Ақпарат

NT-де австралиялық көгершінді анықтау


Бұл көгершін Австралияда, Дарвин қаласында байқалды. Мен оны кітаптарым немесе Google іздеулері арқылы нақты анықтай алмаймын. Менің ең жақсы ставкам - Торресиялық Императорлық Көгершін (Құстар NT веб-сайты).


Сіздің құсыңыз Император көгершініне ұқсайды Дукула тұқымдас. Сіздің үлгіңіздің жалғыз суретінің шектеулі бұрышына сүйене отырып, түрге қатысты менің ең жақсы болжамым - бұл Торресиялық императорлық көгершін (Дукула спилорея).

Түр - Австралиядағы (оның ішінде сіз үлгіні көрген Солтүстік аумақта), Жаңа Гвинеядағы және жақын маңдағы аралдардағы әртүрлі мекендеу орындарында (орман, орман, саванна, мангр және скраб) кездесетін салыстырмалы түрде үлкен, көгершін түрі.

Мұнда қосымша суреттерді, бейнелерді және қоңырауларды, сонымен қатар қосымша ақпаратты осы жерден көре аласыз.

Сіздің үлгіңіздің жақын туысқан Пиед Императорлық көгершін болуы екіталай (Дукула екі түсті) себебі:

  1. D. екі түсті оңтүстік-шығыс азиялық түр

  2. D. екі түсті көкшіл сұр тұмсығы бар, ал сіздің үлгіңіз және D. спилорея екеуінің де тұмсығы сары.

    Ескертпе: Сіздің үлгіңіз де екіталай Ducula subflavescens өйткені қауырсындары ақ, сары емес, бұл екіталай Ducula luctuosa өйткені бұл түр тек бірнеше аралдарға ғана тән.


Вонга көгершін

Жоғарыдан қарағанда Вонга көгершінінің жүні сұр сұр болып келеді. Алайда, алдынан қараған кезде, құс мойнына оралған ақ орамал тағып, төменнен қараған кезде оның ақ асты бірнеше ондаған ұсақ жарты ай пішіндерімен тартымды өрнектелген. Көбінесе құс бұтаққа қонған кезде, құйрығын көтеріп, құйрығын жоғары көтеріп, құсты сынған өлі ағаштың бір бөлігіне ұқсатады деген осы жарты ай белгілерін көрсетеді.

Сәйкестендіру

Сипаттама

Вонга көгершін немесе Вонга Вонга - кішкентай басы, қысқа, кең қанаттары және ұзын құйрығы бар үлкен, толық, жерде тұратын көгершін. Оның үстінде негізінен сұр түсті, бозғылт беті, төсінде ерекше ақ V белгісі және қара-қоңыр жарты ай мен сыналармен батыл белгіленген ақ төменгі бөліктері бар. Көздер қою қызыл-қоңыр, қызғылт көз сақинасы және қара лореспен (сабақ пен көздің арасындағы аймақ) және шоқ, аяқтар мен аяқтар қою қызғылттан қызылға дейін. Жас вонга көгершіндері жоғарыда қоңыр түсті, ал V азырақ ерекшеленеді. Ұялшақ құс, адамдарға үйреніп қалған аймақтарды қоспағанда, ол бұзылған жағдайда жарылғыш қанаттарын қағып ұшып кетеді.

Орналасқан жері

Тарату

Вонга көгершін Австралияның шығыс жағалауында, оңтүстік-шығыс Квинслендтен Гиппслендке, Викторияға дейін кездеседі.

Мінез-құлық

Тамақтандыру

Вонга көгершін жергілікті және интродукциялық өсімдіктердің тұқымдарымен, сондай-ақ құлаған жемістермен және кездейсоқ жәндіктермен қоректенеді. Ол тек жерден қоректенеді, көбінесе жақсы белгіленген маршруттар бойынша ұзақ қашықтықты жаяу жүреді. Ол негізінен таңертең ерте және кеш түсте қоректенеді, кейде азығы мол жерлерде үлкен отар жасайды.

Асылдандыру

Вонга көгершін моногамды болып табылады, өсіретін жұптары ұяның айналасындағы аумақты қорғайды. Қауіпті дисплейлерге иілу және бұзушыға қарай жүру кезінде шерту кіреді. Ұялар әдетте жерден биік, үлкен ағаштарға салынады және ұсақ бұтақтармен, жүзім бұтақтарымен және басқа да жұмсақ өсімдік материалдарымен қапталған бұтақтар мен таяқтардан тұратын табақша тәрізді платформа болып табылады. Кейде Topknot көгершіндерінің немесе қызыл бақабақтардың тасталған ұяларын пайдаланады. Екі жыныстағылар жұмыртқаларды инкубациялайды және балаларды тамақтандырады. Олар ұяда отырғанда, өрнектелген құйрығын жоғары көтеріп, кез келген бақылаушыға қаратып, әлеуетті қауіп-қатерлерді бақылау үшін құйрықтың үстінен қарап отырып, ерекше 'құпиялық позаны' пайдаланады. Бұл поза құстарды жамылғысынан жуып, алабұғаға ұшып кеткенде де қолданылады. Ересектер жас құстарды регургитация арқылы тамақтандырады, ал жас құстар ұшып шыққаннан кейін біраз уақыт ересектермен бірге қалады, бірақ азырақ тамақтанады.


10 күндік Ultimate Top End Birding Adventure Tour

Дарвин

  • Құстарды бақылауға назар аудару
  • жоғары
  • Жабайы табиғатқа назар аудару
  • орташа
  • Фотосурет фокусы
  • орташа | жоғары
  • Мәдениетке назар аудару
  • төмен | орташа
  • Жаяу жүру рейтингі
  • орташа
  • Қайық круиздерінің саны
  • Қоғамдық 2 Жеке 1
  • Ұйықтау опциялары
  • люкс / кемпинг

Тур жазбалары және қондырмалар

Бұл тур Дарвиннен, Солтүстік аумақтан басталып, Батыс Австралиядағы Кунунуррада аяқталады. Сіз Дарвинге немесе Брумға Air North-пен қысқа рейспен немесе Дарвинге оралатын жол арқылы жедел трансфермен оралуға болады.

2021 жылғы ұшуға жазылыңыз немесе 7 күндік құсбегілік турларымызға тапсырыс беріңіз.

Турдың қорытындысы

NT Bird Specialists 'Ultimate Top End Birding Adventure' туры ең шалғай және әсерлі пейзаждарды, құстар мен жабайы табиғат түрлерін бір құспен ашады! Бұл бір жақты құстарды бақылау туры Дарвиннен, Солтүстік аумақтан кетеді. Ауыз суаратын құстарға мыналар жатады: сары чат, шпинифекс көгершін, гулдиан финч, күлгін тәжі бар ертегі, кемпірқосақ питта, каштан рельс, қызғылт үкі, қызыл қаршыға, жолақты жеміс көгершін, ақ жолақты бал құс, каштан және ақ қырлы жартас Көгершіндер, капюшонды тотықұс және бал жегіштер көп.

Барған аймақтар

  • Дарвин
  • Мэри өзені
  • Какаду
  • Кэтрин
  • Pine Creek
  • Тимбер Крик
  • Аргил көлі
  • Кунунурра

Тур маршруты

Тур галереясы

Күннен күнге маршрут

1-күн

Біз таңертеңгі уақытты пайдаланудан бастаймыз және Дарвиндегі ең жақсы құс аулайтын жерлерді қарастырамыз. Біз зерттейтін тропикалық қаланың айналасындағы көптеген мекендейтін жерлерге мангрлар, муссондық жүзім ормандары, бақ саябақтары, орманды алқаптар мен жағалаудағы аймақтар кіреді, бұл осы аймақтарды үй деп атайтын көптеген құс түрлерінен ләззат алады. Біз Дарвиндегі тұруымызға қайтып оралмас бұрын Мангров Алтын Ысқырғыш, Каштан Рельс, Кемпірқосақ Питта, Күлді үкі және Руфус жолақты Балиат сияқты түрлерді іздейміз.

2-күн

Таң алдында кету бізді Аделаида өзенінің жайылмасының шетіндегі әйгілі сулы-батпақты алқапқа, мұра тізіміне енгізілген Фогг бөгетіне апарады. Үйректер, қаздар, ибистер, аққұбалар, патша балықтары, цистиколалар, мүсіндер, жыртқыштар, қасыққұстар, шыбын аулағыштар, тырналар мен ләйлектердің бірнеше түрін қоса алғанда, құстар әлемінің үйі. Біз Мэри өзені аймағындағы тұруды жалғастырамыз. Мұнда кешкі ас ішу үшін мейрамханаға барар алдында біз демаламыз және аумақтағы құстар әлемінен ләззат аламыз.

