Ақпарат

PubMed-тен толық мәтінді мақалаларды қалай мәтіндік өңдеуге болады?

PubMed-тен толық мәтінді мақалаларды қалай мәтіндік өңдеуге болады?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Мен PubMed сайтында тапқан мақалалардың толық мәтіндік нұсқаларын пайдаланып, мәтінді зерттеуді жүргізгім келеді. Менің іздеу протоколым шамамен келесідей болады:

  1. Сұрау ретінде ген атауын (және кез келген балама атауларды) пайдаланып PubMed іздеңіз, барлық сәйкес қағаздар 2-қадамға бағынады.; менің түсінігім бойынша, бұл олардың рефератында ген туралы айтылған мақалаларды қайтарады
  2. Кілт сөздер тізімінен кез келген және барлық сәйкестіктерді толық мәтінді іздеу; әр қағазға сәйкес келетін кілт сөздердің санына қарай ұпай тағайындаңыз; сәйкес келетін кез келген қағаздарды адам оқуы керек, бірақ ең маңызды қағаздардың ұпайы жоғары болады және алдымен оқылады

Екі қадамды іздеу 1-қадамда әртүрлі гендермен бірнеше рет қайталануы керек, сондықтан автоматтандырылған тәсіл әзірлеуге кететін уақытты қажет етеді. Мен бағдарламалау туралы жеткілікті білемін, егер менде қарапайым мәтіндік құжат ретінде қағаз болса, мен 2-қадамды орындау үшін сценарий жаза аламын (мен Perl тілінде бағдарламалаймын, бірақ мен Python-ды аз білемін), бірақ мен процесті қалай автоматтандыруға болатынын білмеймін. құжаттарды іздеу, жүктеп алу, менің бағдарламам жұмыс істей алатын қарапайым мәтіндік құжаттарға түрлендіру.

Мен мұны StackOverflow ішінде жариялауды қарастырдым, бірақ бұл сайтты таңдадым, себебі мен мұны бағдарламалаусыз жасауға болатынын жоққа шығармадым.

ЖАҢАРТУ: Мен дәл осы мәселе үшін өте пайдалы болуы мүмкін бір құралды таптым. Өкінішке орай, мен тегін сынақ нұсқасын сұрай алмаймын, сондықтан оны бағалай алмаймын. Тиісті құрал болса да, мен оны оқуымда пайдалана алмайтын шығармын.


Төменде сізге бастауға көмектесетін Python сценарийі берілген (Pythonic сынағы сәтсіз болса, кешірім сұраймыз - ол жұмыс істейді!). Ол Biopython кітапханасының Entrez бөлігін пайдаланады. Сценарий бұл жағдайда сұрауды орнатады ашытқылар ЖӘНЕ Сахаромицалар pmc дерекқорына қарсы. Сондай-ақ, бұл сценарий NCBI сізге ұнайтын 2 қадамдық процесті пайдаланатынын ескеріңіз - fetchByQuery функциясының бірінші бөлігі нәтижелер жинағын алады, содан кейін екінші бөлігі деректерді нақты алу үшін сол нәтижелерді пайдаланады.

Шығару - таңдаулы құралдармен талдауға болатын xml файлы. Сіздің жағдайда мәтін бөлімдерін шығарып, таңбалауыш талдауын жасауыңыз керек. Егер сіз бұл үшін Python-ды қолдансаңыз, мен Natural Language Toolkit (NLTK) ұсынамын.

Сіздің жағдайда іздеу шарттарын Python тізімі ретінде орнатуға және әрбір деректер жиынын іздеу терминінен аталған файлға жазу арқылы айналдыруға болады.

биодан импорттау Entrez импорттау urllib импорттау urllib2 импорттау sys def fetchByQuery(query,days): Entrez.email = "xxx" # сіз NCBI электрондық пошта мекенжайын беруіңіз керек searchHandle=Entrez.esearch(db="pmc", reldate=days, термин =query, usehistory="y") searchResults=Entrez.read(searchHandle) searchHandle.close() webEnv=searchResults["WebEnv"] queryKey=searchResults["QueryKey"] batchSize=10 көріңіз: fetchHandle = Entrez.efetch ="pmc", retmax=100, retmode="xml", webenv=webEnv, query_key=queryKey) data=fetchHandle.read() fetchHandle.close() қайтаратын деректерді қоспағанда: қайтару Ешбір күн=100 #құжаттарды іздеу соңғы 100 күн termList=["ашытқы","Saccharomyces"] query=" ЖӘНЕ ".join(termList) xml_data=fetchByQuery(сұраныс,күндер) егер xml_data==Ешбір: басып шығару 80*"*"+"
" басып шығару "Бұл іздеу хиттерді қайтармады" басқа: f=open("pmcXml.txt" ,"w") f.write(xml_data) f.close()

Менің ойымша, бұл Entrez Direct арқылы мүмкін

Сіз келесідей нәрседен бастайсыз:

esearch -db pubmed - "atp6" сұрауы

Содан кейін оны мүмкін деп жіберіңізefetch -пішімі?? содан кейін gnu coreutils арқылы жалғастырыңыз. Тек рефераттар мәтін ретінде қол жетімді болуы мүмкін, бұл жағдайда сіз мысалы: шығарып алуыңыз керек. pubmed идентификаторлары, содан кейін оларды қандай да бір жолмен пакеттік алу әдісін ойлап табыңыз ...


PubMed 29 миллионнан астамды құрайды дәйексөздер MEDLINE биомедициналық әдебиеттерге, өмір туралы ғылым журналдарына, процестегі дәйексөздерге және онлайн кітаптарға арналған. PubMed дәйексөздері мен тезистері медицина, мейірбике ісі, стоматология, ветеринария, денсаулық сақтау жүйесі және клиникаға дейінгі ғылым салаларын қамтиды. PubMed сонымен қатар қосымша сәйкес веб-сайттарға және басқа NCBI молекулалық биология ресурстарына сілтемелерге қол жеткізуді қамтамасыз етеді.

Дәйексөздер қамтуы мүмкін сілтемелер PubMed Central, баспа веб-сайттары мен кітапханалардан толық мәтінді мазмұнға. PubMed толық мәтінді мақалаларды қамтымайды. туралы біліңіз Medline, PubMed және PMC арасындағы айырмашылықтар Мұнда.

PubMed – Ұлттық денсаулық институтында (NIH) орналасқан АҚШ Ұлттық медицина кітапханасында (NLM) Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы (NCBI) әзірлейтін және қолдайтын тегін ресурс.

Төмендегі 2 минуттық бейнеде PubMed кілт сөзін LHL басты бетіндегі іздеу жолағынан бастау және толық мәтінді мақаланы табу көрсетілген.


&ldquo туралы 16 ой Неліктен PubMed Central бағдарламасының ашық қол жетімділік жиынын мәтіндік мәтінмен өңдеуге аз күш жұмсалады? &rdquo

Сәлем Кейси, Nature редакциясында жарияланғаныңызбен құттықтаймыз http://dx.doi.org/10.1038/483124a
және ілеспе жаңалықтар http://dx.doi.org/10.1038/483134a … блогтың күшін сезініңіз!

Дункан құтты болсын, бұл сізге, Майк Бартонға және блог жүргізу қателігі мені тістеп алған nodalpoint командасының арқасында.

Biomedical FigureSearch жүйесі (http://figuresearch.askhermes.org) сонымен қатар бүкіл PubMed Central деректерінің, сондай-ақ Elsevier корпусының өнімі болып табылады.

Менде тізімде “Биомедициналық әдебиеттегі сурет мәтінін алу” FigureSearch қағазы бар еді, бірақ басқалар болса, маған хабарлаңыз.

Құрметті Кейси, дұрыс айтасыз. Қосымша құрал бар:

Shashank Agarwal, Hong Yu “PubMed Central” Bioinformatics үшін суретті жинақтауыш шолғыш кеңейтімдері. 2011 27(12):1723-1724 жж.

Мен мұндағы көптеген тармақтарды бағалаймын, дегенмен талдау неліктен тек PMC ашық қол жеткізу жиынын пайдаланатын қолданбаларға ғана бағытталғанын түсінбеймін.

Мен үшін бұл анықтама “және жарияланған мақалалармен синоним емес.. олар PubMed Central ашық қолжетімділік мазмұнын ауқымды деректерді іздеу немесе қызмет көрсету үшін пайдаланады.”.

Мен мұның аздап ерікті екеніне келісемін, әсіресе тарихи тұрғыдан PMC OA-ның “барлығы” болашақта уақыт нүктесіне қатысты ескіреді. Иә, толық мәтінді іздеу әрекеттерін шектеу үшін алдын ала сұрауды орындау маңыздырақ болатын жағдайлар бар. Менің ойымша, мен корпустық мәтінді іздеу әрекеттері сирек кездесетінін және бұл өнердің жағдайы үшін нені білдіретінін көрсетуге тырыстым. Мүмкін, біз PMC OA жиынын пайдаланатын зерттеулердің басқа тізімін құруға тырысуымыз керек. Менің ойымша, бұл әлдеқайда кең немесе бірдей шектеулі ме?

