифракциялық суреті Уотсон мен Крикке ДНҚ құрылымы мен компоненттерін одан әрі зерттеуге көмектесті. Осы арқылы Уотсон мен Крик белгілі ДНҚ үлгісін ұсынды Уотсон мен Криктің қос спиральді ДНҚ моделі.

ДНҚ - адамның барлық генетикалық ақпаратын қамтитын ең үлкен биомолекула ағза құру немесе тіршілік формасы. ДНҚ-ның қос спиралді құрылымын зерттеу бізге ДНҚ-ның химиялық және физикалық қасиеттерін білуге ​​көмектеседі, сонымен қатар ДНҚ-ның «Генетикалық материал”.


Қосымша онлайн ресурстар

Адам геномының жобасы
«ДНҚ сот сараптамасы» деп аталатын бұл сайт Адам геномы жобасымен ұсынылған. Бұл «ГҮЛДЕР» сабағында өткен тақырыпқа толық шолу жасайды.

Үйреніңіз.Генетика: Гельдік электрофорез
ДНҚ криминалистикасына арналған бұл презентацияны Юта университетіндегі генетика ғылымын оқыту орталығының «Learn.Genetics» ұсынған.

Үйрену. Генетика
Бұл генетика туралы білуге ​​арналған ресурстардың кең ауқымына сілтемелер беретін Learn.Genetics негізгі сайты.

MIT BLOSSOMS бейнесі: Полицияның сәйкестендіру зертханасына бару
Қосымша бейнені қараңыз: ДНҚ-ның қылмыс болған жердегі дәлелдемелерден қалай алынатынын көру үшін Кембридждегі полицияның сәйкестендіру зертханасына барыңыз.


Python көмегімен ДНҚ емес негіздерді реттілікпен қалай санауға болады

Жақында мен іздеу журналдарында екі нақты сұрақтың үнемі пайда болатынын байқадым: «ДНҚ емес негіздерді дәйектілікпен қалай санауға болады» және «дәйектілікте ДНҚ бар-жоғын қалай анықтауға болады» (белокқа қарағанда). Екінші сұрақ шынымен біріншінің ерекше жағдайы екені мені таң қалдырды - бізде ДНҚ негіздерінің санын реттілікпен санау тәсілі болған кезде, біз жай ғана ережені қолдана аламыз, егер 80% -дан көп болса (немесе кез келген басқа сан біз таңдау) тізбегіндегі негіздер A,T,G немесе C болса, бұл ДНҚ болуы мүмкін.

Жұмыс істейді деп ойлайтын ең қарапайым нәрседен бастайық – біз A, T, G және C таңбаларының санын ретімен санаймыз, содан кейін пайызды алу үшін ұзындыққа бөліп, 100-ге көбейтеміз. Бұл мысал үшін мен ATGC емес үш таңбадан тұратын ДНҚ тізбегін пайдаланып жатырмын: әрқайсысы N, Y және R таңбалары. Python 2-де іске қосқыңыз келсе, кодтың басына бөлуді түзетуді енгіздім. :

Бұл код битінің нәтижесі оның күтілгендей жұмыс істейтінін көрсетеді:

Дегенмен, кейбір жағдайларда біз ДНҚ тізбегінде A, T, G және C-ден басқа таңбаларға рұқсат бергіміз келуі мүмкін. Стандартты IUPAC екіұштылық кодтарының жиынтығын көрсететін осы кестені қараңыз:

Олардың қай жиынына рұқсат бергіміз келетініне байланысты, біз он алты түрлі таңбаны санағымыз келуі мүмкін. count() үшін он алты түрлі қоңырауды бір жолға сығымдаудың орнына, рұқсат етілген таңбаларды айналдырып, бір уақытта санауды құрастырған дұрыс. Мұнда рұқсат етілген таңбалар жинағын анықтау үшін тізімді пайдалану арқылы орындау үшін аздап код берілген. Бұл мысал үшін мен төрт стандартты негізге және пуриндерге (R) және пиримидиндерге (Y) рұқсат етемін:

Күтілгендей, жауап бірінші мысалға қарағанда жоғары, өйткені біз қазір R және Y-ді ДНҚ негіздері ретінде санаймыз:

Бұл функцияға айналдыру үшін тамаша код сияқты көрінеді. Біз ДНҚ тізбегін және рұқсат етілген негіздер тізімін функция аргументтеріне айналдырамыз және тек ATGC таңбаларын санаудың ақылға қонымды әдепкі мәнін қолданамыз.