3-күн

Таңертеңгілік Мари өзенінің қағаз қабығымен қапталған тұщы суға қарай таңғы круизден басталады. Қара ащы, үлкен тұмсық құтырын және әртүрлі бал жегіш түрлерін іздеңіз. Біз саунна ормандары мен құдіретті оңтүстік аллигатордың жайылмаларын зерттей отырып, Дүниежүзілік мұра Какаду ұлттық паркіне күннің аптап ыстығында саяхатымызды жалғастырамыз. Түстен кейін және тұру үшін Джабируға барар алдында біз Мамукаланың сулы-батпақты жерлеріне және құстардың терісіне барамыз. Джабиру бізге жергілікті абориген тілінде «Рагуль» деп аталатын Кекілік көгершінді көруге мүмкіндік береді.

4-күн

Біз таңертең ерте жолға шығамыз және Дүниежүзілік мұра Какаду ұлттық саябағының кейбір керемет пейзаждарын тамашалау үшін Буррунгкуй аймағын аралаймыз. Ұзындығы 6 км-ге дейін жеңіл серуендеу арқылы ол бізге ақ жолақты бал, жолақты жеміс-көгершін және қол жетпес Қара Валлару сияқты эндемикалық құмтас түрлерін көруге жақсы мүмкіндік береді. Біз Какадудың «тас елінің» солтүстік-шығысына қарай жүреміз және Арнем жерінің таңғажайып көріністерін тамашалаймыз. Убирр көне жартас өнерінің ескі кәсіптік орнын және каштан тәрізді тас көгершін және Уилкиннің рок-уоллаби сияқты қызықты түрлерімен танысты. Барлығы Джабирудағы тұруымызға оралмас бұрын.

5-күн

Бүгін біз атақты Сары су круизіне қосылу үшін күннің алдында шығамыз. Сары суда үлкен тұмсық құтан, патша балықтарының 6 түрі, арафура желкекқұйрық, бұталы Робин, қара мойын лейлек және тұзды су қолтырауындары бар. Таңертеңгілік астан кейін біз Burrungkuy (Nurlangie) аймағына жолға шығып, Banded Fruit-Dove және Helmeted Friarbird сияқты эндемикалық және құмтас мамандарын іздейміз. Біз оңтүстікке, эндемикалық және әйгілі капюшонды тотықұстың үйі Пайн Криктегі тұруға барамыз.

6-күн

Біз сөмкелерімізді жинап, Нитмилук ұлттық саябағындағы Лелиин/Эдит сарқырамасына бет алған кезде тағы бір маңызды күн келді. Бұл аймақ фин түрлері үшін ыстық нүкте болып табылады, оның ішінде Гулдиан, Маскалы, Ұзын құйрықты, Қып-қызыл және Қос жолақты. Біз сондай-ақ Солтүстік Розелла мен Ақ жұлдыру Геригонаны бақылаймыз. Стюарт тас жолымен оңтүстікке қарай жүріп, біз Кэтринге барамыз және түстен кейін елді мекеннің айналасында өткіземіз, жергілікті құс аулайтын жерлерді тексереміз.

7-күн

Бүгін таңертең Виктория тас жолымен батысқа қарай Виктория Ривер Роудхаустағы келесі тұрғын үйге барамыз. Бұл мал шаруашылығымен айналысатын ел, аққұбалар мен тотықұстардың ең жақсы аймағы, біз шабындықтар мен суару шұңқырларын тексеріп, манникиндерді (муниялар), тотықұстар мен тотығуларды бақылаймыз. Бізді Морей, Байно және Стокс сияқты әртүрлі диапазондардың таңғажайып көріністері қарсы алады. Біз Австралияның даңқты ертегілерінің бірі, Күлгін тәжі бар ертегі қызын іздеп, қамыс шөптерін сканерлейміз.

8-күн

Қысқа саяхат бізді құмтас мамандықтарын, соның ішінде ақ түсті жартасты көгершін, құмтас қышқылдары және қысқа құлақты рок Уоллабиді іздеп, төбеге көтерілетін жартасты серуендеуге апарады. Бұл 3 км-ге оралған қалыпты серуеннен таңғажайып таңғажайып көріністі таңдану күш салуға тұрарлық. Біз Виктория өзенінен батысқа қарай келесі бағытымыз Тимбер Крикке қарай жүреміз. Бұл шеткі қала Гулдиан, Жұлдыз және Зебра сияқты мүсіндер үшін тамаша. Қонақ үйімізге зейнеткерлікке шығып, лайықты тамақтанар алдында.

9-күн

Бізде таңғы астан кейін, Keep River ұлттық саябағына барар алдында құс аулауға уақыт бар. Мұнда біз жергілікті су қоймалары мен таңғажайып құмтас түзілімдерін тексереміз, соның ішінде Spinifex көгершін, ақ түсті жартас көгершін, корольдік қасық құс, Бролга, сұр түсті балды және Перегрин сұңқары бар. Біз Солтүстік аумақпен қоштасып, Австралияның ең үлкен материктік штаты Батыс Австралиямен және Австралияның ең үлкен жасанды көлі Аргайл көліне сәлем айтамыз. Объектілерден ләззат алуға немесе алаңда серуендеуге және жергілікті құстар әлемінен ләззат алуға уақыт бар.

10-күн

Біз таңғы круизге мініп, шын мәнінде керемет ортада, Аргайл көлінде шытырман оқиғаға кірісеміз. Суда пикник таңғы астынан ләззат алыңыз, содан кейін саяхаттағы ең қажетті құстардың бірі Сары чатты іздеу үшін көлдегі көптеген аралдардың біріне барыңыз. Аралда серуендеп жүргенде біз тек сары зергерлік бұйымдарды ғана емес, сонымен қатар австралиялық тосап, қоңыр Сонгларк, австралиялық пипит, зебра финч және әртүрлі үйрек түрлеріне де назар аударамыз. Біз соңғы баратын жеріміз Кунунурраға барамыз және қоштасамыз.

Басқа құстарды бақылау турларын қараңыз

Біздің тур опциялары

8 күндік Австралиялық құстарды бақылау туры, Дарвин (NT) Иса тауына (QLD) немесе Элис Спрингске (NT)

8 күндік Австралиялық құстарды бақылау туры, Дарвин (NT) Иса тауына (QLD) немесе Элис Спрингске (NT)

17 күндік Солтүстік Австралияға саяхат, Дарвин (NT) Иса тауы арқылы Кейрнс (QLD) дейін

17 күндік Солтүстік Австралияға саяхат, Дарвин (NT) Иса тауы арқылы Кейрнс (QLD) дейін

Жабайы Какаду табиғаты & пейзаждық фотографиялық экспедициясы 2021

Жабайы Какаду табиғаты & пейзаждық фотографиялық экспедициясы 2021

Қолтырауын Данди елінің жүрегі арқылы біздің эксклюзивті фотоэкспедицияға қосылыңыз. 29 тамыз – 2 қыркүйек және 4-8 қыркүйек 2021. Қолжетімділігі шектеулі.

10 күндік Ultimate Top End Birding Adventure Tour

10 күндік Ultimate Top End Birding Adventure Tour

NT Bird Specialists 'Ultimate Top End Birding Adventure' туры ең шалғай және әсерлі пейзаждарды, құстар мен жабайы табиғат түрлерін бір құспен ашады!

Шри-Ланка Құс аулау және Экотурлар 2022

Шри-Ланкадағы 15 күндік құстарды бақылау туры және жабайы табиғат 2022

Шри-Ланкадағы 15 күндік құстарды бақылау туры және жабайы табиғат 2022

2022 жылдың ақпан айында Шри-Ланканың биологиялық алуан түрлі және мәдени бай жерлерінде өтетін 15 күндік «Жабайы табиғат» шытырман оқиғасына NT Bird мамандарына қосылыңыз. «Бірегей және эндемикалық құстар мен жабайы табиғатты іздей отырып, Дүниежүзілік мұраның шөл даласына және ежелгі мәдени орындарға еніңіз. ұрылған жол. Шри-Ланка – Азияның кереметі, Үнді мұхитының інжу-маржаны.’

7 күндік солтүстік австралиялық финчтердің ашуланшақтық туры

7 күндік солтүстік австралиялық финчтердің ашуланшақтық туры

Gouldian Finch, Star Finch, Pictorella Mannikin және Солтүстік Территорияның жоғарғы шетінде орналасқан 200-ге дейін құс түрлері үшін ең жақсы құс аулау орындарының Grass 'Finch Frenzy' бойынша NT Bird мамандарына қосылыңыз. Дарвиннен бастаңыз және аяқтаңыз.

9 күндік тропикалық шеткі құстарды суретке түсіру туры

9 күндік тропикалық шеткі құстарды суретке түсіру туры

Әдемі пейзаждардағы түрлі-түсті және ерекше солтүстік австралиялық құстар мен жабайы табиғатты суретке түсіру үшін 9 күндік «Тропикалық дала» құстардың фотосуреті турына кірісіңіз.