Иә, бұл сөзсіз құнды болар еді деп ойлаймын. Әртүрлі бағалау және барлық әртүрлі пайдалануларды көру қызықты, шабыттандырады және көбірек кемшіліктерді көрсетеді.

Осы уақытқа дейін мәтінді өңдеу үшін PMC OA қаншалықты пайдалы болғаны туралы қорытынды жасамас бұрын осы пайдаланулардың барлығын қажет етеді.

> корпус бойынша мәтінді іздеу әрекеттері сирек кездеседі және бұл техниканың деңгейі үшін нені білдіреді

Жарайды, мен сенімен біргемін. Жақсы нүкте.

Табиғат редакциясына онлайн жауап беру жолын көрмеймін, бірақ мен сіздің блог жауабыңызды және редакциялық жауапты осы жерде біріктіремін.

Редакцияда “Уәде әлі ғылыми табыстың нақты мысалдарымен қуатталмаған” деген мәлімдемені қамтиды. Бұл ішінара ғана дұрыс. Біздің зерттеу тобымыз соңғы бес жылда әлеуетті ашылымдар жасап келеді. Мен бұл мәселені ARIST тарауында [1] егжей-тегжейлі қарастырдым, ал жақында ашылған тәсілді [2] жан-жақты жаңартуда.

Дегенмен, редакцияда келтірілген сыншылардың ісі болуы мүмкін. Пайдалы мәтінді іздеу нәтижелерінің саны да, сапасы да бар. Әдетте, компьютер және оның кірістірілген алгоритмдік ережелері сапа бойынша емес, сандық құрамдас бойынша ақылға қонымды жұмыс жасайды. Соңғысы үшін адамның пайымдауы маңызды. Фокустың көп бөлігі алгоритмдерге ғана аударылды.
Толық мәтін үшін мен әдебиетке қатысты жаңалықтар аймағында жарияланған өте аз нәрсені көрдім. Мен MITRE-де жұмыс істеген кезде толық мәтінді өңдеумен айналыстым. Мен екі аспектіні қарастырдым: ақпаратты іздеу және ақпаратты алу. Ақпаратты іздеу нәтижелерін 2010 жылы Journal of Information Science журналында жарияладым [3]. Сұраулар дұрыс жасалса, толық мәтінді ақпаратты іздеу қызығушылық санатына байланысты алынған сәйкес мақалалардың көлемін ұлғайту тәртібін қамтамасыз ете алады. Шын мәнінде, біз толық мәтінді іздеуден сәйкес құжаттарды алу үшін қажетті сұраулардың түрлері ашылу әлеуеті жоғары тұжырымдамаларды/қағаздарды анықтау үшін қажетті сұраулардың бірдей түрлері екенін анықтадық. Intel жұмысы үшін қызығушылықтың көптеген санаттарын (мысалы, жеткізушілер, аппараттық құралдар, бағдарламалық қамтамасыз ету ерекшеліктері және т.б.) тек толық мәтіннен табуға болады.

Ақпаратты алу үшін біз бірнеше тәсілдерді қарастырдық. Қиындық маңызды сирек оқиғалардың кейбірін алу болды. Операциялық тұрғыдан маңызды сирек оқиғалар (төмен жиілікті құбылыстар) жоғары жиілікті құбылыстармен байланысты болуы керек еді. Стандартты мәтінді өңдеу процедуралары, мысалы, сциентометрия, жоғары жиілікті құбылыстардың статистикалық талдауына негізделген және төмен жиілікті экстракция мәселесіне шын мәнінде қолданылмайды. Мен маңызды төмен жиілікті оқиғаларды жоғары жиілікпен байланыстырудың және осы сирек кездесетін оқиғаларды шығарудың жолын таптым, бірақ нәтижелердің төменгі этиологиясы туралы түсініктеме бере алмаймын. Қорытындысы: дұрыс алгоритмдер пайдаланылса және кейбір адам пікірі қолданылса, толық мәтінді өңдеуден көптеген пайдалы ақпаратты алуға болады.

ӘДЕБИЕТТЕР
[1]. Kostoff, R.N., Block, J.A., Solka, J.A., Briggs, M.B., Rushenberg, R.L., Stump, J.A., Johnson, D., Wyatt, J.R. "Literature-Related Discovery". ARIST. 43. 243-285. 2008.
[2]. Костофф Р.Н. Әдебиетпен байланысты жаңалықтар мен жаңалықтар — жаңарту. Технологиялық болжау және әлеуметтік өзгерістер (2012). doi: 10.1016/j.techfore.2012.02.002. Сондай-ақ, төменде қосымшаны қараңыз.
[3]. Костофф Р.Н. «Толық мәтінді іздеу арқылы кеңейтілген ақпаратты іздеу». Ақпараттық ғылым журналы. 36:1. 104-113. 2010.

ҚОСЫМША – LRDI ЖАҢАЛЫҚТАРЫН ЖАСАУ ҮШІН ХАБАРЛАНДЫРУ ХАТ
Анықтама [2] желіге шыққанда, мен бірнеше әріптестеріме хабарландыру хатын тараттым. Төмендегі хатты қайта шығарамын, ол мазмұнды қорытындылайды және қолжетімділікті қамтамасыз етеді.

Жақында жарияланған басылымда созылмалы және жұқпалы аурулардың алдын алу және емдеу шараларын анықтайтын Literature-Related Discovery and Innovation (LRDI) әдістемесі жаңартылды [1]. Ақпараттық технологияларға негізделген LRDI әдісі мәтінді игеру, биоинформатика және әдебиетке негізделген ашу саласындағы зерттеушілерді қызықтыруы мүмкін, ал әлеуетті медициналық қолданбалар прогрессияның алдын алуға, азайтуға, тоқтатуға немесе кері қайтаруға бағытталған зерттеушілерді/клиниктерді ерекше қызықтыруы мүмкін. созылмалы және жұқпалы аурулар. LRDI әлеуетті күшін көрсету үшін мақалада біздің 2007 жылы LRDI көп склероз (MS) зерттеу нәтижелері мен MS қалпына келтірудің жақында көрсетілімі арасындағы байланысты атап өтеді.

Жаңартудағы [1] қорытындылар мыналарды қамтиды:
* ашу мен инновацияда жан-жақты және нақты ақпаратты іздеудің рөлі
* жаңашылдық пен жаңашылдықтағы пәнаралық зерттеулердің құндылығы
* алдын алу шаралары мен жедел емдеудегі гормезис пен синергияның маңызды рөлі
* созылмалы ауруды қалпына келтіруде себептерді жоюдың маңызды қажеттілігі
* клиникалық зерттеулер әдебиеттеріндегі маңызды айнымалылар туралы өте аз хабарлау
* созылмалы ауруды қалпына келтіруге арналған кең биомедициналық әдебиеттерді дұрыс пайдаланбау
* коммерциялық және мемлекеттік/саяси сезімталдыққа қатысты салалардағы медициналық әдебиеттердің сенімділігі мен тұтастығына қатысты алаңдаушылық


PubMed, Scopus, Web of Science және Google Scholar салыстыру: күшті және әлсіз жақтары

Электрондық дәуірдің эволюциясы белгілі бір тақырып бойынша іздеу құралдарын және дәйексөзге талдау жасау мүмкіндігін ұсынатын Дүниежүзілік Интернетте көптеген медициналық деректер базаларының дамуына әкелді. Біз PubMed, Scopus, Web of Science және Google Scholar бағдарламаларының мазмұны мен практикалық мүмкіндіктерін салыстырдық. Дерекқорлардың ресми веб-беттері қамтылған журналдар ауқымы, іздеу мүмкіндіктері мен шектеулері және жаңарту жиілігі туралы ақпаратты алу үшін пайдаланылды. Біз осы дерекқорлардың биомедициналық ақпаратты іздеудегі пайдалылығын бағалау үшін кілт сөзді іздеу мысалын және олардың дәйексөз талдауын орындаудағы пайдалылығын бағалау үшін арнайы жарияланған мақаланы қолдандық. Барлық дерекқорлар қолдануда практикалық болды және көптеген іздеу мүмкіндіктерін ұсынды. PubMed және Google Scholar тегін қолжетімді. PubMed көмегімен кілтсөзді іздеу оңтайлы жаңарту жиілігін ұсынады және басқа дерекқорлар маңыздылық индексі ретінде мақалаларды дәйексөздер саны бойынша бағалай алатын онлайн ерте мақалаларды қамтиды. Дәйексөзді талдау үшін Scopus Web of Science қарағанда шамамен 20% көбірек қамтуды ұсынады, ал Google Scholar сәйкес келмейтін дәлдік нәтижелерін ұсынады. PubMed биомедициналық электронды зерттеулерде оңтайлы құрал болып қала береді. Scopus журналдың анағұрлым кең ауқымын қамтиды, кілт сөздерді іздеуде де, дәйексөздерді талдауда да көмектеседі, бірақ қазіргі уақытта Web of Science-пен салыстырғанда соңғы мақалалармен (1995 жылдан кейін жарияланған) шектелген. Google Scholar, жалпы Интернетке келетін болсақ, тіпті ең түсініксіз ақпаратты іздеуге көмектесе алады, бірақ оны пайдалану жеткіліксіз, сирек жаңартылатын, дәйексөздік ақпаратпен бұзылады. (Фалагас, ME, Pitsouni, E I., Malietzis, GA. , және Pappas, G. Pub Med, Scopus, Web of Science және Google Scholar салыстыру: күшті және әлсіз жақтары. ФАСЕБ Дж. 22, 338–342 (2008)