Функция кірістердің жағдайына қарамастан жұмыс істейтініне көз жеткізу үшін енгізу ретін де, рұқсат етілген негіздерді де бас әріпке қалай өзгерткенімізге назар аударыңыз. Міне, бірнеше жылдам сынақтар:

Бұл функцияны жазғаннан кейін, тізбектің ДНҚ екенін тексеру үшін функцияны анықтау өте оңай. Функцияны мүмкіндігінше икемді ету үшін рұқсат етілген негіздерге де, сәйкес келетін негіздердің ең аз пайызына да ақылға қонымды әдепкі мәндерді тағайындаймыз. Енгізу ретін және рұқсат етілген негіздер тізімін count_dna() функциясына жібереміз, содан кейін сол шақырудың нәтижесін минимуммен салыстырамыз. Міне, функция оны сынау үшін бірнеше жолдармен бірге:

Көріп отырғаныңыздай, функция өте қысқа - біз бұрынғы функциямыз қайтарған ДНҚ негіздерінің пайызы минимумнан жоғары ма деп сұраймыз және нәтижені қайтарамыз. Шығару көрсеткендей, біз минимумды ұлғайту арқылы сынақты қатаңырақ немесе кейбір түсініксіз негіздерге рұқсат беру арқылы жұмсақ ете аламыз:

Санау функциясын жазудың тағы бір, әлдеқайда қысқа жолы кейбір топтағы таңбаларды таңдау үшін тізімді түсінуді пайдалану болады:


Тізбекті құрастыру мәселесі

Тізбекті құрастыру мәселесін келесідей сипаттауға болады.

Тізбектер жиынын ескере отырып, ішкі жолдар ретінде жиынның барлық мүшелерін қамтитын ең аз ұзындық жолын табыңыз.

Бұл мәселе геномдағы қайталанатын тізбектердің, сондай-ақ олардың ішіндегі алмастырулардың немесе мутациялардың болуына байланысты одан әрі күрделене түседі.

Тізбекті құрастыру мәселесін нақты өмірлік сценариймен төмендегідей салыстыруға болады.

Сіз кітаптың көптеген данасын алып, олардың әрқайсысын әртүрлі кескішпен ұсақтағыштан өткізіп, содан кейін ұсақталған бөліктерді желімдеу арқылы кітап мәтінін қайтадан біріктіруге тырысасыз делік. Бұл тапсырманың өте қиын екені анық. Сонымен қатар, қосымша практикалық мәселелер де бар. Түпнұсқа көшірмеде көптеген қайталанатын абзацтар болуы мүмкін және кейбір кесінділер ұсақтау кезінде қателер болуы үшін өзгертілуі мүмкін. Басқа кітаптың бөліктері де қосылған болуы мүмкін және кейбір үзінділер мүлдем танылмайтын болуы мүмкін.

Бұл өте түсініксіз естіледі және оны орындау мүмкін емес. Бұл мәселе екені белгілі NP-толық. NP-толық есептер - күйі белгісіз есептер. Кез келген NP-толық есеп үшін полиномдық уақыт алгоритмі әлі ашылған жоқ және олардың ешқайсысы үшін полиномдық уақыт алгоритмі жоқ екенін әлі ешкім дәлелдей алмады. Дегенмен, бар ашкөз алгоритмдер Тәжірибелердің тәжірибеде өте жақсы орындалғаны дәлелденген тізбекті құрастыру мәселесін шешу.

Тізбекті құрастыру мәселесін шешу және дәйекті деректерді талдауды орындау үшін қолданылатын жалпы әдіс реттілігі.


ДНҚ тізбегінің ұзындығын табыңыз? - Биология

Төмендегі жаттығуда сізге белгісіз ДНҚ тізбегі беріледі және тізбекті аминқышқылдарының тізбегіне аудару үшін веб-құралды пайдалануды сұрайды және дұрыс оқу шеңберін анықтауға үміттенеміз. Содан кейін келесі жаттығуда пайдаланғыңыз келсе, осы аминқышқылдарының ретін мәтінді өңдеу бағдарламасына сақтайсыз (немесе оны өзіңізге электрондық пошта арқылы жіберіңіз).

Сіздің ретіңізді алу
Зертханада мұны cDNA кітапханасынан клонды секвенирлеу немесе ПТР күшейтуінен күшейтілген ДНҚ фрагментін оқшаулау арқылы алуға болады. Көбінесе мұндай өнімді тізбектеген кезде бізде талдау қажет болатын күтпеген ДНҚ фрагменті бар екенін көреміз. Мұнда біз реттіліктер дерекқорымыздан кездейсоқ реттіліктің ішінара ретін береміз. Ген тізбегін алу түймешігін басқаннан кейін төмендегі терезеде ішінара нуклеотидтер тізбегі пайда болады.