Жабайы табиғат пен табиғатқа саяхат

Құстар мен жабайы табиғатқа 5 күндік тур

Құстар мен жабайы табиғатқа 5 күндік тур

Біздің 5 күндік «Жоғарғы құстар мен жабайы табиғат тәжірибесі» көптеген жоғары санаттағы құстар мен жабайы табиғатты, соның ішінде жолақты жеміс көгершін (эндемикалық), кемпірқосақ питта, қалпақшалы тотықұс (эндемикалық), гулдиан финч және көптеген су құстарын көруге керемет мүмкіндік береді.

4 күндік Какаду құстарды бақылау туры «Джагарна Джаунт»

4 күндік Какаду құстарды бақылау туры «Джагарна Джаунт»

Біздің 4 күндік Какаду құстарды бақылау туры «Джагарна Джаунт» Солтүстік аумақтың жоғарғы жағындағы Арнем, Какаду және Стюарт тас жолдары бойындағы 1200 шақырымдық айналымды зерттейді.

Жабайы табиғат пен табиғатқа саяхат

3 күндік Какаду жабайы табиғат туры ‘Ragul Run’

3 күндік Какаду жабайы табиғат туры ‘Ragul Run’

Top End-ке баруға уақыты аз адамдар үшін біздің 3 күндік «Рагул жүгіру» жабайы табиғат турымыз екі түнде Какаду дәмін ұсынады.

2 күндік Pine Creek құстарды бақылау туры «Тотықұс пен финч жұмақ»

2 күндік Pine Creek құстарды бақылау туры «Тотықұс пен финч жұмақ»

Тотықұстардың 10 түрі, соның ішінде (жергілікті эндемикалық) қалпақшалы тотықұс, қызыл қанатты тотықұс, кокатиел және солтүстік розелла, Пайн-Криктің тарихи алтын өндіру және теміржол қалашығын «Тотықұстардың жоғарғы мекені» етеді.

1 күндік Какаду құстарды бақылау турлары

1 күндік Какаду құстарды бақылау турлары

Біздің 1 күндік Какаду құстарын бақылау турлары Дүниежүзілік мұра Какаду ұлттық паркінің қақ ортасында басталып, аяқталады.

Дарвиннің 1 күндік құстарды бақылау туры «Жабысқақ тұмсық»

Дарвиннің 1 күндік құстарды бақылау туры «Жабысқақ тұмсық»

Дарвиннің қалалық ландшафттары құстар мен жабайы табиғаттың гүлденуі үшін көптеген мекендеу орындарын сақтайды.

Жабайы табиғат пен табиғатқа саяхат

1 күндік жабайы Какаду жабайы табиғаты & рок өнеріне саяхат

1 күндік жабайы Какаду жабайы табиғаты & рок өнеріне саяхат

Бір-екі күн ғана қалды ма? 1 күндік жабайы Какаду жабайы табиғаты және рок өнері турына қосылыңыз, Шығыс Аллигатор өзеніне іргелес орналасқан күшті Оңтүстік Аллигатордың жайылмалары мен Убирр жартас өнері алаңдары арасында Дүниежүзілік мұраға жататын жабайы табиғат пен жартас өнерін тамашалаңыз.

Какаду құс апталығының турлары 2020

Какаду құс апталығының турлары 2020

2020 жылы Какаду құстары апталығында Лука сізді ең жақсы сайттарға бағыттағанда, Какаду құстарының тамаша сәттерінің керемет дәмін алыңыз. Какаду құстары апталығының турларына бүгін тапсырыс беріңіз және тапсырыс беріңіз [email’sprotected]


Нәтижелер

Іске асыру және қолжетімділік

Метагеномикалық оқулар (немесе контигтер) алдымен KMA [16] бар анықтамалық дерекқормен салыстырылады, ол жақсырақ ақпараттандырылған және жоғары дәлдіктегі туралау үшін ConClave сұрыптау схемасын жүзеге асырады (1-сурет). Содан кейін CCMetagen сапалы сүзгілеуді жүзеге асыру және мәтіндік немесе интерактивті визуализация пішімдерінде зерттеуге болатын таксономиялық жіктеулерді шығару үшін пайдаланылады (Krona plots [17]). Біздің құбырымыз NCBI таксономиялық дерекқорын (таксидтер) реттелген және жаңартылған таксономиялық жіктеулерді жасау үшін пайдаланады, осылайша түрлердің үнемі өзгеретін номенклатура мәселесін барынша азайтады [18]. CCMetagen сұрау мен сілтеме реттілігі арасындағы ұқсастықты көрсететін таксономиялық деңгейде жіктеулерді береді. Бұл рейтингтік классификация анықтамалық деректер қорында тек алыс туыстары бар түрлерді (мысалы, сипатталмаған тектер), сондай-ақ белгілі микроорганизмдерді анықтауға болатындығын білдіреді. CCMetagen шығысын R [19] ішінде статистикалық талдаулар үшін PhyloSeq объектісіне оңай түрлендіруге болады. Құбыр NCBI нуклеотидтерінің толық жинағын (nt) анықтамалық дерекқор [20] ретінде пайдалану үшін жеткілікті жылдам, осылайша метагеномды зерттеуге бактериялар, вирустар және археалардан басқа микробтық эукариоттарды қосуға мүмкіндік береді. Біздің бағдарлама Python 3 жүйесінде жүзеге асырылады және https://github.com/vrmarcelino/CCMetagen [21] сайтында немесе Python пакетінің индексі (PyPi) [22] арқылы еркін қол жетімді. Құбырды әдепкі параметрлермен оңай іске қосуға арналған веб-қызмет https://cge.cbs.dtu.dk/services/ccmetagen/ [23] мекенжайында қолжетімді.

Саңырауқұлақтардың жіктелуі CCMetagen құбырымен дәлірек

Микробтық эукариоттардың маңызды және әртүрлі тобын анықтауда CCMetagen өнімділігін тексеру үшін біз кремнийде саңырауқұлақ метатранскриптомын (15 түр) және саңырауқұлақ метагеномын (30 түр) модельдедік. Содан кейін біз CMetagen өнімділігін Centrifuge [24], Kraken2 [25] және KrakenUniq [26] қоса алғанда, кеңінен қолданылатын метагеномдық жіктеу бағдарламалық жасақтамасымен салыстыру арқылы салыстырдық. Бұл бағдарламалар микробтық эукариоттармен жұмыс істеу кезінде қажетті икемділік болып табылатын тапсырыс бойынша жасалған анықтамалық дерекқорлармен үйлесімді болғандықтан таңдалды. Жақында KrakenUniq NCBI нуклеотидтер коллекциясын («nt» дерекқорын) пайдалану кезінде басқа он бір жіктеу әдісінен асып түсетіні көрсетілді, соның ішінде Diamond/Blast + MEGAN [12, 27, 28], CLARK [29], GOTTCHA [30], PhyloSift [31] ] және MetaPhlAn2 [9]. Сондықтан KrakenUnik қолжетімді құралдар үшін алтын стандартты ұсынады. Саңырауқұлақтардың имитацияланған метагеномы мен метатранскриптомындағы саңырауқұлақ таксондарын анықтауда салыстырылған бағдарламалық жасақтаманың дәлдігін, еске түсіруін және F1 ұпайларын бағаладык («Әдістер» бөлімін қараңыз). F1 көрсеткіші дәлдіктің гармоникалық орташа мәні болып табылады және F1 жоғары қайта шақыру ұпайларын дәлдік пен еске түсіру арасындағы жақсы айырбас ретінде түсіндіруге болады.

CCMetagen құбыры барлық тексерілген тәсілдердің ең жоғары дәлдігі мен F1 ұпайларына қол жеткізді (2-сурет, 1-қосымша файл: S1 және S2 суреттері, 2-файл). KrakenUniq тамаша дерекқорды (яғни, сынақ деректер жинағындағы барлық түрлерді қамтитын саңырауқұлақтар мен бактериялардың толық және таңдалған геномдарын ғана қамтитын RefSeq-bf) пайдалану кезінде Kraken2 және Centrifuge қарағанда жоғары дәлдікке қол жеткізді. Дегенмен, деректер базасы толық болмаған кезде KrakenUniq өнімділігі айтарлықтай төмендеді (яғни, RefSeq-f-жартылай, мұнда анықтамалық геномдарсыз түрлерді өңдеу әсерін имитациялау үшін анықтамалық тізбектердің бір бөлігі жойылған).