II. Әдебиет іздеудің физиологиясы—Бұл қалай жұмыс істейді

Енді сізде жауап беретін сұрақ бар және дерекқордың қандай түрін іздеу керектігі туралы түсінік бар (кем дегенде бастау үшін), іздеудің гайкалар мен болттары туралы сөйлесейік. Осы мақаланың мақсаттары үшін біз PubMed-ті іздеу жүйесі ретінде қолданамыз.

A. “how to” нақты негіздерін білу

1. Жылдам бастау:

Тақырыпты, авторды және/немесе журналды қоса, сұрау жолағына сөзді немесе сөз тіркесін теріңіз

Іздеу түймесін басыңыз немесе 𠇎nter” пернесін басыңыз

Нәтижелер жиынтық пішімінде ​ форматында көрсетіледі:

Іздеу нәтижелері туралы қосымша ақпаратты алу үшін дисплей параметрлері мәзірін (жоғарғы сол жақ бұрыш) деректеме немесе MEDLINE пішімдерін көру, әр бетте пайда болатын элементтер санын өзгерту және жақында қосылған, жарияланған күні, бірінші автор, соңғы бойынша сұрыптау үшін пайдаланыңыз. автор, журнал немесе тақырып.

PubMed сонымен қатар қатысу жариялаушылардың веб-сайттарындағы толық мәтінді мақалаларға сілтемелерді (беттің жоғарғы оң жақ бұрышында көрсетіледі), сондай-ақ кітапханалар мен реттілік орталықтары сияқты басқа үшінші тарап сайттарына сілтемелерді қамтиды.

⇛ Көк түспен көрінетін және асты сызылған кез келген нәрсе қосымша ақпаратты ашатын сілтеме болып табылады. Тақырыпқа бассаңыз, реферат шығады (Реферат форматы). “Қатысты мақалалар” түймесін басу қызықты болуы мүмкін басқа ұқсас мақалаларға сілтеме береді.

2. PubMed—MeSH шарттарында және MeSH дерекқорында кеңейтілген іздеу:

а. Медициналық тақырыптық тақырыптар (MeSH)

PubMed MeSH деп аталатын журнал мақалаларын индекстеу үшін бақыланатын сөздік қорын қолданатынын және іздеу кезінде MeSH терминдерін табу үшін 𠇊utomatic term maping’ MeSH терминдері ағаш деп аталатын иерархияда ұйымдастырылған, неғұрлым нақты (тар) терминдер кеңірек терминдер астында орналасқан. Әдепкі бойынша PubMed іздеуге барлық тар терминдерді қосады, бұл MeSH термині 𠇎ploding” деп аталады. MeSH терминдерін қосу іздеу стратегиясын жақсартады және оңтайландырады. Мысалы, MeSH дерекқорында “Spine” терминін іздесеңіз, мынаны көресіз: ​:

Сондықтан PubMed иерархияда Spine астында орналасқан кез келген терминді қамтитын әрбір мақаланы шығарып алады.

MeSH сөздік қорында 25 000-нан астам дескриптор бар және апта сайын жаңартылып, жыл сайын қаралады. MeSH шарттарын пайдаланып MEDLINE (PubMed дерекқорының 92%) үшін индекстелген дәйексөздерді ғана іздеуге болады. Мүмкіндіктерге мыналар кіреді:

Іздеу үшін сәйкес MeSH терминдерін анықтауға және таңдауға және олардың анықтамаларын көруге мүмкіндік береді

PubMed іздеу стратегиясын құрады

MeSH терминдерін иерархияда көрсетеді (MeSH ағашы) іздеуді кеңейтуге/таралуға мүмкіндік береді

MeSH терминдерін іздеу үшін негізгі ұғым/тақырып тақырыбымен шектейді

Терминді жарылмауды таңдау арқылы іздеуді кеңейтуге мүмкіндік береді

Күрделі іздеу стратегияларын жасайтын іздеуге арналған тақырыпшаларды қосады

Ішкі тақырыпшалар тізімі MEDLINE-да берілген тақырыппен кем дегенде бір рет жұпталған терминдерді қамтиды.

Жарияланым түрлері [pt], субстанция атаулары [nm] немесе тізілім нөмірлері [rn] және фармацевтикалық әрекеттер [pa] қоса, MeSH терминдерінің басқа түрлерін қолданатын іздеулерге назар аударады.

Аннотацияларға қол жеткізу үшін MeSH шолғышы: http://www.nlm.nih.gov/mesh/

PubMed-тен MeSH-ке қол жеткізу үшін PubMed басты бетіндегі MeSH дерекқорын нұқыңыз немесе �қосымша ресурстар” ȁкеңейтілген іздеу” астындағы MeSH түймесін басыңыз.”.

MeSH дерекқорына кіргеннен кейін іздеу жолағына қатерлі ісік ауруын енгізіп, Өту түймесін бассаңыз (немесе Enter пернесін бассаңыз) мынаны көресіз: ​:

“neoplasms” түймесін бассаңыз, іздеуді нақтылауға көмектесу үшін жоғарыда аталған мүмкіндіктердің кез келгенін таңдау мүмкіндігі бар бет ашылады.

Сондай-ақ, қажетті MeSH терминінің жанындағы “links” түймесін басу сізге бірнеше опцияларды ұсынатын ашылмалы мәзірді береді:

PubMed: PubMed-ті терминмен іздеңіз

PubMed—Негізгі тақырып: PubMed-ті MeSH терминімен іздеңіз, тек термин негізгі назар аударатын дәйексөздерді шығарып алыңыз.

Клиникалық сұраулар: іздеуді одан әрі нақтылауға болатын Clinical Queries жолағына MeSH терминін қойыңыз.

NLM MeSH браузері: осы терминге арналған MeSH шолғышының дескриптор деректерін көрсету, соның ішінде ауқым ескертпесі, рұқсат етілген квалификациялар және MeSH ағашы

⇛ Mesh дерекқорының басты бетінде MeSH дерекқорымен іздеу, MeSH терминдерін біріктіру және MeSH дерекқорының ішкі тақырыптары мен басқа мүмкіндіктерін қолдану бойынша үш қысқаша оқу құралы бар.

B. Тым көп ақпарат! Іздеуіңізді нақтылау

Жалпы іздеу шарттарын нақтырақ терминдермен ауыстырыңыз (MeSH дерекқоры бұл үшін тамаша ресурс болар еді)

Терминдерді қосыңыз немесе іздеу шарттарын қосқыш сөздермен біріктіріңіз: ЖӘНЕ, НЕМЕСЕ немесе ЕМЕС бас әріптерді пайдалана отырып (логикалық логика деп аталады)

ЖӘНЕ терминдер арасында барлық іздеу шарттарын қамтитын жазбаларды ғана қайтарады

НЕМЕСЕ терминдер арасында іздеу шарттарының кез келгенін қамтитын барлық жазбаларды қайтарады

Іздеу шарттары арасындағы ЕМЕС екінші терминді емес, бірінші терминді қамтитын жазбаларды ғана қайтарады

Терминдерді қысқарту. Сол жолда болатын барлық терминдерді іздеу үшін таңбалар жолының соңына жұлдызшаны (*) қойыңыз. PubMed қысқартылған терминнің алғашқы 600 нұсқасын іздейді.

Мысал: mimic* m-i-m-i-c әріптерінен басталатын барлық терминдерді табады- мысалы, mimic, mimics, mimicing

Қойылмалы таңбаны пайдаланыңыз. “?” әріпті ауыстыру немесе емле немесе сөзді өзгерту мүмкін болатын қосымша әріпті белгілеу үшін пайдаланыңыз.