Тізбекті аудару
Интернеттегі бірнеше сайттар енгізу тізбегін аударуды орындайды. Төмендегі Expasy сілтемесін басу сізге аударма құралына рұқсат беретін жаңа терезені ашады. ДНҚ тізбегін аудару нуклеотидтер тізбегін бір уақытта үш негізді оқып, содан кейін аминқышқылдарының тізбегіне жету үшін генетикалық код кестесін қарау арқылы жүзеге асырылады. Бұл бағдарлама барлық алты мүмкін кадрдағы енгізу тізбегін зерттейді (яғни, nt 1, nt 2 және nt 3-тен бастап 5'-тен 3'-ге дейінгі және 3'-тен 5'-ке дейінгі ретті оқу). Тиісті аударманы анықтау үшін біз әдетте тоқтау кодонына тап болғанға дейін аминқышқылдарының ең ұзын тізбегін беретін кадрды іздейміз. (64 кодон және нонсенс үшін үш код болғандықтан, біз «жақтаудан тыс» тізбекті оқысақ, орта есеппен әрбір 20 аминқышқылында бір рет тоқтау кодоны пайда болады деп күтеміз. Дегенмен, «орта есеппен» бұл дәл солай және ол дұрыс емес оқу кадры тоқтау кодондары жоқ кеңейтілген тізбекті береді.Келесі жаттығу осы мәселені шешеді.

Аударма үшін Expasy құралдарын қолданамыз. Оны басу жаңа терезені ашады, осылайша сіз осы терезеге нұсқаулар алу және ретіңізді көшіру үшін орала аласыз.


Геномика

ДНҚ секвенциясы және геномикасы

ДНҚ секвенциясы геномдағы ДНҚ нуклеотидтерінің немесе негіздердің ретін анықтайды – ағзаның ДНҚ-сын құрайтын адениндер (А), цитозиндер (С), гуаниндер (G) және тиминдердің (Т) реті. ДНҚ секвенциясы әртүрлі әдістер арқылы жүзеге асырылуы мүмкін. Пиросеквенирлеу суретке түскенге дейін ДНҚ секвенциясы үшін Сангер секвенциясы (тізбекті тоқтату) әдісі кеңінен қолданылды. Сэнгер әдісі дидеоксинуклеотидтерді қолдануға негізделген. Дидеоксинуклеотидтер құрылымы жағынан нуклеотидтермен бірдей, тек олардың құрамында гидроксил тобының (–OH) орнына 3′-көміртегінде сутегі тобы (–Н) бар. Бұл дидеоксинуклеотидтер келесі нуклеотидпен фосфодиэфирлік байланыс түзе алмағандықтан, келесі нуклеотидтердің қосылуын болдырмайды және ДНҚ тізбегінің түзілуін тоқтатады. Екінші жағынан, пиросеквенирлеу «синтез арқылы секвенирлеу» принципіне негізделген. Ол дидеоксинуклеотидтермен тізбектің аяқталуына емес, нуклеотидтердің қосылуында пирофосфаттың бөлінуін анықтауға негізделген. Пиросеквенирлеу бір уақытта миллиондаған реттіліктерді шығаратын секвенирлеу процесін параллельдендіретін жоғары өнімді секвенирлеудің негізін құрайды. Қазіргі уақытта 454 пиросеквенирлеу, Illumina (Solexa секвенирлеу) және SOLiD секвенирлеу сияқты бір химияда әртүрлі екінші буын секвенсерлері жұмыс істейді. Жаңа буынды секвенирлеу технологияларының пайда болуымен секвенирлеудің құны және секвенирлеуді нақты орындауға қажетті уақыт айтарлықтай төмендеді. Бұл геномика саласында көптеген мүмкіндіктер ашты. Вирустарды, бактерияларды, саңырауқұлақтарды, өсімдіктер мен жануарларды қоса алғанда, көптеген түрлердің геномикасын түсіну үшін көптеген жобалар жасалды.


RFLP зондтарын әзірлеу

  • Жалпы ДНҚ метилденуге сезімтал ферментпен (мысалы, PstI) қорытылады, осылайша кітапхананы бір немесе төмен көшірмені экспрессивті тізбектер үшін байытады (PstI клондары экспрессиялық гендер метилденбеген деген ұсынысқа негізделген).
  • Ас қорытылған ДНҚ препараттық агарозды гельде мөлшерге бөлінеді, ал 500-ден 2000 битке дейінгі фрагменттер кесіледі, элюцияланады және плазмидтік векторға клондалады (мысалы, pUC18).
  • Плазмидалардың дайджесттері кірістірулерді тексеру үшін скринингтен өтеді.
  • Бір және аз көшірме тізбегіне гибридтенетін клондарды таңдау үшін кірістірулердің оңтүстік бөліктерін жалпы кесілген ДНҚ-мен зерттеуге болады.
  • Зондтар рестрикциялық эндонуклеазалармен қорытылатын әртүрлі генотиптердің геномдық ДНҚ-сын пайдаланып, RFLP үшін скринингтен өтеді. Әдетте, полиморфизм деңгейі орташа және жоғары түрлерде EcoRI сияқты екі-төрт шектеуші эндонуклеазалар қолданылады.


Бейнені қараңыз: Задачи по цитологии: Задачи на построение иРНК, тРНК и аминокислотной цепочки 1 (Мамыр 2022).