CCMetagen конвейері барлық таксономиялық дәрежелер үшін басқа метагеномдық жіктеу әдістеріне қарағанда жоғары F1 ұпайына ие. Әрбір бағдарламаға және таксономиялық дәрежеге арналған екі нүкте саңырауқұлақтар қауымдастығының симуляцияланған метагеномы мен метатранскриптом үлгісін пайдалану арқылы нәтижелерді білдіреді. а Анықтамалық дерекқор ретінде бүкіл NCBI nt жинағын пайдаланатын нәтижелер. б Қол жетімді барлық бактериялық және саңырауқұлақ геномдарын қамтитын RefSeq-bf (бактериялар мен саңырауқұлақтар) дерекқорын пайдаланатын нәтижелер. в RefSeq-bf дерекқорында қазіргі уақытта бар саңырауқұлақ түрлерінің кейбірін ғана қамтитын ішінара RefSeq дерекқоры анықтамалық деректер жиынында өкілдері жоқ түрлермен жұмыс істеу әсерін имитациялайды. Бұл жағдайда Kraken2, Centrifuge және KrakenUniq бір-біріне сәйкес келетін нәтижелерге ие. Қосымша ақпарат алу үшін 1-қосымша файл: S1 және S2 суреттері мен 2-қосымша файлды, соның ішінде дәлдік пен қайта шақыруды қараңыз.

Centrifuge, Kraken2 және KrakenUniq сынақ деректер жинағына енгізілген саннан әлдеқайда көп таксондарды берді: мысалы, Centrifuge, nt дерекқорымен бірге пайдаланылғанда, 30 түрді қамтитын симуляцияланған метагеномда 6950 түрді хабарлады, ал CCMetagen тек 15 ғана берді. Әрине. , олардың еске түсіруі өте жоғары болды — Centrifuge және KrakenUniq RefSeq-bf және nt анықтамалық дерекқорларын пайдалану кезінде сынақ деректер жинағында бар таксондардың 100%-ын қалпына келтірді (Қосымша файл 1: S2 сурет). nt дерекқорын пайдалану кезінде Kraken2 түр деңгейінде еске түсіру төмендеді. CCMetagen RefSeq-bf және nt дерекқорларымен бірге пайдаланған кезде түрлердің 50-ден 100% дейін қалпына келтірілді (Қосымша файл 2).

Біз сондай-ақ жинақталған реттілік көрсеткіштерімен CCMetagen сынадық (Қосымша файл 3). NCBI nt топтамасын пайдаланған кезде түр деңгейіндегі жіктеулер үшін дәлдік 67-ден 71%-ға дейін ауытқиды, ал еске түсіру 53-тен 100%-ға дейін ауытқиды (Қосымша 4-файл), бұл біздің конвейердің ұзақ тізбектерді өңдеуге жарамды екенін көрсетеді.

Ең жылдам өңдеу уақытына Kraken2 қол жеткізді (1-кесте). KMA және CCMetagen (яғни, CCMetagen құбыры) процессорының біріктірілген уақыты бүкіл NCBI nt дерекқорын пайдаланған кезде Centrifuge және KrakenUniq қарағанда жылдамырақ болды, бірақ бұл RefSeq дерекқорын пайдалану кезінде ең баяу тәсіл болды. nt дерекқорының KMA индексі тек қосумен шектелді к-екі әріптік префиксі бар mers, бұл орташа алғанда тек бір-бірін қайталамауға сәйкес келеді к-мерс. Бұл префикс жылдамдықты айтарлықтай арттырады және жылдамырақ өңдеу уақыты қажет болса, RefSeq дерекқорына да қолданылуы мүмкін (Қосымша файл 3). Ұзағырақ префиксті таңдау дерекқордағы бос орындарға әкеледі, бұл өз кезегінде төмен дәлдік пен еске түсіруге әкеледі. Екі префикспен бұл салыстырмалы түрде шектеулі. NCBI nt деректер жинағы пайдаланылған кезде, CCMetagen қажет

Үлгіні өңдеу үшін 15 мин (

5 Гб, орта есеппен 7,8 миллион оқу).

9M PE оқиды) және саңырауқұлақ метагеномы (mtg,

Бактериялық қауымдастықтар CCMetagen құбырымен жақсы бейнеленген

Біз әртүрлі күрделілік деңгейлерінде имитацияланған 10 бактериялық қауымдастыққа қолданған кезде CCMetagen құбырының өнімділігін бағаладық [32, 33]. NCBI nt топтамасын сілтеме ретінде пайдалана отырып, CCMetagen барлық таксономиялық дәрежелердегі ең жоғары дәлдік пен F1 ұпайларына қол жеткізді (Cурет 3). Ескерту Centrifuge және KrakenUniq үшін ең жоғары болды. Бұл деректер жинағында Kraken2-ні еске түсіру CCMetagen-ге қарағанда филум-семьялық деңгейдегі классификациялардан жоғары болды, бірақ тектер мен түрлер деңгейінде CCMetagen-тен төмен болды.

Kraken2, Centrifuge және KrakenUniq-пен салыстырғанда бактериялық классификациялар үшін CCMetagen құбырының өнімділігі. Дәлдік (шын позитивтердің %), еске түсіру (анықталған таксондардың %) және F1 ұпайлары 10 симуляцияланған метагеном үлгілері бойынша орташа мәндерді білдіреді. Көлеңкеленген аймақтар 75% сенімділік интервалын көрсетеді

Толық CCMetagen құбыры (KMA + CCMetagen) бактериялық метагеномдарды өңдеу үшін орта есеппен 2,1 минутты қажет етті (± 0,26 SD). Ол Kraken2 (орта есеппен 0,27 м, ± 0,21 SD) және KrakenUniq (орташа 2,56 м, ± 2,60 SD) және Центрифугадан (орташа 9,19 м, ± 0,80 SD) жылдамырақ болды.

1-биологиялық деректер жинағы: Эксперименттік тұқымдық саңырауқұлақ метатранскриптомы

Біз CCMetagen құбырын 15 саңырауқұлақ түрін өсіру, өңдеу және секвенирлеу арқылы бұрын in vitro жағдайында жасалған саңырауқұлақтар қауымдастығымен растадық ([34], Қосымша 5 файл). Талдаулар анықтама ретінде NCBI nt жинағы арқылы орындалды. Біздің құбырымыз зертханалық ластаушы заттарды білдіретін басқа эукариоттық (0,4%) және бактериялық (3%) РНҚ-ның шағын құрамдас бөлігін анықтаудан басқа, реттелген 15 саңырауқұлақ түрінің 13-ін дұрыс шығарып алды (Cурет 4, Қосымша 5 файл).

Саңырауқұлақтар қауымдастығына арналған CCMetagen нәтижелерінің суреті. Бұл Крона графигі әртүрлі таксономиялық деңгейлердегі таксондардың салыстырмалы көптігін көрсетеді, олар төменгі сатылардағы таксономиялық жіктелуіне сәйкес түспен кодталған - мұнда біз қызыл реңктерде саңырауқұлақ таксондарын және жасыл реңктерде бактериялық таксондарды көреміз. Krona html файлын веб-шолғышта ашуға және интерактивті түрде тексеруге болады. Әрбір шеңбер таксономиялық деңгейді білдіреді, мұнда пайдаланушы берілген таксономиялық дәрежедегі салыстырмалы молшылықты көрсету үшін шертеді. Таксондардың толық тізімі үшін 5-қосымша файлды қараңыз

Бұл деректер жинағында кремнийде имитацияланған саңырауқұлақтар сияқты бірдей 15 саңырауқұлақ түрі бар болғандықтан, ластану сияқты зертханаға байланысты шатастырғыштардан жіктеу қателерін ажыратуға болады. Тиісінше, біз in silico деректер жинағын пайдалану кезінде барлық 15 түрді ала алдық, бұл екі жалған негатив (Schizosaccharomyces pombe және Debaryomyces hansenii) РНҚ экстракциясының ауытқулары, геннің экспрессиясы және нақты емес жасушалар саны сияқты зертханалық мәселелерге байланысты жоқ болды. Біз сондай-ақ тұқымдық саңырауқұлақ метатранскриптомында жеті есе көп жалған позитивтерді анықтадық (бактерияларды қоса алғанда 44 түр, ал модельденген деректер тек 6 ғана берді). Бұл қосымша 38 түр аз мөлшерде болды және мүмкін реагент пен зертханалық ластаушы заттарды көрсетеді [35, 36], өйткені олар эквивалентті симуляцияланған метатранскриптомды талдауда анықталмады.