Мысалы: behavio?r мінез-құлықты немесе мінез-құлықты табады

Жас тобы, тіл, жарияланым түрі, күні, адам зерттеулері, т.б. бойынша дәйексөздерді шектеу үшін PubMed-тегі “limit” опциясын пайдаланыңыз.

PubMed-те индекстелген терминді іздеу үшін �vanced search” опциясын пайдаланыңыз.

MeSH дерекқор мүмкіндіктерін пайдаланыңыз

Омыртқаның остеопороздық сынықтары үшін ең жақсы хирургиялық емдеудің қандай екендігі бізді қызықтырады делік. Жоғарыдағы кейбір кеңестерді пайдалана отырып, төмендегі диаграмма әдеттегі іздеудің қалай жүретінін көрсетеді: ​ өту:

Термин(дер)ді іздеу# дәйексөз
“Омыртқаның сынуы” [MeSH] НЕМЕСЕ омыртқаның қысылған сынуы16023
“Омыртқаның сынуы” [MeSH] НЕМЕСЕ омыртқалардың қысылған сынуы ЖӘНЕ ȁкостеопороз” [MeSH]3718
“Омыртқаның сынуы” [MeSH] НЕМЕСЕ омыртқалардың қысылған сынуы ЖӘНЕ � [MeSH] және “surg*”911
“Омыртқаның сынуы” [MeSH] НЕМЕСЕ омыртқалардың қысылған сынуы ЖӘНЕ “ остеопороз” [MeSH] ЖӘНЕ “Surg*”
Шектеулер: тезистері бар элементтер, адамдар, клиникалық сынақ, ағылшын тілі, 1990 ж. бастап жарияланған күні�
54

Терминдерді біріктіру (логикалық логиканы пайдалану), терминді қысқарту және шектеу опциясын пайдалану арқылы біз іздеуді 16 023 мақаладан басқарылатын және сәйкес келетін 54 мақалаға дейін қысқарттық. PubMed іздеу терезесіндегі �tails” қойындысы PubMed пайдаланатын толық іздеу өрнегін (яғни, сұрауды аудару) көрсетеді, жоғарыдағы кестеде көрсетілгенге ұқсас. ​ жоғарыда.

□ Жауап беретін сұрақты табу үшін PICO (немесе PPO) пайдаланыңыз
□ Сұрағыңызға адекватты жауап беру үшін қандай әдебиет түрін іздеу керек екенін шешіңіз.
□ Іздеуді бастау үшін қай дерекқорды пайдалану тиімді екенін шешіңіз
□ Дерекқордың іздеу жолағына кіру үшін сұрағыңыздан негізгі терминдерді таңдаңыз
□ Терминдерді біріктіру және/немесе дерекқор беретін шектеу опцияларын пайдалану арқылы қажетінше іздеуді нақтылаңыз

PubMed дерекқорға жаңадан қосылған пайдаланушыларға ұсынатын ең жақсы ресурстардың бірі - онлайн оқулықтар. Олар қысқа, бірақ ақпараттандырады және олар интерактивті болғандықтан, сіз әр процесті кезең-кезеңімен басқарасыз. Мүмкін, PubMed сайтындағы онлайн оқулықтар мен ақпарат парақтарымен кеңесу сіз үшін келесі қадам болар еді. Байқап көріңіз! Шын мәнінде, мұнда Ұлттық медицина кітапханасы жасаған PubMed оқу құралының басты бетіне сілтеме берілген: http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/. Сондай-ақ, PubMed-тің барлық аспектілеріне қатысты көптеген ақпаратты қамтитын PubMed анықтама бетін тексеріңіз: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp


PMC Open Access ішкі жиыны дегеніміз не? PMC-де барлығы ашық қолжетімділік емес пе?

PMC Open Access Ішкі жиынында әлі де авторлық құқықпен қорғалған, бірақ Creative Commons немесе ұқсас лицензия бойынша қолжетімді мақалалар бар, олар әдетте авторлық құқықпен қорғалған дәстүрлі туындыға қарағанда көбірек либералды қайта бөлуге және қайта пайдалануға мүмкіндік береді. Осы мақалаларды алу және пайдалану жолы туралы қосымша ақпарат алу үшін PMC Open Access Ішкі жиыны бетін қараңыз.

PMC мақалаларының көпшілігі дәстүрлі авторлық құқық шектеулеріне ұшырайды. Оларға қол жеткізу тегін, бірақ олар осы терминнің арнайы мағынасында Open Access мақалалары емес.


Метазерттеу - бұл зерттеудің өзін: оның әдістерін, есеп беруін, қайталануын, бағалауын және ынталандыруын зерттеу. Ғылым адамзат прогресінің негізгі қозғаушы күші екенін ескере отырып, ғылыми зерттеулердің тиімділігін арттыру және сенімдірек және пайдалырақ зерттеу нәтижелерін беру үлкен пайда әкелуі мүмкін. Зерттеу кәсіпорны өте жылдам дамып келеді. Білім мен инновацияның жаңа мүмкіндіктері де, жарамдылық пен ғылыми тұтастыққа жаңа қауіптер де пайда болады. Әртүрлі стандарттар мен қиындықтармен жаңа пәндер пайда болған кезде ескі қиялдар көп, ал жаңалары үздіксіз пайда болады. Мета-зерттеу сенімді ғылымды зерттеу, насихаттау және қорғау үшін пәнаралық тәсілді пайдаланады. Ғылыми зерттеулерді жүргізу жолында үлкен бұзылулар орын алуы мүмкін және бұл үзілістердің дәлелдерге негізделгенін қамтамасыз ету маңызды.

Дәйексөз: Ioannidis JPA (2018) Мета-зерттеу: Неліктен зерттеу мәселелері бойынша зерттеулер. PLoS Biol 16(3): e2005468. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2005468

Жарияланды: 2018 жылдың 13 наурызы

Авторлық құқық: © 2018 Ioannidis John P. A.. Бұл Creative Commons Attribution License шарттары бойынша таратылатын ашық қол жетімді мақала, ол түпнұсқа авторы мен дереккөзіне сілтеме жасалған жағдайда кез келген ортада шектеусіз пайдалануға, таратуға және көшіруге рұқсат береді.

Қаржыландыру: Лаура және Джон Арнольд қоры. Стэнфордтағы Мета-зерттеу инновациялық орталығын (METRICS) Лаура мен Джон Арнольд қоры қаржыландырды. Джон Иоаннидистің жұмысы Сью мен Боб О'Доннеллдің шектеусіз сыйлығымен қаржыландырылады. Қаржыландырушы зерттеуді жобалауда, деректерді жинауда және талдауда, басып шығару туралы шешім қабылдауда немесе қолжазбаны дайындауда ешқандай рөл атқармады.

Бәсекелес мүдделер: Авторлар бәсекелес мүдделер жоқ деп мәлімдеді.

Қысқартулар: NIH, Ұлттық денсаулық сақтау ғылыми-зерттеу институттары, STEM ғылыми-зерттеу және әзірлеу, ғылым, технология, инженерия және математика

Шығу тегі: Сырттан тексерілмейді

Адамның барлық әрекеттері сияқты ғылым да біржақтылыққа бейім. Дегенмен, ғылым өзінің әдістерін, есеп беруін, қайталануын, бағалауын және ынталандыруын бағалай алады [1]. Мета-зерттеу деп аталатын салыстырмалы түрде жаңа пән зерттеудің өзін және оның тәжірибесін зерттеуге арналған теориялық, бақылау және эксперименттік зерттеулердің кең ауқымын қамтиды. Мақсат - зерттеуді қалай орындайтынымызды, қарым-қатынасымызды, тексеруді, бағалауды және марапаттауды түсіну және жақсарту [1].

Біржақтылықты зерттейтін пәнді егжей-тегжейлі қарастырмас бұрын, мен өзімнің кейбіреулерімді ашуым керек. Біріншіден, барлық ғалымдар белгілі бір дәрежеде мета-зерттеуші болып табылады, дегенмен көбіне негізінен бағытталған пәндік пәндер бойынша жұмыс істейді. Менің алғашқы зертханалық тәлімгерлерімнің кеңестері - «фокус, фокус, фокус» - әлі күнге дейін құлағымда шырылдап тұрғанымен, менің үстелімдегі қадалар мен компьютерлерімнің файлдары назардан тыс қалуы мүмкін. Менде назардың жетіспеушілігі жоқ, бірақ қарапайым қызығушылық бар. Мені ғылымға қызықтырғаны оның кеңдігі мен алуан түрлілігі болды. Тренингтің алғашқы жылдарында Афина мен Бостондағы кітапханаларда роумингте жүргенді, әдемі атаулары бар ғылыми журналдарды табуды, қызықты мақалаларды кездестіруді, алғашқы ізденістерімнен алшақтауды ұнататынмын. Оны әлі түсінбестен, мен басқаларды қызықтырғаны сияқты, ең алдымен, зерттеудің өзі қызықтырды. Caenorhabditis elegans, жанартау атқылауы немесе автоматтар.

Ғылым және оның әдебиеті - бұл деректердің, дәлелдердің, біржақты пікірлердің, қателердің және адамдардың ең үлкен жетістіктерінің таңғажайып лабиринті. Ғылыми тұрғыдан зерделеуден артық не бар? Отыз жыл өтсе де, мен өзімді әлі де оқудағы зерттеуші ретінде сезінемін - шын мәнінде, ерте дайындықта - бетін әрең тырнап жатырмын. Дегенмен, көп нәрсе өзгерді. Осыдан 30 жыл бұрын мақалаларды журнал сөрелерінен бір-бірлеп гүл сияқты алып, бір парақтан көшіру керек болды. Енді бір түнде миллиондаған мақалаларды мәтіндік мәтінмен жазуға болады. Жақсы зерттеу әлі де уақыт пен назарды қажет етеді. Мысалы, мен жақында досым Дэвид Чавалариаспен бірге жұмыс істеген жобаны алайық. Біз 12 821 790 тезистер мен 843 884 толық мәтінді мақалаларды мәтіндік түрде шығардық. Басында біз ең көбі екі күн кетеді деп қалжыңдадық. Сайып келгенде, бұл сансыз итерациялармен, мұқият түзетулермен және қайталанатын жүктеулермен төрт жылдық жұмысты қажет етті.

Менің басқа жеке көзқарасым - нәтижеге емес, әдістерге деген қызығушылықтың артуы. Нәтиже туралы әңгімелер әрқашан қызықты болады. Мен оларды төзгісіз қызықсыз деп санаймын. Керісінше, әдістер әдетте әрекетте жоқ, жасырын қалдырылады немесе шағын шрифтпен жасырылады. Көптеген зерттеушілер дәліздерде немесе конференцияларда сөйлесу эксперименттерін қалай жасау керектігін түсіндіреді деп үміттенеді. Зерттеуді жобалау және талдау әлі де негізінен статистикалық курстарда (егер мүлде болса) оқытылады. Біздің көпшілігіміз басқа (негізінен нашар хабарланған) қағаздарды оқу арқылы қағаздарды қалай жазуды меңгердік. Біз ерікті түрде әріптестік шолу жасаймыз, бірақ мұны қалай жасау керектігі туралы ресми дайындық жоқ. Көптеген салаларда қайта өндіруге қатысты мәселелер соңғы уақытқа дейін тоқтап тұрды.

Ғылым адамзат прогресінің негізгі драйвері болып қала береді, дегенмен бізде ғылымды қалай жақсы қаржыландыру және жоғары сапалы жұмысты ынталандыру туралы аз дәлелдер бар. Біз зерттеу тәжірибесін беймазалыққа, біржақты әсерлерге, әдістемелік сауатсыздыққа және статистикалық есептерге қалдыру тиімсіз екенін білеміз. Ғылымға күш-жігерді жұмсамау және ресурстарды оңтайландыру үшін ғылым қажет. Әуесқойлық тәсілдер зерттеу жұмыстарының қазіргі үлкен ауқымына тап болады. Google Scholar қазіргі уақытта шамамен 180 000 000 құжатты қамтиды, жыл сайын шамамен 4 000 000 жаңа құжат жиналады [2]. Көрінетін (жарияланған) материяның осы әлемінде қараңғы материя көп болуы мүмкін, бәлкім, көптеген бақылаулар мен деректерді талдау жарияланбаған. Ульрихтің анықтамалығына 40 000-нан астам референттік академиялық журналдар кіреді және бұл жете бағаланбауы мүмкін [3]. Мыңдаған журналдар жыртқыш әрекеттерді ұстанады немесе белгісіз құндылыққа ие. Ғылым, технология, инженерия және математика (STEM) басылымының бизнес нарығының көлемі (28 миллиард доллар) шамамен Ұлттық денсаулық сақтау институтының (NIH) бюджетіне тең. Webometrics 26 368 зерттеу шығаратын университеттердің тізімін береді [4] және көптеген басқа құрылымдар зерттеулер жасайды. Жыл сайын 100 000 биомедициналық конференциялар өтеді [5]. Жаһандық зерттеулер мен дамуға (R&D) инвестиция жақында жылына 2 триллион доллардан асты. Өнеркәсіптің негізгі үлесі бар, ал мемлекеттік қаржыландыру іргелі зерттеулерге шектеулі және дәлелді бағалау зерттеулері үшін одан да сирек. Қаржылық қақтығыстар зерттеудің күн тәртібін, нәтижелерін және интерпретациясын қалыптастыруы мүмкін [6]. 1 триллион долларды құрайтын темекі өнеркәсібі оларды нұсқау бойынша пайдаланатын миллиондаған адамдарды өлтірсе де, өз өнімдерін әлі де «зерттеу» жүргізіп жатқанын ескеріңіз. Big Pharma, ұқсас қаржылық шамадағы тағы бір бегемот, бірақ өмірді сақтап қалуы мүмкін (көбінесе жоғары бағамен) өз өнімдері бойынша көптеген зерттеулерге демеушілік көрсетуі керек. Зерттеуде кім нені және қалай істеу керектігін түсіну жақсырақ зерттеуді қажет етеді.

Ғылым енді санаулы интеллектуалды дилетанттардың кәсібі емес. Миллиондаған (бірлескен) ғылыми еңбектердің авторы. Зерттеуге одан да көп адам қатысады. Қазіргі уақытта денсаулық сақтау деректерінің деректер базасы жүздеген миллион адамдарды қамтиды. Әлеуметтік медиа дерекқорлары миллиардтаған деректерді пайдалану мүмкіндігін қалыптастырады - мысалы, 2017 жылдың шілдесінде Facebook-тің белсенді айлық пайдаланушылары 2 миллиардтан асты.

Қазіргі уақытта жасалған зерттеу деректері ауқымды, бірақ сонымен бірге бөлшектелген және көбінесе мөлдір емес. Толық деректерді ортақ пайдалану және хаттамаларды алдын ала тіркеу көптеген салаларда әлі сирек кездеседі [7]. Нәтижелер мен қорытындылар дұрыс па, қарапайым емес пе, әлде дұрыс емес пе екенін түсінуіміз керек. Қол жетімді зерттеулердің үлкен саны бойынша деректер үлгілері мен бұрмалануларды салыстыру осы маңызды сұраққа жауап беруге көмектеседі [8]. Біз тек биомедициналық зерттеулерде 235 қисынды картаға түсірдік [9]. Зерттеудің күрделілігі артқан сайын зерттеулерді құрастыру және деректерді талдау әдісі бойынша алуан түрлі таңдаулар пайда болады. 20 екілік таңдау арқылы бірдей деректерді талдаудың 2 20 = 1 048 576 түрлі жолы бар. Сондықтан әдістер мен талдау стандарттарын сақтамайынша, кез келген нәтижеге қол жеткізуге болады. Сауалнамалар ғалымдардың көпшілігі күмәнді зерттеу әдістерін қолданатынын көрсетеді: алаяқтық емес (бұл сирек кездеседі), бірақ қызықтырақ нәтижелерге қол жеткізу үшін «бұрыштарды кесу» [10]. Біржақтылық пен шығармашылық ізденіс арасындағы шекараны түсіну маңызды. Жоғары профильді зерттеулерді жаңғырту әрекеттері қайталанбайтындықтың жоғары көрсеткіштерін көрсетті [11] және ғалымдардың көпшілігі репродукциялық дағдарыстың бар екендігімен келіседі [12]. Мета-талдаулар — берілген сұрақ бойынша барлық деректерді біріктіру әрекеттері — барған сайын танымал бола бастады, бірақ өз проблемалары мен қиғаштықтарымен бетпе-бет келеді [13].

Ғалым қалай жақсы оқытып, жұмыс істеп, бірлесіп жұмыс істеп, ғылыми және кең қауымдастықтарға үлес қосуы керек? Зерттеушілер уақытының көп бөлігін гранттарға [14] және түсініксіз пайдалылықтың әкімшілік жұмыстарына жұмсайды. Тек биомедициналық мақалалар үшін журналды шолу жылына тағы 64 миллион сағатты алады [15]. Біз бәріміз бюрократия мен кедергілерді жек көреміз. Нашар зерттеу тәжірибесі жағдайды нашарлатады.

Мыңдаған жаңа ғылыми салалар пайда болады, біріктіріледі, бөлінеді және дамиды [16]. Әртүрлі пәндер зерттеу стандарттары мен қиындықтарында әр түрлі болуы мүмкін (1-қорап). Мета-зерттеу тиімді зерттеу тәжірибесін таратуға және ысырапшыл тәжірибелерден бас тартуға көмектеседі. Publication and peer review models, scientific education, funding, and academic reward systems need to adapt successfully to a rapidly changing world. Some predict [17] that even researchers may disappear within decades, replaced by artificial intelligence. While this sounds extreme, several aspects of current “business as usual” in research will face disruption. Even 1% improvement in the yield and translation of useful discoveries effected through better research practices reflects value equivalent of many Nobel or Breakthrough prizes.