Биологиялық деректер жинағы 2: Австралиялық құстар

Біз CCMetagen құбырын Австралиядағы әртүрлі сайттардан алынған жабайы құстардан алынған 9 метатранскриптомдық кітапханада ұсынылған ішек микробиомасын сипаттау үшін қолдандық [37, 38]. Бұл үлгілер құс тұмауын ұзақ мерзімді зерттеудің бөлігі ретінде жиналды және Viral Transport Medium (құрамында 2 × 10 6 ХБ/л пенициллин, 0,2 мг/мл 383 стрептомицин, 0,5 мг/мл гентамицин бар ми-жүрек инфузиялық сорпа) сақталды. 500 U/ml амфотерицин B, Sigma), микробиома құрамы мен көптігін жеңілдетуі мүмкін, бірақ микробтық генетикалық материалды жою міндетті емес. Шынында да, саңырауқұлақтар мен бактериялардың транскрипттері барлық кітапханаларда байқалды (Қосымша файл 6). Эукариоттық микробтар құс микробиомасының үлгілерінің отбасылық деңгейдегі әртүрлілігінің 60%-ын құрады (отбасы деңгейінде жіктелмеген таксондар есепке алынбаған). Айта кету керек, саңырауқұлақтар ең көп таралған 20 микробтық отбасының 12-сін көрсетті (5-сурет). Саңырауқұлақ транскрипттерінің арасында түр деңгейінде классификациясы бар, олар базидиомицеттерге жатады. Cystofiloasidium macerans (Tremellomycetes) ең көп таралған және барлық құстар кітапханасында болды. Жіп тәрізді саңырауқұлақтардың түрлерінен алынған транскрипттер (мысалы, Мукор, Cladosporium, Фузариум) және ашытқылар (мысалы, Криптококк, Мещникова) ортақ болды. Құстармен байланысты саңырауқұлақтардың жоғары әртүрлілігі таң қалдырмайды, өйткені құстар ашытқылар мен саңырауқұлақ спораларының экологиясы мен таралуында маңызды рөл атқаратыны белгілі [39, 40]. Құс нәжістері шартты-патогендік қоздырғыш түрлерінің табиғи ұясы болып табылады Криптококк [41, 42] және бірнеше зерттеулер хабарлады Мукор, Cladosporium, және Криптококк құстармен байланысты [43,44,45]. түрлері Фузариум және Мещникова олар көбінесе өсімдіктермен байланысты және споралары немесе ұйықтап жатқан ашытқы жасушалары бар өсімдік материалдарын жұтқаннан кейін құс микробиомында өтпелі микробтар болуы мүмкін [40, 46]. Басқа микробтық эукариоттар, соның ішінде трихомонадтар да байқалды Simplicimonas және апикомплексан Эймерия. Археологиялық және вирустық транскрипттер де анықталды. Метаногенді архейлер Метанобревибактер woesei, ол бұрын тауық ішектерінде хабарланған [47], екі үйрек кітапханасында байқалды. А тұмауы вирусы анықталды және ПТР негізіндегі әдістермен расталды [37]. CCMetagen нәтижелері ең көп таралған микробтардың графикалық көрінісі үшін PhyloSeq көмегімен талданған және 5-суретті көбейтуге арналған R сценарийі CCMetagen веб-сайтында қол жетімді [48].

Жабайы құстардың микробиомасындағы микробтық тұқымдастар. Ең көп таралған 20 отбасы көрсетілген, саңырауқұлақ тұқымдастары қою шрифтпен көрсетілген. Таксондардың толық тізімін 6-қосымша файлдан қараңыз. Осы талдауларды шығаруға арналған оқулық және R сценарийлері CCMetagen веб-сайтында қолжетімді.


Аннотация

Австралияда әлемдегі бауырымен жорғалаушылардың шамамен 10%, бұл кез келген елдегі ең көп саны. Осыған және кең тараған құлдыраудың дәлелдеріне қарамастан, австралиялық жер бетіндегі скваматтардың (жыландар мен кесірткелердің) қорғалу мәртебесін алғашқы кешенді бағалау жақында ғана жүргізілді. Мұнда біз 2040 жылға қарай жойылып кету ықтималдығын бағалау үшін IUCN қауіп-қатердің ең жоғары санаттарына жататын деп бағаланған 60 түрге құрылымдық сарапшылық зерттеуді қолданамыз. Сондай-ақ біз сынақ арқылы жойылып кеткен жабайы (EW) Рождество аралының екі түрін сәтті қайта жерсіндірудің ықтималдығын бағаладық. реинтродукциялар жүргізілуде. Сарапшылардың пікірін жинақтау және талдау алты түрдің алдағы 20 жыл ішінде жойылып кету қаупі жоғары екенін (>50%) көрсетті және басқару жақсармаса, осы уақыт аралығында 11 түрге дейін жоғалып кетуі мүмкін. Сарапшылар арасындағы консенсусқа сәйкес, EW түрлерінің ешқайсысы қауіп-қатерді қарқынды басқару үшін ресурстарды айтарлықтай арттырмай, шағын қоршалған аумақтардан тыс жерде сақталуы мүмкін емес. Ең қауіпті 20 түрдің барлығы шектелген, үшеуі тек аралдарда кездеседі. Қалғандары бір штаттың эндемигі, 55% Квинсленд штатында кездеседі. Инвазивті түрлер (әсіресе арамшөптер мен енгізілген жыртқыштар) ең көп таралған қауіптер болды, одан кейін ауыл шаруашылығы, табиғи жүйенің өзгеруі (ең алдымен өрт) және климаттың өзгеруі. Австралияның құрлықтағы бауырымен жорғалаушылардың жойылып кетуінің алдын алу үшін ресурстарды көбейту және басқару араласуы шұғыл қажет.

Қосымша кілт сөздер: антропогендік жаппай қырылу дағдарысы, Австралия, биоәртүрлілікті сақтау, Дельфи, сарапшыларды шығару, IDEA, кесіртке, бауырымен жорғалаушы, жылан, сквамат, жердегі, қауіп төндіретін процестер.


Жануарлардың әртүрлілігінің веб-сайты

Жабайы Columba livia Еуропада, Солтүстік Африкада және оңтүстік-батыс Азияда тұрады. Жабайы көгершіндер бүкіл әлемде, соның ішінде бүкіл Солтүстік Америкада кездеседі. Айта кету керек, бұл диапазондағы көрініс біркелкі таралмаған (тіршілік ортасын қараңыз).

  • Биогеографиялық аймақтар
  • жақын
    • енгізілді
    • жергілікті
    • енгізілді
    • енгізілді
    • жергілікті
    • енгізілді
    • енгізілді
    • енгізілді
    • Басқа географиялық терминдер
    • космополит

    Тіршілік ортасы

    Жабайы жартасты көгершіндер егіншілікке немесе ашық бұталы өсімдіктерге жақын теңіз жағасындағы жартасты жартастардағы жарықтарға ұя салады. Жабайы көгершіндер ауылдық жерлерде ескі ферма ғимараттарында тұрады. Қалаларда зәулім ғимараттар өздерінің табиғи жартастарының орнын басуға бейім.

    Физикалық сипаттама

    Жартасты көгершіннің басы, мойыны және кеудесі қара көкшіл-сұр түсті, мойны мен қанатының қауырсындары бойынша жылтыр сарғыш, жасыл және қызыл-күлгін жылтыр. Әйелдер еркектерге қарағанда аз иридесценция көрсетеді. Шот қою сұр-қызғылт түсті. Көгершіндердің көпшілігінде қанаттардағы екі қара жолақ, ал құйрықта бір көкшіл-сұр жолақ көрінеді. Жартас көгершіндері мен жабайы көгершіндерді сыртқы сипаттамаларға негізделген әртүрлі фенотиптердің үлкен санына немесе топтарға бөлуге болады. Бұл классификациялардың кейбірі көк-бар, көк дойбы, қара дойбы, таралу және қызыл фенотиптер.

    Көбею

    Жұптар жылдың кез келген уақытында құрылуы мүмкін. Бұл жұптар өмір бойы қалыптасады. Әрбір құс көбею мен бала өсірудің көптеген аспектілері бойынша бірлесіп жұмыс істейді. Еркек ұя салады, ал жұмыртқа ұя біткеннен кейін көп ұзамай басылады. Еркектер де, әйелдер де жұмыртқаларды инкубациялайды. Жұмыртқалар басылғаннан кейін шамамен 19 күннен кейін шығады.

    • Негізгі репродуктивті ерекшеліктері
    • қайталанбас
    • гонохориялық/гонохористік/екеулі (жынысы бөлек)
    • жыныстық
    • жұмыртқалы
    • Бір маусымдағы орташа жұмыртқа 2 AnAge
    • Жұмыртқадан шығудың орташа уақыты 19 күн
    • Жұмыртқадан шығудың орташа уақыты 18 күн AnAge
    • Жыныстық немесе репродуктивті жетілудегі орташа жас (әйел)
      Жынысы: әйел 140 күн AnAge
    • Жыныстық немесе репродуктивті жетілгендегі орташа жас (ерлер)
      Жынысы: ер 140 күн AnAge

    Өмір сүру ұзақтығы/ұзақ өмір сүру

    Мінез-құлық

    Көгершіндер әдетте бастарын алға-артқа иіп жүріп немесе жүгіреді. They fly with a steady and direct path. Pigeons are most often seen during daylight, seeking cover at night and in during the heat of the day, according to the climate. They flock while roosting, sunning, and feeding, but no play has been observed. In the nesting territory, both sexes are aggressive, pecking intruders on the head.