How can I text-mine full-text articles from PubMed? - Биология

MDPI жариялаған барлық мақалалар ашық қолжетімділік лицензиясы бойынша бүкіл әлем бойынша бірден қолжетімді болады. Суреттер мен кестелерді қоса, MDPI жариялаған мақаланың барлығын немесе бір бөлігін қайта пайдалану үшін арнайы рұқсат талап етілмейді. Ашық қолжетімді Creative Common CC BY лицензиясы бойынша жарияланған мақалалар үшін мақаланың кез келген бөлігін түпнұсқа мақалаға нақты сілтеме жасалған жағдайда рұқсатсыз қайта пайдалануға болады.

Көркем мақалалар осы салада жоғары әсер ету мүмкіндігі бар ең озық зерттеулерді білдіреді. Көркем мақалалар жеке шақыру немесе ғылыми редактордың ұсынысы бойынша жіберіледі және жарияланғанға дейін сараптамадан өтеді.

Көркем мақала түпнұсқа зерттеу мақаласы, жиі бірнеше әдістерді немесе тәсілдерді қамтитын маңызды жаңа ғылыми зерттеу немесе ғылымдағы ең қызықты жетістіктерді жүйелі түрде қарастыратын саладағы соңғы прогресс туралы қысқаша және нақты жаңартулары бар жан-жақты шолу мақаласы болуы мүмкін. әдебиет. Қағаздың бұл түрі зерттеудің болашақ бағыттары немесе ықтимал қосымшалар туралы болжамды береді.

Редактор таңдауы мақалалары дүние жүзіндегі MDPI журналдарының ғылыми редакторларының ұсыныстарына негізделген. Редакторлар журналда жақында жарияланған мақалалардың аздаған санын таңдайды, олар авторлар үшін әсіресе қызықты немесе осы салада маңызды болады деп есептейді. Мақсат - журналдың әртүрлі зерттеу салаларында жарияланған ең қызықты жұмыстардың кейбірінің суретін ұсыну.


Біз кем дегенде таптық 10 арқылы іздеу кезінде төменде көрсетілген веб-сайттар тізімі pubmed full text articles іздеу жүйесінде

Obtain the full text of an article

  • түймесін басыңыз PubMed Central link or a Publisher's link to access the full text -ның мақала
  • Мақалалар жылы PubMed Central are freely available
  • Мақалалар on Publisher's websites are either freely available or can be accessed with a fee
  • Contact the specific publisher for questions about their site.

How do I obtain the full text of an article

  • The PubMed database is a literature database that contains citation information (title, authors, journal, and publication date) and abstracts of articles published in biomedical and scientific journals
  • PubMed does not contain толық-text articles, but in some cases, you can link to full text directly from PubMed
  • If you have searched PubMed (or accessed PubMed through a web link) and located a

Do text mining / retrieving full text

  • Жасаңыз text mining / retrieving full text
  • As mentioned in our Open Access Subset page, the majority of articles in PMC are subject to traditional copyright restrictions, and are not available for downloading in bulk
  • However, for the Open Access Subset, we provide several ways of programmatically retrieving the full text.

How to Get the Full-Text of an Article from a PubMed Search

Dartmouth.edu Д.А.: 17 ҚБ: 43 MOZ дәрежесі: 63

  • Display your results in the Abstract format by using the "Display Settings" pull-down menu which is under the search box
  • Or select a single citation from the summary list by clicking on the article's тақырып
  • Click on the green "Dartmouth Full Text" icon , if it appears
  • The icon will at the top ot the box at the right in a single

How do I subscribe to PubMed so that I can access PubMed

  • PubMed is freely accessible, but it is a literature citation database rather than a толық-text provider
  • It contains citation information (title, authors, journal, and publication date) and abstracts of articles published in biomedical and scientific journals
  • PubMed does not contain толық-text articles, but in some cases, you can link to толық

Accessing full text of articles

  • Linking to full text articles (UCL) When working on a UCL networked computer you will automatically see [email protected] links when viewing an article's abstract
  • The easiest way to see [email protected] links in PubMed, when working on non-UCL computers, is to access PubMed using this URL or via the entry for PubMed in the databases list.

PMC text mining subset in BioC: about three million full

  • Motivation: Interest in text mining толық-text biomedical research articles is growing
  • To facilitate automated processing of nearly 3 million толық-text articles (in PubMed Central® Open Access and Author Manuscript subsets) and to improve interoperability, we convert these articles to BioC, a community-driven simple data structure in either

Accessing Online Journal Articles through PubMed

Utoledo.edu Д.А.: 15 ҚБ: 39 MOZ дәрежесі: 61

  • PubMed (UT Specific Features) Displaying Толық-text (or other) Icons in PubMed
  • There is an assortment of icons in PubMed which indicate whether the мақала is available толық- text желіде
  • The толық range of icons will appear when using display format

How can I text-mine full-text articles from PubMed

  • Search PubMed using a gene name (and any alternate names) as the query, all matching papers are subjected to Step 2 my understanding is that this will return articles that mention the gene in their abstract
  • Search толық-text for any and all matches from a list of keywords assign each paper a score based on the number of matching keywords any

List of All Journals Cited in PubMed

Nlm.nih.gov Д.А.: 15 ҚБ: 27 MOZ дәрежесі: 51

  • NLM creates a cataloging record for every journal with a full text article in PMC
  • Therefore, while most MEDLINE journals over the years have citations for all substantive content published, some of the non-MEDLINE journals may contribute far fewer citations over the years
  • A few notes about the PubMed journal list:

Accessing Full Text while using PubMed McGill Library

Mcgill.ca Д.А.: 13 ҚБ: 32 MOZ дәрежесі: 55

  • Accessing Толық мәтін while using PubMed
  • PubMed is a free resource that can be accessed from the Internet, but not all articles come with free full text
  • McGill has a special PubMed link that will connect your search results in PubMed with McGill Library journal holdings to see what is available as full text through McGill

Exploring Keyword Searching in PubMed Latitudes

News.nnlm.gov Д.А.: 13 ҚБ: 43 MOZ дәрежесі: 67

  • As you suspect, PubMed does not allow you to search the full text to retrieve terms
  • The Indexers and the MTI (Medical Мәтін Indexer) assign MeSH Headings from the мақала or PDF itself, but the text isn’t included when a user is searching
  • The MeSH section of the PubMed® for Librarians webinars would be worth reviewing.

Finding Free Full-text PubMed Central Articles in PubMed

Slideshare.net Д.А.: 18 ҚБ: 50 MOZ дәрежесі: 80

  • Finding Free Толық-text PubMed Central Мақалалар жылы PubMed 1
  • Finding Free Толық мәтін PMC Мақалалар within The National Library of Medicine’s PUBMED Database Mark D
  • Puterbaugh Information Services Librarian Eastern University, Warner Memorial Library, St
  • Davids, PA [email protected] Tuesday, February 4, 2014

How to add academic journal articles to PubMed: An

  • It pulls in articles from both the MEDLINE index and PMC толық-text archive
  • PubMed is the public facing search for those two resources,” Funk explained
  • “So you don’t apply for or get selected to be in PubMed
  • You apply for and get selected to be in either MEDLINE or PMC and as a result your records are searchable in PubMed.”

PubMed Rutgers University Libraries

  • PubMed is updated daily with citations for the latest published research
  • When you access PubMed through this page, a “Get It @ R” button appears in many citations
  • Rutgers affiliates can use this button to link to толық-text articles and books available through Rutgers University Libraries.

PubMed Research Medical Library

  • This class is intended for novice PubMed users and will cover basic searching, curating your results, and navigating to толық-text articles
  • This online class is for advanced PubMed users
  • We will learn how to answer clinical questions quickly with PubMed, and construct an advanced search strategy for a comprehensive literature review.

NCBI Insights : New PubReader View For Full-Text Articles

  • NCBI’s new PubReader display format in PubMed Central (PMC) makes толық-text research papers not only more readable but also more portable
  • Whether you’re using a desktop, laptop, tablet or smart phone, PubReader adapts to your device, displaying толық-text articles in a user-friendly format that minimizes scrolling and maximizes intuitive navigation and portability (see Figure 1).…

How to Get Your Articles Indexed in PubMed: The Go-To

Blog.typeset.io Д.А.: 15 ҚБ: 50 MOZ дәрежесі: 82

  • Difference between PubMed and PMC
  • P ubMed is a searchable database of citations and abstracts
  • To show up in search results on PubMed your journal needs to be submitted to either MEDLINE or PMC or both
  • There is no application for PubMed — citations, abstracts, and links to толық-text articles are pulled from MEDLINE, PMC, and the NCBI Bookshelf.