    Communication and Perception

    Food Habits

    Rock doves feed in the early morning and in the mid-afternoon on the open ground. They eat mainly seeds. Studies of pigeons in a semi-rural part of Kansas found that their diet includes the following: 92% corn, 3.2% oats, 3.7% cherry, along with small amounts of knotweed, elm, poison ivy, and barley. In cities, feral pigeons also eat popcorn, cake, peanuts, bread, and currants. Female rock doves need to eat a diet somewhat higher in protein and calcium in order to have the nutritional resources to lay eggs.

    Predation

    Some common predators of feral pigeons in the North America are opossums (Didelphis virginiana), raccoons (Procyon lotor), great horned owls (Bubo virginianus), and eastern screech-owls (Otus asio). Other predators include the golden eagle (Aquila chrysaetos), American kestrels (Falco sparverius), and peregrine falcons (Falco peregrinus).

    • Known Predators
      • Virginia opossums (Didelphis virginiana)
      • raccoons (Procyon lotor)
      • great horned owls (Bubo virginianus)
      • eastern screech-owls (Otus asio)
      • golden eagles (Aquila chrysaetos)
      • American kestrels (Falco sparverius)
      • peregrine falcons (Falco peregrinus)

      Economic Importance for Humans: Positive

      Eaten by humans and used for laboratory research.

      Economic Importance for Humans: Negative

      A large number of pigeons living in a small area can be a nuisance to farmers. Some diseases (e.g., histoplasmosis) may be spread in pigeon droppings.

      Conservation Status

      Since pigeons are often fed by well-meaning city dwellers, their numbers are high. Wild rock doves also have no special status.

      • IUCN Red List Least Concern
        More information
      • IUCN Red List Least Concern
        More information
      • US Migratory Bird Act No special status
      • US Federal List No special status
      • CITES No special status
      • State of Michigan List No special status

      Other Comments

      Feral pigeons have been used extensively in laboratories because they are domesticated and found in abundance throughout the world. These studies include flight mechanisms, thermoregulation, water metabolism, genetics of color patterns, and Darwinian evolutionary biology.

      Contributors

      Jennifer Roof (author), University of Michigan-Ann Arbor.

      Глоссарий

      Living in Australia, New Zealand, Tasmania, New Guinea and associated islands.

      living in sub-Saharan Africa (south of 30 degrees north) and Madagascar.

      living in the Nearctic biogeographic province, the northern part of the New World. This includes Greenland, the Canadian Arctic islands, and all of the North American as far south as the highlands of central Mexico.

      living in the southern part of the New World. In other words, Central and South America.

      living in the northern part of the Old World. In otherwords, Europe and Asia and northern Africa.

      uses sound to communicate

      having body symmetry such that the animal can be divided in one plane into two mirror-image halves. Animals with bilateral symmetry have dorsal and ventral sides, as well as anterior and posterior ends. Synapomorphy of the Bilateria.

      Found in coastal areas between 30 and 40 degrees latitude, in areas with a Mediterranean climate. Vegetation is dominated by stands of dense, spiny shrubs with tough (hard or waxy) evergreen leaves. May be maintained by periodic fire. In South America it includes the scrub ecotone between forest and paramo.

      uses smells or other chemicals to communicate

      having a worldwide distribution. Found on all continents (except maybe Antarctica) and in all biogeographic provinces or in all the major oceans (Atlantic, Indian, and Pacific.

      in deserts low (less than 30 cm per year) and unpredictable rainfall results in landscapes dominated by plants and animals adapted to aridity. Vegetation is typically sparse, though spectacular blooms may occur following rain. Deserts can be cold or warm and daily temperates typically fluctuate. In dune areas vegetation is also sparse and conditions are dry. This is because sand does not hold water well so little is available to plants. In dunes near seas and oceans this is compounded by the influence of salt in the air and soil. Salt limits the ability of plants to take up water through their roots.

      animals that use metabolically generated heat to regulate body temperature independently of ambient temperature. Endothermy is a synapomorphy of the Mammalia, although it may have arisen in a (now extinct) synapsid ancestor the fossil record does not distinguish these possibilities. Convergent in birds.

      forest biomes are dominated by trees, otherwise forest biomes can vary widely in amount of precipitation and seasonality.

      referring to animal species that have been transported to and established populations in regions outside of their natural range, usually through human action.

      offspring are produced in more than one group (litters, clutches, etc.) and across multiple seasons (or other periods hospitable to reproduction). Iteroparous animals must, by definition, survive over multiple seasons (or periodic condition changes).

      having the capacity to move from one place to another.

      the area in which the animal is naturally found, the region in which it is endemic.

      islands that are not part of continental shelf areas, they are not, and have never been, connected to a continental land mass, most typically these are volcanic islands.

      found in the oriental region of the world. In other words, India and southeast Asia.

      reproduction in which eggs are released by the female development of offspring occurs outside the mother's body.

      rainforests, both temperate and tropical, are dominated by trees often forming a closed canopy with little light reaching the ground. Epiphytes and climbing plants are also abundant. Precipitation is typically not limiting, but may be somewhat seasonal.

      scrub forests develop in areas that experience dry seasons.

      reproduction that includes combining the genetic contribution of two individuals, a male and a female

      uses touch to communicate

      A terrestrial biome. Savannas are grasslands with scattered individual trees that do not form a closed canopy. Extensive savannas are found in parts of subtropical and tropical Africa and South America, and in Australia.

      A grassland with scattered trees or scattered clumps of trees, a type of community intermediate between grassland and forest. See also Tropical savanna and grassland biome.

      A terrestrial biome found in temperate latitudes (>23.5° N or S latitude). Vegetation is made up mostly of grasses, the height and species diversity of which depend largely on the amount of moisture available. Fire and grazing are important in the long-term maintenance of grasslands.

      uses sight to communicate

      Анықтамалар

      Johnston, Richard F. Birds of North America No. 13, 1992. The American Ornithologists' Union.


      Crested Pigeon

      When flying,a whistling sound is produced by the air passing over a modified primary feather on the Crested Pigeon's wing.

      The Crested Pigeon is a stocky pigeon with a conspicuous thin black crest. Most of the plumage is grey-brown, becoming more pink on the underparts. The wings are barred with black, and are decorated with glossy green and purple patches. The head is grey, with an pinkish-red ring around the eye. If startled, this pigeon takes to the air with a characteristic whistling flight, and glides with down turned wings. The whistling sound is produced by the air passing over a modified primary feather on the wing. Upon landing, the pigeon swings its tail high in the air.

      The Crested Pigeon is one of only two Australian pigeons that possess an erect crest. The Spinifex Pigeon, Geophaps plumifera, markedly smaller (20 cm - 24 cm) than the Crested Pigeon, has cinnamon coloured plumage and a bright red facial patch. The much larger (40 cm - 46 cm) Topknot Pigeon, Lopholaimus antarcticus, has a shaggy, reddish brown drooping topknot.

      The Crested Pigeon is native to Australia and is common throughout most of the mainland.

      The Crested Pigeon is found in lightly wooded grasslands in both rural and urban areas. It is usually found in the vicinity of water, as it has to drink every day, and is absent from the denser forests.

      The Crested Pigeon's diet consists mostly of native seeds, as well as those of introduced crops and weeds. Some leaves and insects are also eaten. Feeding is in small to large groups, which also congregate to drink at waterholes. Birds arrive in nearby trees, and often sit for long periods before descending to drink. Drinking and feeding are most common in morning and evening, but can occur at any time.

      The Crested Pigeon builds a delicate nest of twigs, placed in a tree or dense bush. Both sexes share the incubation of the eggs, and both care for the young.


      Hundreds of Australian lizard species, barely known to science, may face extinction

      Credit: E Vanderduys, Fourni par l'auteur

      Most of the incredible diversity of life on Earth is yet to be discovered and documented. In some groups of organisms—terrestrial arthropods such as spiders and scorpions, marine invertebrates such as sponges and molluscs, and others—scientists have described fewer than 20% of species.

      Even our knowledge of more familiar creatures such as fish and reptiles is far from complete. In our new research, we studied 1,034 known species of Australian lizards and snakes and found we know so little about 164 of them that not even the experts know whether they are fully described or not. Of the remaining 870, almost a third probably need some work to be described properly.

      Documenting and naming what species are out there—the work of taxonomists—is crucial for conservation, but it can be difficult for researchers to decide where to focus their efforts. Alongside our lizard research, we have developed a new "return on investment" approach to identify priority species for our efforts.

      We identified several hotspots across Australia where research is likely to be rewarded. More broadly, our approach can help target taxonomic research for conservation worldwide.

      Why we need to look at species more closely

      As more and more species are threatened by land clearing, climate change and other human activities, our research highlights that we are losing even more biodiversity than we know.

      Return on investment for taxonomic research on lizards and snakes in Australia. Red areas have high numbers of species and high conservation value. Hotspots include the Kimberley in WA, northern tropical savannas and also far north eastern QLD. Credit: R. Tingley, Author provided

      Conservation often relies on species-level assessments such as those conducted by the International Union for Conservation of Nature (IUCN) Red List, which lists threatened species. Although new species are being discovered all the time, a key problem is that already named "species" may harbor multiple undocumented and unnamed species. This hidden diversity remains invisible to conservation assessment.