NCBI Insights : PubMed Central (PMC)

A similar range of consumer health information to that in PubMed Health is available from NLM’s MedlinePlus, while the systematic reviews and CER in PubMed Health are searchable through PubMed, which links to the full text (when available) in Bookshelf, journals, and/or PubMed Central.


Frequently Asked Questions about the NIH Public Access Policy

PubMed Central is an archive of full-text biomedical journal papers available online without a fee. Papers on PubMed Central contain links to other scientific databases such as GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/) and PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/). Papers collected under the Public Access Policy are archived on PubMed Central. More information about PubMed Central is available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/faq.html.

Once posted to PubMed Central, results of NIH-funded research become more prominent, integrated and accessible, making it easier for all scientists to pursue NIH's research priority areas competitively. PubMed Central materials are integrated with large NIH research data bases such as Genbank and PubChem, which helps accelerate scientific discovery. Clinicians, patients, educators, and students can better reap the benefits of papers arising from NIH funding by accessing them on PubMed Central at no charge. Finally, the Policy allows NIH to monitor, mine, and develop its portfolio of taxpayer funded research more effectively, and archive its results in perpetuity.


II. For Investigators, Awardees, and NIH Staff

    To what types of papers does the NIH Public Access Policy apply?

  • Publication must meet the requirements for ISSN assignment
  • Publication content is issued over time under a common title
  • Publication is a collection of articles by different authors
  • Publication is intended to be published indefinitely

You may also submit the manuscript to NIHMS upon acceptance for publication for a determination.

No, the policy only applies to peer-reviewed journal manuscripts. See http://publicaccess.nih.gov/determine_applicability.htm for the full criteria. Please also be sure to confirm that the publication does not meet the public access definition for a journal.

It does if the paper is peer-reviewed and meets the other criteria. See http://publicaccess.nih.gov/determine_applicability.htm for a full list.

NIH determines the official date of publication for the public access policy based on information received from the publisher and the National Library of Medicine (NLM). The official date of publication is listed in the PubMed citation display for a paper immediately after the journal title abbreviation.

NIH uses the official date of publication for determining the public access compliance status of a paper and calculating when a paper should be made public on PubMed Central. An "epub ahead of print" date for a citation in PubMed is not considered the official date of publication, and these papers are still considered in press.

Note that when only partial publication dates are available (e.g. Month and Year, Season and Year), NLM calculates the date as the first date of that time period (e.g. March 2013=March 1, 2013). See http://www.nlm.nih.gov/bsd/licensee/elements_article_source.html for additional information about NLM dates.

Yes, the Public Access Policy applies to any manuscript that arises from any amount of direct funding from the NIH. See http://publicaccess.nih.gov/determine_applicability.htm.

You are not required to submit it, but you may if you have appropriate copyright permission. See http://publicaccess.nih.gov/determine_applicability.htm.

Principal Investigators and their Institutions are responsible for ensuring all terms and conditions of awards are met. This includes the submission of final peer-reviewed manuscripts that arise directly from their awards, even if they are not an author or co-author of the paper. Principal Investigators and their Institutions should ensure that authors are aware of and comply with the NIH Public Access Policy.

The NIH Public Access Policy is a Term and Condition of Award for all grants and cooperative agreements active in Fiscal Year 2008 (October 1, 2007- September 30, 2008) or subsequent fiscal years, and for all contracts awarded after April 7, 2008.

Compliance with the NIH Public Access Policy is not a factor in the scientific and technical merit evaluation of grant applications. Non-compliance will be addressed administratively, and may delay or prevent awarding of funds.

If a manuscript arises from direct funds from a Clinical and Translational Science Award, or any other NIH funding, then it might fall under the Policy. See http://publicaccess.nih.gov/determine_applicability.htm for all the inclusion criteria. Your institution should be able to assist you in determining whether NIH direct funds were involved.

Direct funding generally includes sub-awards because they are associated with a particular award. See http://publicaccess.nih.gov/determine_applicability.htm for all the inclusion criteria. Your institution should be able to assist you in determining whether NIH direct funds were involved.

The primary awardee's obligation to ensure sub-recipient compliance with the NIH Public Access Policy is the same as the awardee's responsibility for other requirements when collaborating with other organizations in carrying out NIH-supported research. Accordingly, the NIH Public Access Policy requirement should be incorporated into sub-recipient agreements, and the primary awardee remains responsible for compliance.

We will grant exceptions only under the most extreme circumstances, such as death of the sole author. NIH will consider such exceptions on a case-by-case basis.

B. How to Comply With the Policy

    What do I have to do to comply with the NIH Public Access Policy?

Authors own the original copyrights to materials they write. Consistent with individual arrangements with authors' employing institutions, authors often transfer some or all of these rights to the publisher when the journal agrees to publish their paper. Some publishers may ask authors to transfer these rights when the paper is first submitted to the journal.

Authors should work with the publisher before any rights are transferred to ensure that all conditions of the NIH Public Access Policy can be met. Authors should avoid signing any agreements with publishers that do not allow the author to comply with the NIH Public Access Policy.

Government works are not subject to copyright protection in the United States. NIH employees always must submit their final peer-reviewed manuscript to PubMed Central, even if all other authors of the article are not Federal employees.

NIH can provide an example. Individual copyright arrangements can take many forms, and authors and their institutions should continue to manage such arrangements as they have in the past.

Institutions and investigators may wish to develop particular copyright agreement terms in consultation with their own legal counsel or other applicable official at their institution, as appropriate. As an example, the kind of language that an author or institution might add to a copyright agreement includes the following:

&ldquoJournal acknowledges that Author retains the right to provide a copy of the final peer-reviewed manuscript to the NIH upon acceptance for Journal publication, for public archiving in PubMed Central as soon as possible but no later than 12 months after publication by Journal.&rdquo

The awardee institution is responsible for meeting the terms and conditions of award, which includes ensuring any agreements with third parties, like a publisher, allow compliance with the NIH public access policy. When necessary, the awardee institution should work directly with the publisher to ensure the paper is posted to PubMed Central (PMC) in accordance with the Policy. To avoid miscommunication, awardees may wish to let publishers know a manuscript is subject to the policy before the publisher decides to review it.

The NIH Public Access Policy is based on a law that requires investigators to submit "their final, peer-reviewed manuscripts" to PubMed Central. NIH will accept the final published article in lieu of the final peer-reviewed manuscript, provided that the author has the right to submit this version.

Final peer-reviewed manuscript: The Investigator's final manuscript of a peer-reviewed paper accepted for journal publication, including all modifications from the peer review process.

Final published article: The journal&rsquos authoritative copy of the paper, including all modifications from the publishing peer review process, copyediting and stylistic edits, and formatting changes.

A PMCID is usually not available until around the time of publication (see http://publicaccess.nih.gov/citation_methods.htm for more information). If using submission Methods A or B, and it has been more than three months after the official date of publication, please contact the Public Access Help Desk. If using submission Methods C or D, please start or complete the manuscript submission process at the NIHMS. It usually takes about 6 weeks to generate a PMCID, from start to finish.

Yes, include the PMCID if the paper is:

    • Authored by you or arose from your NIH funds (even if you are not an author) және
    • Is covered by the Public Access Policy (see http://publicaccess.nih.gov/determine_applicability.htm.)

A grantee&rsquos failure to comply with the terms and conditions of award may cause NIH to take one or more enforcement actions, depending on the severity and duration of the non-compliance. NIH will undertake any such action in accordance with applicable statutes, regulations, and policies. NIH generally will afford the grantee an opportunity to correct the deficiencies before taking enforcement action unless public health or welfare concerns require immediate action. However, even if a grantee is taking corrective action, NIH may take proactive action to protect the Federal government&rsquos interests, including placing special conditions on awards or precluding the grantee from obtaining future awards for a specified period, or may take action designed to prevent future non-compliance, such as closer monitoring. See Enforcement Actions in the NIH Grants Policy Statement (10/12): http://grants.nih.gov/grants/policy/nihgps_2012/nihgps_ch8.htm#_Toc271264977

The NIH Public Access Policy is a requirement. The PI should work with their institutional official to comply with the Policy.

Report the publication productivity of trainees during their entire training period via Training Data Table 5 (see the example and specific instructions on reporting periods in the consolidated data table set at http://grants.nih.gov/grants/funding/datatables/Consolidated_Training_Tables.pdf ). If selected for funding, NIH will request a Just In Time My Bibliography PDF compliance report for the most recent year of trainee publications.

C. What Needs to Be Submitted

    The journal that published my work routinely deposits its papers in PubMed Central. Do I have to submit my paper myself?