      One such example are the Grassland Earless Dragons (Tympanocryptis spp.) found in the temperate native grasslands of south-eastern Australia. These small secretive lizards were grouped within a single species (Tympanocryptis pinguicolla) and listed as Endangered on the IUCN Red List.

      But recent taxonomic research split this single species into four, each occurring in an isolated region of grasslands. One of these new species may represent the first extinction of a reptile on mainland Australia and the other three have a high probability of being threatened.

      Scientists call documenting and describing species "taxonomy." Our research shows the importance of prioritizing taxonomy in the effort to conserve and protect species.

      The Roma Earless Dragon (Tympanocryptis wilsoni), described in 2014, lives only in grasslands in the western Darling Downs QLD and has recently been listed as Vulnerable in Queensland. Credit: A. O'Grady, Author provided

      Many government agencies do take some account of groups smaller than species in their conservation efforts, such as distinct populations. But these are often ambiguously defined and lack formal recognition, so they are not widely used. That's where taxonomists come in, to identify species and describe them fully.

      Our new research was a collaboration of 30 taxonomists and systematists, who teamed up to find a good way of working out which species should be a priority for taxonomic research for conservation outcomes. This new approach compares the amount of work needed with the likelihood of finding previously unknown species that are at risk of extinction.

      The research team, who are experts on the taxonomy and systematics of Australia's reptiles, implemented this new approach on Australian lizards and snakes. This group of reptiles is ideal as a test case because Australia is a global hotspot of lizard diversity—and we also have a strong community of taxonomic experts.

      Barrier Range Dragon (Ctenophorus mirrityana), described in 2013, is restricted to rocky ranges in western NSW and is listed as Endangered in NSW. Credit: S. Wilson, Author provided

      Australia's lizards and snakes

      Of the 1,034 Australian lizard and snake species, we were able to assess whether 870 of them may contain undescribed species. This means we know so little about the remaining 164 species that even the experts could not make an informed opinion on whether they contain hidden diversity. There is so much still to learn!

      Of the 870 species experts could assess, they determined 282 probably or definitely needed more taxonomic research. Mapping the distributions of these species indicated hotspot regions for this taxonomic research, including the Kimberley, the Tanami Desert region, western Victoria and offshore islands (such as Tasmania, Lord Howe and Norfolk Islands). Some areas in the Kimberley region had more than 60 species that need further taxonomic research.

      We found 17.6% of the 282 species that need more taxonomic research contained undescribed species that would probably be of conservation concern, and 24 had a high probability of being threatened with extinction. Taxonomists know that there are undescribed species because there is some data available already but the description of these species—the process of defining and naming—has not been done.

      These high-priority species belong to a range of families including geckos, skinks and dragons found across Australia.

      The high number of undescribed species, especially those with significant likelihood of being endangered, was a shock to even the experts. The IUCN currently estimates only 6.3% of Australian lizards and snakes require taxonomic revision, but this is obviously a significant underestimate.

      In this map, red hotspot areas have lower species diversity but still a very high average return on investment. National hotspots include Tasmania, western Victoria and the Tanami Desert region in WA and NT. Credit: R. Tingley, Author provided

      A race against extinction

      Beyond lizards, there is a huge backlog of species awaiting description.

      Recent projects have used genetic analyses to discover unknown species, including a $180 million global BIOSCAN effort aiming to identify millions of new species. However, genetics is only a first step in the formal recognition of species.

      The taxonomic process of documenting, describing and naming species requires multiple further steps. These steps include a comprehensive diagnostic assessment using a combination of evidence, such as genetics and morphology, to uniquely distinguish each species from another. This process requires a high level of familiarity and scholarship of the group in question.

      Among the Australian lizards and snakes alone, there is a backlog of 59 undescribed species for which only the final elements of taxonomic research are awaiting completion.

      The Mt Elliot Sunskink (Lampropholis elliotensis), described in 2018, is found in leaf litter of highland rainforest above 600m on Mt Elliot in Bowling Green Bay National Park. Queensland, and is probably Vulnerable. Credit: C. Hoskin, Author provided

      To work through these taxonomic backlogs—let alone species that are so far entirely unknown—resources need to be invested in taxonomy, including research funding and increased provision of viable career paths.

      Without taxonomic research, the conservation assessment of these undocumented species will not proceed. There are untold numbers of species needing taxonomic research that are already under threat of extinction. If we don't hurry, they may go extinct before we even know they exist.

      This article is republished from The Conversation under a Creative Commons license. Түпнұсқа мақаланы оқыңыз.


      The Passenger Pigeon

      At the start of the nineteenth century, Passenger Pigeons were perhaps the most abundant birds on the planet, numbering literally in the billions. The flocks were so large and so dense that they blackened the skies, even blotting out the sun for days at a stretch. Yet by the end of the century, the most common bird in North America had vanished from the wild. In 1914, the last known representative of her species, Martha, died in a cage at the Cincinnati Zoo.

      This stunningly illustrated book tells the astonishing story of North America’s Passenger Pigeon, a bird species that—like the Tyrannosaur, the Mammoth, and the Dodo—has become one of the great icons of extinction. Errol Fuller describes how these fast, agile, and handsomely plumaged birds were immortalized by the ornithologist and painter John James Audubon, and captured the imagination of writers such as James Fenimore Cooper, Henry David Thoreau, and Mark Twain. He shows how widespread deforestation, the demand for cheap and plentiful pigeon meat, and the indiscriminate killing of Passenger Pigeons for sport led to their catastrophic decline. Fuller provides an evocative memorial to a bird species that was once so important to the ecology of North America, and reminds us of just how fragile the natural world can be.

      Published in the centennial year of Martha’s death, The Passenger Pigeon features rare archival images as well as haunting photos of live birds.

      Awards and Recognition

      • Honorable Mention for the 2015 National Outdoor Book Awards, Nature and the Environment, NOBA Foundation
      • One of The Independent’s Best Nature Books of 2014
      • Selected for the American Scientist Science Book Gift Guide 2014
      • One of The Seattle Times 8 Books to Put under a Bird-Lover’s Tree 2014
      • One of The Globe and Mail 75 Book Ideas for Christmas 2014
      • One of TheAustralian.com’s "In the Good Books" 2014

      "Lavishly illustrated with rare photographs of the birds. . . . This book provides a general introduction to the history of the passenger pigeon through its collection of rare photographs and other visual materials that most people have not seen before."—Devorah Bennu, The Guardian

      "Visually beautiful. . . . Gives a fine account of the species, its biology and its demise."—Adrian Barnett, Жаңа ғалым

      "A handsome, well-produced volume concentrating on paintings and photographs of the long-lost birds."—Rob Hardy, Columbus Dispatch

      "A beautifully illustrated, elegantly written 'celebration' of the passenger pigeon and the artists who illustrated and photographed the species. . . . It is a haunting tale, and if you want a readable, engrossing but not lengthy account, I highly recommend this book."—Donna Schulman, 10,000 Birds

      "Informative. . . . A celebration of this departed species through a mix of prose, paintings and photographs. . . . Filled with interesting tidbits."—Herb Wilson, Portland Press Herald

      "A timely reminder of just how tenuous life can be for a species, regardless of how numerous they might be. This hardback book is beautifully illustrated. Mr. Fuller has put together a complete natural history of the passenger pigeon drawing upon historical illustrations, photographs, specimens, poems, ornithological journal articles and historical accounts."—Penny Miller, A Charm of Finches

      "A must have for anyone with an interest in this species."—Ian Paulsen, Birdbooker Report

      "Beautifully illustrated, this easy-to-read book will appeal to anyone who wishes to understand the concept of extinction."—Jennifer J. Meyer, Orange County Register

      "From start to finish, the text is informative and entertaining and the photos and artwork are fascinating. Whether you've studied the Passenger Pigeon for years or haven't even heard of the species, I would highly recommend this book."—Rob Ripma, Nutty Birder

      "Beautifully illustrated, including rare archival images as well as haunting photographs of live birds, this is an evocative memorial to one of the great icons of extinction."—Leslie Geddes-Brown, Country Life

      "If a picture is worth a thousand words, then Errol Fuller's slim book, The Passenger Pigeon, is surely stuffed full of them. . . . It will probably appeal to younger readers, it is a fast read and it could be a satisfying companion volume to the other two passenger pigeon books that have been recently published."Grrl Scientist

      "The most visually beautiful [of recently published books on the passenger pigeon] is Errol Fuller's The Passenger Pigeon, which gives a fine account of the species, its biology and its demise."—Adrian Barnett, Жаңа ғалым