It depends on which version of the paper the journal is depositing &ndash the final published article or the final peer-reviewed manuscript &ndash and on the terms of any agreement that the journal may have with NIH.

See http://publicaccess.nih.gov/submit_process.htm to determine what steps you need to take, if any, to submit your paper.

Yes, unless the journal has an agreement to deposit its papers in PubMed Central. Not all open-access journals have agreements with PubMed Central. Check http://publicaccess.nih.gov/submit_process_journals.htm#journals to see which journals do.

Yes, you must submit the final peer-reviewed manuscript to PubMed Central. PubMed and PubMed Central are not the same. PubMed includes only citations and abstracts of articles, while PubMed Central carries the full text of the paper.

Yes, you must submit the final peer-reviewed manuscript to PubMed Central. Papers available through publishers&rsquo web sites do not fulfill the authors&rsquo obligations under the NIH Public Access Policy.

The NIH Public Access Policy applies only to papers arising from NIH funds. Outside of these arrangements, PubMed Central will deposit papers only from journals with which it has formal agreements. See &ldquoHow to Join PMC&rdquo for more information.

Certain other funding agencies, such as the Wellcome Trust and Howard Hughes Medical Institute, have similar policies to the NIH Public Access Policy that also designate PubMed Central as the repository for their papers. You should refer to the specific funder&rsquos site for information on how to submit their eligible papers to PubMed Central.

The NIH Public Access Policy is based on a law that requires investigators to submit "their final, peer-reviewed manuscripts" to PubMed Central. NIH will accept the final published article in lieu of the final peer-reviewed manuscript, provided that the author has the right to submit this version. NIH's experience to date is that virtually all authors relinquish this right to a publisher when they sign a publication agreement with a journal. Some Journals post final published articles directly to PubMed Central. See http://publicaccess.nih.gov/submit_process_journals.htm for more information.

D. How to Submit Papers to PubMed Central

    How do I submit the final peer-reviewed manuscript to NIH/PubMed Central?

You must use the NIH Manuscript Submission (NIHMS) system when submitting the final peer-reviewed manuscript.

  • You deposit the final peer-reviewed manuscript files (e.g., Microsoft Word document and figures) in the NIHMS.
  • You indicate the NIH award(s) to which the final peer-reviewed manuscript is related.
  • After the NIHMS converts your deposited files to a standard PubMed Central (PMC) format, NIHMS will email you to review the PMC-formatted final peer-reviewed manuscript to approve its release.

Some journals will deposit the final, peer-reviewed manuscript files for you. In that case, you still have to provide the associated award information, and review and approve the final peer-reviewed manuscript. The NIHMS will notify you via email when these actions are needed and include a link to the NIHMS web site.

For more information about the NIHMS, go to http://www.nihms.nih.gov/. There is an online tutorial at http://www.nihms.nih.gov/web-help/index.shtml.

PubMed Central (PMC) is NIH&rsquos digital journal archive, which gives the public access to papers at no cost.

The NIH Manuscript Submission system (NIHMS) takes in final peer-reviewed manuscripts covered by the NIH Public Access Policy and formats them for inclusion in PMC. You deposit the files for a final peer-reviewed manuscript (e.g., Microsoft Word document and figures) into the NIHMS. The files are converted to a standard PMC format, and then reviewed by you to confirm that the converted final peer-reviewed manuscript is faithful to the original. The NIHMS transfers the final peer-reviewed manuscript to PMC when it is ready to be made available publicly.

Иә. Publication costs, including author fees, may be charged to NIH grants and contracts on three conditions: (1) such costs incurred are actual, allowable, and reasonable to advance the objectives of the award (2) costs are charged consistently regardless of the source of support (3) all other applicable rules on allowability of costs are met.

Please consult with your institutional official for advice and options.

Any author may submit the final peer-reviewed manuscript, but each Principal Investigator and Institution is responsible for ensuring that the terms and conditions of their award are met. A final peer-reviewed manuscript need only be submitted once to the NIH Manuscript Submission system. Authors will be notified during the submission process if they try to submit a manuscript that has already been submitted.

Papers can be assigned multiple NIH award numbers during submission. They can also be linked to an award via the eRA Commons when completing an electronic Progress Report, or listed as arising from any NIH award in writing when submitting an application, proposal or progress report.


III. Policy Background

    Can authors and publishers continue to assert copyright in scientific publications resulting from NIH funding?

Иә. The NIH Public Access Policy does not affect the ability of the author, the author's institution, or the publisher to assert ownership in the work's copyright. Authors, consistent with their employment arrangements, may assign these rights to journals (as is the current practice), subject to the limited right that must be retained by the funding recipient to post the works in accordance with the Policy, or the provision that the journal submits the works in accordance with the Policy on the author's behalf.

The Public Access Policy ensures that the public has access to the peer-reviewed and published results of all NIH-funded research through PubMed Central (PMC). United States and/or foreign copyright laws protect most of the papers in PMC PMC provides access to them at no cost, much like a library does, under the principles of Fair Use.

Generally, Open Access involves the use of a copyrighted document under a Creative Commons or similar license-type agreement that allows more liberal use (including redistribution) than the traditional principles of Fair Use. Only a subset of the papers in PMC are available under such Open Access provisions. See the PMC Copyright page, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/copyright.html, for more information.

The NIH Public Access Policy covers only final peer-reviewed manuscripts arising from NIH funds. The 2003 NIH policy on data sharing applies to certain NIH-funded research and is not focused on access to peer-reviewed papers. The 2003 NIH policy on data sharing is available at http://grants.nih.gov/grants/policy/data_sharing/.

No, compliance is always the responsibility of the awardee. A journal that chooses to join PubMed Central will be bound by the terms of its PubMed Central participation agreement, but it is not responsible for compliance with the Policy.

Rights to the final peer-reviewed manuscript arise in the author as the work is created. Non-authors, such as publishers, have obtained rights from the author in a negotiated agreement. Authors can meet their Public Access responsibilities if they retain a small strand of the worldwide rights the right to allow display of their final peer-reviewed manuscripts on PubMed Central. Public Access does not require authors to retain any other rights to papers arising from NIH funds, such as depositing the final published article, reproducing papers, preparing derivative works, or distributing copies to the public by transfer or sale. Other arrangements may be possible as well -- investigators should work with their institutions to ensure agreements they sign are consistent with the NIH Public Access Policy.

    • ARCHIVE. A central collection of NIH-funded research publications preserves vital published research findings for years to come.
    • ADVANCE. The archive is an information resource for scientists to research publications and for NIH to manage better its entire research investment.
    • ACCESS. The archive makes available to the public research publications resulting from NIH-funded research.

Copies of papers arising from NIH funds are available elsewhere on the Internet. These fragmented approaches do not provide the same benefits of a comprehensive archive of NIH supported peer-reviewed papers on PubMed Central (PMC), and do not meet the statutory requirements of Division G, Title II, Section 218 of PL 110-161 (see http://publicaccess.nih.gov/policy.htm). However, NIH does not require or expect that PMC be the exclusive repository for NIH-funded research publications. Other repositories are welcome, and PMC routinely links to content on publisher and other websites.

The NIH Public Access Policy is a statutory requirement of Division G, Title II, Section 218 of PL 110-161 (see http://publicaccess.nih.gov/policy.htm). It specifies that manuscripts are to be made publicly available on PubMed Central.

The public encompasses a wide array of individuals, ranging from the lay public to educators to health care providers. Many of these individuals require more information than is provided in an article summary and must gain access to the complete article.

NIH is not aware that there will be a substantial impact. An increasing number of journals already provide access to the published article immediately or within one year of the publication. Most of the highly cited journals provide some form of public access within this timeframe.

The NIH Public Access Policy does not affect authors' freedom to choose the vehicle or venue for publishing their results. NIH expects that its awardees will continue to publish the results of their research consistent with their professional autonomy and judgment, in order to advance science as efficiently and comprehensively as possible.

NIH has successfully posted thousands of papers to PubMed Central under the NIH Public Access Policy without evidence of harm to scientific publishing or the publishing journal. Only a portion of articles published in scientific journals result from research funded by the NIH. Of these articles, only the final-peer reviewed manuscript is required to be posted, and it need not be made publically available for up to 12 months post publication. Further, NIH continues its practice of allowing publication costs, including author fees, to be reimbursed from NIH awards.

No. The Policy relies on the peer review system of journals only peer-reviewed articles accepted for publication will be posted in PubMed Central. Peer review is a hallmark of quality for journals and is vital for validating the accuracy and interpretation of research results. NIH recognizes that publication in peer-reviewed journals is a major factor in determining the professional standing of scientists institutions use publication in peer-reviewed journals in making hiring, promotion, and tenure decisions.


Бейнені қараңыз: Research: PubMed Searching strategy (Мамыр 2022).