      "[It] is THE monograph for the passenger pigeon. I imagine everyone would learn something from this book. I personally was left with a feeling that we should not stand idle and allow mankind to eradicate any other living species. An excellent read, recommended."—Mike King, Gloster Birder

      "Written with both clarity and feeling. Most impressive is the breadth and depth of research crammed into what is a relatively slim volume. . . . A masterful summary of what we know about this remarkable bird. To read it is a joy, but one tinged with sadness and regret."—Andy Stoddart, Birdwatch

      "I would highly recommend reading The Passenger Pigeon by Errol Fuller. . . . Beautifully illustrated."—David Lewis, Birds from Behind

      "The Passenger Pigeon is an excellent introduction to this bird, what made it so special, and the tragedy of its extinction. If you want to learn about the Passenger Pigeon, or just enjoy the art and photographs, then I'd highly recommend it."—Grant McCreary, Birder's Library

      "This is a book that should be on every reader's shelf as a reminder as to what we have missed and to help ensure such an avian tragedy does not occur again."—David Saunders, Bird Watching

      "[I]f you want to learn more about the Passenger Pigeons, this is a great book to have and to share."North Durham Nature Newsletter

      "The heartbreaking illustrated history of a bird that, having once numbered in the billions, vanished from the planet in 1914. On the centenary of the species' extinction Fuller, an expert on extinct birds, reflects on what we lost."Globe and Mail

      "A book about a long extinct bird could easily have been a dry, academic tome full of dull facts and figures, but Errol Fuller has managed to avoid this, and instead has produced an engaging book to fire the imagination, to encourage empathy with Martha, alone in her cage for the last four years of her life, to provoke outrage that the species was driven to extinction, and above all, a desire to fight to prevent the same fate befalling others."—Andy Mackay, Grebe

      "A sad and gorgeous book."—Stephen Romei, Australian

      "Sumptuously illustrated."—Michael McCarthy, Тәуелсіз

      "Passenger Pigeon takes just the opposite approach. Though there is an informative and gracefully written text, this handsome volume tells its stories most eloquently in pictures."—Rick Wright, ABA Blog

      "Writing in a clear, conversational tone, artist/writer Fuller highlights important aspects of this bird's natural history and its remarkable downhill spiral into oblivion. He provides fascinating accounts of the last wild birds of ‘Martha,' the last of her species, who died in the Cincinnati Zoo and historical testimony from people who observed the birds' enormous flocks firsthand. Illustrated with numerous historical photographs and exquisite artwork (modern and period), this lasting tribute to one of the most magnificent birds to have ever lived will interest anyone who cares about conservation of the natural world."Choice

      "In The Passenger Pigeon, Erroll Fuller brings his artist's eye to a recently popular, much-covered, yet little-understood phenomenon. . . . Fuller's vivid account is the one new book on the species you must buy."Living Bird Magazine

      "It is easy to read and thought-provoking, and will be of interest to anyone concerned about conservation today."—Ian Woodward, BTO News

      "Fuller's book will appeal to a much larger audience and is worth the price just for the photos and illustrations. . . . The Passenger Pigeon should make us vow to never lose another species because of our own greed or neglect."—D.R.K., Wildlife Activist

      "[L]yrical and artistic. Short enough to hold your attention, detailed enough to convey the essential facts, and elegantly presented."—Alan Knox, Scottish Birds

      Related Books


      Әдістері

      Phenotyping

      Pigeon pea accessions were phenotyped at three locations, in years 2013–14 and 2014–15 at Gulbarga and ICRISAT 2014–15 at Tandur. The phenotyping data from ICRISAT used in the present study have been taken from (Varshney т.б., 2017 ). In order to generate reliable phenotyping data, all the accessions were planted in two replications in an alpha-lattice design. In each replication, data were recorded from three plants from each accession. All the accessions were phenotyped for nine yield and yield-related traits, including days to 50% flowering, days to 75% maturity, plant height, number of primary branches, number of secondary branches, pods per plant, number of seeds per pod, 100 seed wt and seed yield per plant. The phenotyping was conducted following standard procedures described in the GenBank manual (Upadhyaya and Gowda, 2009 ).

      Pangenome assembly and annotation

      Whole-genome sequence data of 89 pigeon pea accessions having more than 9.5x coverage from Varshney т.б. ( 2017 ) were used for pangenome assembly using the iterative mapping and assembly approach. The majority of the diversity present in the original dataset is present in the pangenome dataset. The pangenome data contain 64 landraces, 24 breeding lines and 1 unknown, compared with 167 landraces, 117 breeding lines, 14 wild types and 2 unknowns in Varshney т.б. ( 2017 ). All regions present in the original data are present in the pangenome, with a focus on India. Of the pangenome individuals, 67 come from India, 4 from the Philippines and 17 additional countries including Uganda (1 individual), Kenya (2 individuals) and Zaire (1 individual).

      The pangenome was constructed by mapping of the sequence reads individually to the reference genome (Varshney т.б., 2012 ), using bowtie2 v2.3.0 (Langmead and Salzberg, 2012 ), followed by assembly of pooled unmapped using MaSuRCA v3.2.3 (Zimin т.б., 2013 ) to produce additional reference sequence. The assembled contig sequences were compared with the NCBI nt database (downloaded 2 May 2018) using BLAST v2.5.0. Contigs with best hits to non-green plants, chloroplast or mitochondrial sequences were removed. The remaining newly assembled contigs >1 Kb in length were annotated using MAKER2 (Holt and Yandell, 2011 ). De novo gene prediction was performed with SNAP (Schmid т.б., 2003 ) and Augustus (Stanke т.б., 2006 ). Publicly available ESTs (24 177), as well as 43 pigeon pea RNA-seq data sets (Table S10) and proteins (48 450) from NCBI, were used as evidence. The functional annotations were assigned by BLAST comparison with UniProt 90 of A. thaliana. Gene ontologies (GO terms) were assigned based according to GO terms of the best hit of each gene by home-made python scripts. GO enrichment was performed using Fisher’s exact test as implemented in topGO package (Alexa т.б., 2006 ) with method ‘elim’ used to adjust for multiple comparisons. REVIGO (Supek т.б., 2011 ) was used to remove redundant GO categories from all GO terms enriched with a П-value below 0.05, and CirGO (Kuznetsova т.б., 2019 ) was used to visualize the results.

      Gene presence/absence variation and pangenome modelling

      Whole-genome sequence data for all 89 pigeon pea accessions were mapped to the reference genome using bowtie2 v2.2.5 (--end-to-end --sensitive -I 0 -X 1000 Langmead and Salzberg, 2012 ). SGSGeneLoss (Golicz т.б., 2015b ) was used to determine whether a gene is present or absent. Curves describing pangenome size and core genome size were fitted in R (R Core Team, 2018 ) using the nls function (nonlinear least squares) from package stats, part of R. Points used in regression corresponded to all the possible combinations of genomes, similar to Hirsch т.б. ( 2014 ).

      SNP discovery and annotation

      Whole-genome sequence reads were mapped to the pangenome using Bowtie2 v2.2.9 (-I 0 -X 1000) (Langmead and Salzberg, 2012 ). Parallel jobs were run using GNU parallel 20160622 (Tange, 2011 ). The resulting SAM files were converted to BAM format using samtools (Li т.б., 2009 ), followed by the removal of duplicate reads using picard tools v2.14 (http://broadinstitute.github.io/picard/). SNPs were called using UnifiedGenotyper in GATK 3.8.0 (McKenna т.б., 2010 ) and functionally annotated using SnpEff v4.3T (Cingolani т.б., 2012 ).

      After removing SNPs with a minor allele frequency below 1%, a SNP quality score (QUAL) below 20 and a SNP depth (DP) below 10, we used BLINK v0.01 (standard settings Huang т.б., 2019 ) for association analysis and rMVP to plot Manhattan and QQ-plots (https://github.com/XiaoleiLiuBio/rMVP). The П-value significance cut-off was set to 1.35e-08 (=0.05/3 713 723 SNPs).

      The GWAS with the 4635 variable genes instead of SNPs using the SNP-based principal components as covariates was performed using FarmCPU as implemented in rMVP (standard settings) with a significance cut-off set to 1.08e-5 (0.05/4635). The presence/absence matrix was encoded as SNPs, where ‘presence’ was the minor and ‘absence’ was the major allele.

      ANOVA was carried out using the R v3.5.1 function aov by grouping all locations and time points for each of the nine phenotypes using the formula phenotype

      location/year. П-values were adjusted for multiple comparisons by using R’s p.adjust method.

      Genes upstream or downstream from candidate SNPs were mined using bedtools2 v2.27.1 closest (Quinlan and Hall, 2010 ). All candidate genes were aligned with the Glycine max Williams-82 Wm82.a2.v1 reference annotation (Schmutz т.б., 2010 ) using blastp (options: -evalue 1e-10 Camacho т.б., 2009 ) and annotations for these genes were extracted from SoyBase (Grant т.б., 2010 ).